13 сентября 2001 года Хейден собрал на совещание у себя в кабинете все высшее руководство АНБ. Он стоял перед трудным выбором: продолжать ли крупномасштабную и долгосрочную реорганизацию, призванную восстановить былую мощь агентства и модернизировать его систему перехвата по всему миру, или сосредоточиться на решении сиюминутных задач, связанных с противодействием терроризму. Хейден напомнил собравшимся на совещание руководителям: «У нас есть план реорганизации агентства, мы наметили основные вехи воплощения в жизнь этого плана, приняли важные решения, но тут настало 11 сентября». После этого Хейден спросил присутствующих: «Должны ли мы соответствующим образом пересмотреть пути нашего дальнейшего движения к намеченным целям?» Полученный Хейденом ответ был единодушным: не меняя направления ни на йоту, следовало максимально ускорить процесс реформирования АНБ.
В результате и после 11 сентября 2001 года АНБ продолжало всячески способствовать тому, чтобы сотрудники как можно раньше увольнялись из агентства, в то время как подавляющее большинство американских спецслужб начало возвращать на службу своих недавно уволенных на пенсию сотрудников. Хейден так прокомментировал этот процесс: «Все это случилось в течение 30 дней после террористической атаки, когда мы работали на пределе возможностей, чтобы выстоять в войне с террористами. От нас ушло много людей, а некоторым мы специально заплатили, чтобы они ушли».
Основная проблема состояла в том, что в АНБ было слишком много сотрудников высокой квалификации, которым не находилось применения в пределах агентства. Пришлось увольнять специалистов по коротковолновой связи и переводчиков с языков народов, населявших Советский Союз, чтобы освободить место для переводчиков с урду и дари, а также для экспертов в области недокументированных возможностей коммуникационного оборудования и программного обеспечения. По этому поводу Хейден выразился следующим образом: «Мы исчерпали все возможности, связанные с переобучением наших сотрудников. На протяжении целого десятилетия мы пытались приспособить их для решения новых задач. Теперь пришло время привлечь на службу новых сотрудников. Единственный способ сделать это состоит в том, чтобы расчистить для них место от старых сотрудников. За это мы подвергаемся критике. Член комитета по делам разведки американского конгресса Джейн Хармон очень пристально за нами следит, она очень здравомыслящий человек, часто к нам приезжает и много помогает. Но даже она спросила нас: «А в чем собственно дело?» и сделала это публично. Не привлекая широкого внимания, я ответил ей так: решение далось нам очень нелегко, но оно является единственно правильным в сложившихся условиях».
В 1990-е годы общая численность сотрудников АНБ упала на треть. «Большую часть последнего десятилетия мы принимали к себе на работу менее 150 гражданских служащих в год. В результате их количество уменьшилось с 20 тысяч до 15», — сказал по этому поводу Хейден. В 2004 году это количество возросло на полторы тысячи.
Интересно отметить, среди этих полутора тысяч большинство составляли не дешифровальщики и лингвисты, а охранники. Харви Дэвис, руководивший набором сотрудников в АНБ, так прокомментировал сложившуюся ситуацию: «Во-первых, мы лишились надежного убежища, которое превратилось в осажденную крепость. Ее надо охранять, поэтому мы нанимаем такое количество охраны. Некоторых мы берем в аренду. Во-вторых, у нас стало больше детекторов лжи…»
После 11 сентября 2011 года АНБ перешло на круглосуточный режим работы. И когда какое-то служебное мероприятие назначалось, скажем, на 8 часов, нередко в ответ можно было услышать уточняющий вопрос: «В 8 утра или в 8 вечера?»
Целые отделы отправлялись в полном составе в командировки на Ближний Восток. С собой им давали комплект подслушивающей аппаратуры, помещавшейся в чемодане. Эта аппаратура предназначалась для перехвата сигналов маломощных передатчиков на пересеченной местности. Такими передатчиками обычно пользовались террористы, которые скрывались в труднодоступных горных районах. Засечь их было весьма непростым делом. Чтобы не быть запеленгованным, особо глубоких познаний от террористов не требовалось. Надо было лишь следить, чтобы сеансы связи были как можно короче, а передачи велись с разных мест. Можно было, например, поставить радиопередатчик за несколько километров от своего убежища или отнести его на ближайшую гору и связаться с нее со спутником.
Из соображений секретности за сотрудниками АНБ, отбывавшими в командировку на Ближний Восток, служебная машина заезжала не на дом и не в штаб-квартиру, а на местную автомобильную стоянку. Оттуда их отвозили в вашингтонский аэропорт.