Дарвин родился в графстве Шропшир 12 февраля 1809 г. и был сыном врача Роберта Дарвина (а также внуком другого врача, Эразма Дарвина). Он был пятым из шести детей: у него были три старшие сестры, одна младшая и брат Эразм, который был старше его на четыре года. В 1817 г. умерла их мать, и, хотя две старшие сестры Марианна и Кэролайн смогли взять на себя управление домом (при наличии нескольких слуг), Роберт впал в депрессию и с головой погрузился в работу, пытаясь забыть о потере. К тому времени Чарльз уже ходил в местную дневную школу, а в 1818 г. отец перевел его в школу-пансион в Шрусбери, где уже учился его брат. Перемены в семье очень сблизили братьев. В 1822 г. Эразм уехал из Шрусбери в Кембридж изучать медицину, но лекции ему быстро наскучили, и он стал вести разгульный образ жизни. Когда Чарльзу разрешили навестить брата летом 1823 г., он вкусил все прелести жизни богатого студента, включавшей в себя не только пьянство, но и новомодное увлечение — вдыхание веселящего газа. По возвращении в школу Чарльз забросил учебу, увлекся охотой (особенно на птиц) и в основном бездельничал. По этой причине в 1825 г. Роберт забрал сына из школы и сделал его своим ассистентом при приеме больных. Чарльз ответственно относился к новым обязанностям и проявил явный интерес к медицине, так что впечатленный этим Роберт решил отправить сына в Эдинбургский университет учиться на врача. Эразм, который каким-то чудом сумел окончить трехлетний курс обучения в Кембридже, тоже находился в Эдинбурге на годовой стажировке в больнице, и Роберт надеялся, что старший брат будет приглядывать за Чарльзом. Молодые люди весело проводили время и прилагали минимум усилий к формальной учебе, но уделяли много внимания своим неподдельным научным интересам, в том числе собирая образцы на побережье и вдали от моря.
Эразм снова с большим трудом сумел окончить курс обучения. Но все шансы на то, что Чарльз станет врачом, испарились, когда он посетил две хирургические операции, одна из которых проводилась на ребенке. Обезболивающих в те времена не было, и образ кричащего ребенка остался с ним на всю оставшуюся жизнь. В своей «Автобиографии» он писал:
Я сбежал, не дождавшись окончания. Больше я уже никогда не ходил на операции, и вряд ли нашлась бы приманка столь притягательная, чтобы можно было с ее помощью заставить меня сделать это; то было задолго до благословенных дней хлороформа. В течение очень многих лет эти две операции буквально преследовали меня[11].
Не в силах признаться в своем отношении отцу, после отъезда Эразма в октябре 1826 г. Чарльз вернулся в Эдинбург, чтобы якобы продолжить обучение медицине. Но на самом деле он посещал лекции по естественной истории и геологии, попав под сильное влияние Роберта Гранта, шотландского анатома и специалиста по морской фауне. Наконец, в августе 1827 г. ему пришлось вступить в неизбежный конфликт с отцом и признаться, что он не собирается дальше изучать медицину и становиться врачом. Для непутевого младшего сына из респектабельной семьи, не проявлявшего склонности к военной службе, оставался только один вариант. Было решено, что Чарльз поступит в колледж Христа в Кембридже, будет изучать классические дисциплины и станет приходским священником.