Предположения о пересыхании водоёмов были бы довольно убедительны, если бы в эволюции не появились животные с нелёгочными типами дыхания. Такие специализированные виды, как Ciarias, Plecostomus, Hoplosternum, Amia calva, Lepidosiren, используют для дыхания оперкулярные и ротовые полости, желудок, кишечник, плавательный пузырь или лёгкие. Вторая дыхательная система встречается у многих современных сомовых, двоякодышащих и кистепёрых рыб. У двух последних групп они одновременно являются плавательным пузырём и зоной дополнительного газообмена. Не вызывает сомнений, что аналогичные лёгкие могли возникнуть у предковых форм наземных позвоночных (Piiper, Scheid, 1977). При этом никакой связи между лёгкими, возникновением конечностей и выходом на сушу у перечисленных современных видов не предполагается. Попытки поиска причин развития лёгких при недостатке содержания кислорода в воде или при гниении в ней растительных или животных остатков не выдерживает критики. Недостаток кислорода у современных рыб обычно компенсируется увеличением площади поверхности жабр, а не появлением лёгких. Существует предположение о том, что причиной замены жабр лёгкими стала токсичность прибрежных вод. Допущение о плавном повышении токсичности среды обитания на протяжении миллионов лет весьма сомнительно. Следовательно, причины и механизмы возникновения лёгких остаются спорными.
§ 32. Появление конечностей
На первый взгляд происхождение конечностей наземных позвоночных не вызывает каких-либо логических проблем. Их появление вторично по отношению к миграции предков наземных позвоночных на мелководье и формированию эффективного воздушного дыхания. Вывод основывается на том, что у большинства рыб с воздушным дыханием конечностей нет или они используются частично. По-видимому, использование плавников в качестве конечностей началось только тогда, когда изгибание тела в горизонтальной плоскости оказалось недостаточно эффективным для движения. Представить себе такую ситуацию довольно трудно. Ископаемые Sarcopterygii (мясистолопастные) обладали относительно развитой мускулатурой плавников, которая позволяла передвигаться по дну или отталкиваться от субстрата. Однако это не основной, а только вспомогательный способ движения. Учитывая массу тела и размеры плавников рипидистий, можно сказать, что их применение для активного передвижения сопряжено с большими трудностями. Даже если допустить, что они были точкой опоры для более эффективного изгибания и переноса веса тела, причина их трансформации в активную конечность всё равно остаётся неясной.
Возникает парадоксальная ситуация. Зачатки конечностей могли возникнуть только в контакте с дном мелководных водоёмов, где они оставались совершенно неэффективными необозримое время. В водной среде конечности намного менее функциональны, чем плавники и туловищная мускулатура. Очевидно, что требовались своеобразные условия, в которых функционирование явно более мощной и совершенной туловищной мускулатуры стало бы менее эффективным, чем использование конечностей. В такой ситуации можно было бы ожидать, что конечности начнут быстро прогрессировать и увеличиваться, а туловищная и хвостовая мускулатура — редуцироваться. Этим условиям явно не удовлетворяет «прибрежно-мелководная» модель происхождения наземных позвоночных, где большинство двоякодышащих успешно передвигается при помощи змеевидных изгибов тела.