Однако похожие по морфологии зачатки воздушных мешков встречаются у рептилий. Они наиболее развиты у хамелеонов. Воздух проникает в воздушные мешки через довольно длинную трахею и парные бронхи. Ветви бронхов, проходя через небольшие лёгкие, дают множество ветвей и оканчиваются в воздушных мешках. Мешки различаются по расположению и форме у представителей разных видов птиц. Чаще всего они расположены парами на шее, в грудной и брюшной областях. Прилежащие к костям мешки проникают в полости, не занятые костным мозгом, через специальные отверстия. У пеликанов воздушные мешки проходят под основание дермы и окружают основания перьев. Дыхание птиц за счёт мешков организовано таким образом, что обогащённый кислородом воздух проходит через лёгкие как на вдохе, так и на выдохе (Liem, 1988).
Строение пищеварительной системы отражает тип питания птиц, но имеет явные признаки адаптации к полёту. Ротовая полость переходит в глотку, а затем в пищевод. У птиц нет зубов, хотя у вымершего археоптерикса
Для добывания пищи птицы часто используют язык, покрытый жёсткими щетинками и сосочками. У попугаев он крупный и мягкий, а у страусов и пеликанов рудиментарный. Пищевод обычно имеет простое расширение или значительный боковой выступ — зоб. Проглатывание крупных фрагментов пищи требует обильной смазки пищевода. Чаще всего смачивание пищи происходит при помощи нижнечелюстных, угловых и нёбных слюнных желёз. Пройдя пищевод, пища попадает в железистый, затем — в мышечный желудок. У хищных птиц сильнее развита первая, а у растительноядных — вторая часть желудка. У рыбоядных и многих хищных птиц пищеварительные ферменты настолько активны, что могут растворять кости жертв. В мускульном желудке птиц находится несколько групп мышечных волокон, покрытых защитным железистым слоем. В этом участке пищеварительной системы птиц часто присутствуют песок и мелкие камешки, служащие для перетирания пищи. Тонкая кишка птиц короче, чем у млекопитающих, но имеет слепые кишки. Они впадают в тонкую кишку птиц в зоне перехода тонкой кишки в толстую. Слепые кишки у некоторых видов могут отсутствовать, но обычно их две или одна. Дополнительные слепые кишки свидетельствуют об определённом типе питания.
У большинства позвоночных, особенно растительноядных, пища подвергается ферментативной обработке в желудке. У птиц ферментация пищи проходит не в желудке, а в тонкой кишке и дополнительных слепых кишках. Толстая кишка короткая и переходит в объёмистую клоаку, с которой связаны парные мочеточники.
Они открываются на спинной стороне клоаки и выделяют концентрированную мочевую кислоту. Важным приспособлением к активному полёту считается отсутствие у птиц мочевого пузыря. Надо отметить, что мочевой пузырь развит у большинства рептилий, а у черепах он даже содержит жидкую мочу.
Кровеносная система птиц также обладает рядом особенностей, связанных с полётом. Сердце птиц расположено довольно далеко от головы, как и у рептилий. Если у рептилий правый и левый желудочки соединяются между собой, то обе половины сердца птиц полностью разобщены. Однако в обоих классах есть и исключения. У крокодилов перегородка желудочка полная, а у хорошо плавающих и ныряющих птиц есть овальное отверстие в перегородке предсердий. Следует отметить оригинальное артериальное кровоснабжение головного мозга птиц. У большинства птиц от аорты отходят два артериальных ствола. Один ствол является подключичной артерией, которая снабжает кровью крыло птицы. Второй артериальный ствол является сонной артерией, кровоснабжающей голову и шею. Очень часто сонная артерия у птиц непарная. Одна или две сонные артерии обычно расположены в углублении или специальном канале на вентральной (брюшной) поверхности шейных позвонков. Это положение сонных артерий у неплавающих птиц может заметно варьировать.
С кровеносной системой непосредственно связана лимфатическая система птиц. Лимфатические сосуды есть и у амфибий и рептилий. У хвостатых амфибий небольшие лимфатические «сердца» расположены между сегментами туловищной мускулатуры. У черепах и крокодилов появляются расширения лимфоидных сосудов, но крупные лимфатические цистерны или мешки возникают только у птиц. Для рептилий самым совершенным способом перемещения лимфы является работа сердца. У кайманов расширения лимфоидных стволов ассоциированы с сердцем. Сокращения сердца заставляют двигаться как кровь, так и лимфу. Птицы отчасти сохранили эту систему перемещения лимфы. Более того, у казуаров и некоторых других птиц обнаружено своеобразное лимфатическое сердце. Это мускульный мешок, расположенный у основания хвоста.