Отчасти это отвечало стремлению самого опального профессора. После выхода на пенсию он предполагал добровольно поселиться в деревне, где бы смог применить свои теоретические знания в практическом земледелии. «Помогло» правительство. Однако крах карьеры не вверг его в уныние. Сыграло свою роль и его желание испробовать свои силы на новом поприще. Ему хотелось оправдать своё заверение, данное с улыбкой близким: что он «не сопьётся» (а такая судьба постигала в то время многих разорявшихся помещиков).
С товарищами по работе проститься ему не разрешили, поэтому февральским днем 1871 года на вокзале учёного провожали лишь самые близкие люди. Некоторые знакомые просто побоялись приехать на вокзал, дабы не навлечь на себя подозрение в связях с опасным смутьяном. Россия теряла одного из выдающихся учёных-химиков своего времени. Так, например, познакомившийся с ним в ссылке В.И. Вернадский писал жене:
«…увидел перед собой редкий тип мощного учёного профессора, способного завлекать толпы слушателей, направлять их на всё доброе, хорошее, честное; человека, преисполненного редкой энергией, одаренного редкой привлекательностью, живостью ума, отзывчивостью… мне вдруг стало ясным, как много сделано всем, России, оттого, что такой человек был оторван от дела, ему родного, и заброшен в отдаленную глушь деревни. И мне сделалось как-то больно и жутко. Всюду, везде натыкаешься на одно и то же, на какое-то бессмысленное, непонятное глумление над людьми, ни для чего не нужное их угнетение, их связывание. Точно у России так много хороших работников и людей, что их можно давить, как лишних, ненужных, негодных».
Знаменитые «Письма», может быть, не появились на свет, если бы не Салтыков-Щедрин, один из редакторов «Отечественных записок». Желая морально поддержать опального учёного и товарища, он уже через два месяца после его отъезда в деревню направил ему письмо следующего содержания:
«Так как у Вас, вероятно, найдётся свободное время, то мне кажется, что Вы могли бы с пользой употребить его на работу, которая именно всего удобнее может быть исполнена на месте. А именно – изобразить современное положение помещичьего и крестьянского хозяйства, сравнительно с таковым же до 1861 года. Само собой разумеется, тему эту вы можете распространить по усмотрению, то есть включить туда весь сельский наш быт: нравственное и всестороннее экономическое положение, состояние училищ, влияние теперешней податной системы, положение крестьянских судов, промыслов и торговли, деятельность земских управ и т. п. Это могло бы доставить Вам материал для целого ряда статей, которые тем большую имели бы занимательность, что Вы приступили бы к их составлению со всеми необходимыми знаниями…»
Энгельгардт с большим удовлетворением воспринял идею, а в качестве формы изложения событий и аналитических соображений избрал «письма». С весны 1871 года и почти до самой смерти он вёл дневник.
В июне 1871 года М.Е. Салтыков-Щедрин писал Энгельгардту:
«Статьи ваши все до единой драгоценны. Даже я не ожидал, чтобы вы могли до такой степени овладеть формой, как это удалось вам в письмах из деревни. Поэтому каждая ваша строка будет принята «Отечественными записками с величайшей благодарностью».