Расстрелы в конце 1938 г. в целом ряде регионов послужили способом спрятать концы в воду. Нарушая указание Москвы немедленно прекратить расстрелы с 15 ноября 1938 г., партийные и чекистские начальники тайком расстреляли фигурантов множества липовых дел, тем самым «подчистив» переполненные тюрьмы.
Третий секретарь Крымского обкома ВКП(б) А. Сеит–Ягьяев, будучи членом тройки НКВД, 25 и 26 ноября 1938 г. подписал несколько протоколов о расстреле большого количества людей, оформив их задним числом. Всего по спискам, оформленным и подписанным с 20 по 29 ноября, крымские чекисты расстреляли 822 человека, основная часть которых (770 чел.) оказалась уничтожена 28 и 29 ноября. Об этом стало известно, и в апреле 1939 г. секретаря исключили из партии за «грубейшее нарушение революционной законности». Но он остался на свободе (по крайней мере, ещё на год после изгнания из рядов) — в марте 1940 г. Комиссия партконтроля при ЦК ВКП(б) отложила рассмотрение апелляции Сеит–Ягьяева в связи с его неявкой на разбирательство. А вот начальник УНКВД по Крымской АССР Л. Т. Якушев–Бабкин, чьи преступления прикрывал Сеит–Ягьяев, был осуждён на 20 лет лагерей, в том числе за то, что непосредственно руководил (и участвовал) расстрелом 553 человек, казнённых после 1 5 ноября 1938 г. В годы войны Якушева благополучно амнистировали и вернули в Н КВД
В Киргизии замначальника отделения отдела контрразведки В. В. Куберский 6 декабря 1 938 г. — по сговору с замнаркома Н КВД Киргизии М. Б. Окуневым, который написал фиктивный, датированный задним числом приказ начальнику Каракольского горотдела НКВД, — привёл в исполнение в г. Караколе решение тройки о расстреле 150 осуждённых. Окунев был осуждён 1 5 апреля 1940 г. «за производство необоснованных арестов и извращение революционной законности» к высшей мере; что касается Куберского, то ему расстрел в 1 939 г. заменили на 10 лет заключения, и по состоянию на 1954 г. он был начальником стройуправления в Карелии. Есть сведения, что начальник УН КВД Немцев Поволжья И. 3. Рессин также проводил задним числом после 1 5 ноября расстрельные решения тройки, но уже 19 ноября 1938 г. он был арестован и затем осуждён к высшей мере наказания.
Начальник УН КВД по Иркутской области Б. А. Илюченко–Малышев был арестован в январе 1939 г. и два с половиной года спустя осуждён к расстрелу как участник «заговорщицкой организации» и активный участник массовых репрессий (в частности, «вопреки правительственному указанию от 15.XI и 17.XI 1938 г. продолжал приводить приговора в исполнение на лиц, ранее осуждённых на тройке к ВМН»)"9. Возможно, и упоминавшийся выше массовый расстрел в январе 1939 г., осуществлённый читинскими чекистами, был способом избавиться от ненужных свидетелей...
Следует отметить, что «Большой террор» не ограничился истреблением советских граждан. Чекисты многими тысячами расстреливали в 1937–1938 гг. монголов, в 1940 г. –польских военнопленных. А в 37–м советские власти активно вмешались в гражданскую войну в Китае, поддержав лояльного СССР правителя (дубаня) провинции Синьцзян Шен–Ши–Цая. Красная Армия и внутренние войска не знали пощады. Разгромив восставших против «красного дубаня» дунган и уйгуров, полковник Норейко, командовавший группой из двух полков Н КВД и одного полка РККА, 1 5 декабря 1937 г. отчитался в том, что из всей 36–й дунганской дивизии «убито и взято в плен 561 2 человек, ликвидировано из числа взятых в плен 1887. (...) Из 6–й уйгурской дивизии убито и взято в плен около 8 тыс. человек, из числа пленных ликвидировано 607 человек». К 7 января 1938 г. число «ликвидированных» превысило три тысячи: 2.192 по 36–й дивизии и 853 — по 6–й. Ещё неделю спустя начальник управления пограничной и внутренней охраны НКВД СССР комдив Н. К. Кручинкин в своём докладе сообщал, что среди арестованных китайских граждан «уничтожено 96 японских агентов, 318 английских и несколько шведских». Сам Кручинкин тоже не избежит репрессий — вскоре его отзовут, арестуют и уже в августе 1938 г. расстреляют120.
А дальше была страшная война, в период которой только военнослужащих было в судебном порядке расстреляно почти 1 58 тыс. Количество же расстрелянных без суда в боевой обстановке до сих пор неизвестно; по крайне мере, Берия после ареста в своём письме членам Президиума ЦК КПСС упоминал о десятках тысячах военнослужащих, расстрелянных в 1941 г. Массовые казни производились и в тылу. Более десяти тысяч расстреляли летом 1941 г. из числа неэвакуированных заключённых западных областей Украины и Белоруссии.