Патриарх заметил Ионе, что тот вводит новое. Но Иона не покорился и утверждал, что латинян крестить не следует, ибо так якобы писано в правилах Шестого Вселенского собора, да и везде писано в Божественном Писании. Тогда патриарх начал объяснять Ионе от правил святых апостолов и святых отцов, что еретическое крещение «несть крещение, но паче осквернение», ссылаясь на 46-е и 50-е правила апостольские и на 19-е Первого Вселенского собора. Затем Филарет напомнил митрополиту Ионе об изверженном патриархе Игнатии, как он, угождая «еретиком латыньския веры», ввел католичку Марину Мнишек в Успенский собор, не крестив её совершенным крещением, а только миропомазав, и потом обвенчал её с расстригой Гришкой Отрепьевым, и удостоил обоих святого причащения. За это Игнатий низринут был русскими архиереями от престола и от святительства [5]. Напомнил и о том, что умученный поляками патриарх Ермоген настоятельно требовал крещения королевича польского Владислава, избранного боярами на престол государства Московского. Да и сам Филарет, будучи ещё митрополитом Ростовским, по приказанию Ермогена изучал правила святых апостолов и отцов и пришёл к убеждению, что все еретики различных еретических вер не имеют истинного крещения и потому от всех еретических вер приходящих к православию должно вновь крестить совершенным крещением. «Всех же убо еретических вер, по святым правилом святых отец, сквернеиши и лютеиши есть латыняне папежницы, понеже всех древних еллинских, и жидовских и агарянских, и еретических вер ереси проклятыя в закон прияша, и со всеми с погаными языки, и с проклятыми со всеми же еретиками обще все и действуют и мудрствуют». Об этом патриарх Филарет мог судить и по богатому личному опыту, наблюдая за жизнью «братьев-католиков» во время своего десятилетнего пребывания в польском плену.
Московский собор 1620 года осудил Крутицкого митрополита Иону, который, впрочем, покаялся и был прощён. На соборе было сформулировано 27 пунктов догматических и канонических нарушений, существовавших на тот момент в католической церкви, а само латинство было названо «лютейшей и сквернейшей из всех ересей». Постановлено было вновь крестить всех, переходящих в православие из католицизма, лютеранства, кальвинизма, униатства, равно как и православных выходцев из Юго-Западной Руси и Белоруссии, где во время унии распространилась практика обливательного крещения. При этом особое внимание обращалось на того, кто совершал таинство крещения. Если оказывалось, что крещение, пусть даже и с троекратным погружением, совершал поп, который «молит Бога за папу», то крещённого им «белорусца» полагалось крестить вновь и он должен был говорить «латинское еретическое отрицание», то есть отрицание от латинской ереси. Тем самым был дан решительный отпор начавшемуся давлению иноверных веяний Запада.
Для успехов распространения православной веры в Сибири, где положение России к этому времени уже достаточно укрепилось, патриарх Филарет в том же 1620 году учредил новую епископскую кафедру в Тобольске. 8 сентября первым архиереем на сибирскую кафедру с титулом архиепископа был посвящён Киприан (Старорусенков), игумен новгородского Хутынского монастыря, пострадавший в годы шведской интервенции за преданность родине и «истинной православной християнской вере». Киприан много заботился об обращении язычников и первый собрал и записал известия об обстоятельствах прихода русских в Сибирь, а имена убитых казаков внёс в синодик для поминания.
Наконец, для православных Юго-Западной Руси, входившей тогда в состав Речи Посполитой, 1620 год тоже ознаменовался очень важными событиями. Иерусалимский патриарх Феофан IV, возвращаясь из Москвы после посвящения патриарха Филарета, прибыл Великим постом в Киев. Здесь он воочию убедился, в каком плачевном состоянии пребывает православная паства на Украине, подвергавшаяся жесточайшим гонениям со стороны польских католиков и своих же изменников-униатов. Православные храмы опечатывались польскими властями и передавались униатам, которые уничтожали в них древние иконостасы и ставили органы; монастыри опустели; дети умирали без крещения, покойников вывозили из города без отпевания, как падаль; ни браков, ни таинств православных не совершалось… Дошло до того, что во всей Украине не осталось ни одного православного епископа, поскольку все они уклонились в унию с католиками, признав над собою главенство Рима. В связи со сложившейся ситуацией патриарх Константинопольский Иеремия в своём послании к жителям Малороссии ещё в конце XVI века писал: «Спасайтеся, братия моя, сами, а пастырьми спастися не можете. Спасайтеся, братия моя возлюбленныя, верное стадо Христово, роде избранный, язык святый, царское освящение, людие обновленыя, русский благочестивый народе, спасайтесь заповедьми евангельскими, спасайтесь законом отеческим, спасайтесь честным и целомудренным житием».