Розенкрейцеры, со своей стороны, начали верить в то, что небес можно достичь только через христианство. Франкмасоны оспаривали этот тезис, заявляя, что важно послание, а не посланник и дань уважения нужно платить Великому Архитектору, а не его посланникам.
Где-то около 1550 года розенкрейцеры, приняв солнечный крест и терновый венец (розу) в качестве своего символа, направились собственным путем.
Мэнли П. Халл называет четыре возможных источника происхождения Братства розенкрейцеров. Первый связан с появлением в 1614 году манифеста в Германии. Там было сказано, что для содействия распространению идей Реформации некая таинственная персона, именующая себя «Высоко Просвещенный col1_2» (Христиан Розенкрейц), немец из дворянского рода, но сам небогатый человек, основала тайное общество розового креста. Но этот слишком очевидный отвлекающий ход не подтверждается историческими фактами.
Вторая теория выводит на передний план франкмасонов, которые пытались организовать для себя мистическое окружение розенкрейцеров. Одна из таинственных групп появилась в Центральной Европе, где занималась алхимическими исследованиями. Алхимики делали вид, что они пытаются превратить основные металлы в золото, используя природные элементы вместе с химикатами, хотя общепризнанно, что это всего лишь аллегория тайного братства, целью которого было преобразование основных инстинктов и чувств в очищенное золото божественного знания за счет интеллектуального и духовного совершенствования. Франкмасон Роберт Макой считает, что немецкий теолог Иоганн Валентин Андрэ был истинным основателем общества. Другие полагают, что розенкрейцеры представляют собой первую волну проникновения в Европу буддизма и брахманизма, но есть и те, которые считают, что Братство было основано в Древнем Египте.
В своей книге Secret Symbols of the Rosicrucians («Секрет символов розенкрейцеров») доктор Франк Хартман описывает Братство как «тайное общество людей, обладающих сверхчеловеческими — если не сверхъестественными — силами. Говорят, что они способны предсказывать будущие события, проникать в глубочайшие тайны природы, лечить болезни прикосновением своих рук и знают секреты «философского камня», который дает бессмертие… Это люди, которые в процессе духовного пробуждения достигли практического понимания секретного значения Розы и Креста». Он придерживается мнения, что настоящего розенкрейцера или франкмасона нельзя сделать, он должен вырасти сам, расширяя и разворачивая божественную силу внутри собственного сердца.
Третья теория предполагает, что розенкрейцеры вообще никогда не существовали и идея такого объединения людей была просто мифической концепцией, созданной в умах циников с целью осмеяния алхимических и герметических наук. Но если это братство процветает сегодня, то у него должны быть какие-то корни и в прошлом.
Четвертая теория не проливает достаточно света на то, как развивалась общество и чем оно является, но дает некоторое представление о том, на что оно способно. Эта теория предполагает, что розенкрейцеры в действительности владеют всеми сверхъестественными силами, которые им приписываются, что они на самом деле являются гражданами двух миров: они существуют в физическом мире, и в то же время они способны за счет наставлений, полученных от Братства, функционировать в астральном (духовном) мире. Их душа способна оставлять тело, испытывая то, что сегодня называют «ощущение отстраненности». Считается, что их храм существует в астральном измерении, недоступном для непосвященных. Можно сказать, что их интеллектуальное тело поднимает себя до духовного, при этом освобождая сознание как от физических, так и эмоциональных оков.
Данная способность доступна лишь посвященным высшего ранга, которые прогрессируют в результате прилежного изучения священных наук, многих лет ревностного служения и строгих испытаний.