Однако, Господь не оставил Сергея Александровича. Случайная встреча с бывшим келейником старца Амвросия привела его в Кронштадт к Батюшке Иоанну. К нему Нилус приехал холодным февральским днём весь в жару, потерявший голос от сильной простуды. Ехать в таком состоянии было смертельно опасно, но ничто не могло удержать его. Когда отец Иоанн обратился к нему с вопросом, он не мог издать ни звука, лишь с отчаянием смотрел на Батюшку. Тот дал страждущему поцеловать крест, и, положив его на аналой, двумя пальцами правой руки провел три раза за воротом рубашки, по горлу. Лихорадка в тот же миг оставила Нилуса, и голос вернулся к нему. Сергей Александрович со слезами упал в ноги праведнику и более получаса говорил ему о своих скорбях, открывая самые тёмные тайники грешной души и принося покаяние во всем, что неподъёмной кладью лежало на сердце. Много позже Сергей Александрович вспоминал: «Трудно обнаружить себя перед Богом при свидетеле и преодолеть эту трудность, отказаться от своей гордости – это и есть вся суть, вся таинственная, врачующая с помощью Божественной благодати сила исповеди. Впервые я воспринял всей душой сладость этого покаяния, впервые всем сердцем почувствовал, что Бог, именно Сам Бог, устами пастыря, Им облагодатствованного, ниспослал мне Свое прощение, когда мне сказал отец Иоанн: «У Бога милости много – Бог простит».
Какая несказанная радость, каким священным трепетом исполнилась душа моя при этих любвеобильных, всепрощающих словах! Не умом я понял совершившееся, а принял его всем существом своим, всем своим таинственным духовным обновлением. Та вера, которая так упорно не давалась моей душе, несмотря на видимое мое обращение у мощей Преподобного Сергия, только после этой моей сердечной исповеди у о. Иоанна, занялась во мне ярким пламенем.
Я сознал себя верующим и православным».
Скорбями и утешениями возвращает Господь заблудшие души на истинный путь. Забрав у Нилуса земную привязанность – имение Золоторёво, попечение о котором связывало его, Он послал ему опору на новой, праведной стезе, спутницу всей жизни – Елену Александровну Озерову.
Эта женщина, бывшая старше его годами, была как будто предназначена к тому, чтобы помочь ему закрепиться на новом пути и твёрдо идти по нему, не сворачивая. В отличие от него Елена Александровна была с детства воспитана в строгом послушании Церкви, обладала цельным характером и была подлинной твердыней христианского долга. Не отличаясь красотой, она обладала высочайшей культурой, тонкостью и мудростью. Будучи фрейлиной Императрицы, Елена Александровна по настоянию своего духовника после тридцати лет перестала принимать участие в светских мероприятиях, посвятив жизнь заботе о престарелом отце и благотворительности. Она была попечительницей одной из Патриотических школ и фельдшерских женских Рождественских курсов. На этих курсах ей и суждено было повстречаться с будущим мужем, который бывал у их начальницы – Олимпиады Федоровны Рагозиной. Поняв и приняв сложную, многогранную натуру Сергея Александровича, эта женщина посвятила себя ему, мягко поддерживая и направляя с исключительной тактичностью, никогда не оспаривая при этом его мнения.
По желанию Императрицы, с которой Елену Александровну особенно сблизила забота о страждущих во время Японской кампании, она сделалась председательницей Красного Креста в Царском Селе и заведовала всеми благотворительными учреждениями Государыни. Благодаря высочайшей милости состоялась и её свадьба с Сергеем Александровичем. Выходя замуж, Елена Александровна по закону теряла отцовскую пенсию, на которую жили осиротевшие племянники Озеровы, а также престарелые слуги отца. По личному распоряжению Императрицы половина пенсии была ей сохранена. Близкие считали брак Елены Александровны со столь странным человеком, хотя и замечательным собеседником, но прямолинейным и впечатлительным, как дитя, чистой воды безумием и всячески отговаривали её, но она, оживившаяся и расцветшая подле него, не изменила своего решения.
В ту пору Нилус, вдохновлённый обретённой, наконец, истиной, твёрдо ставший на путь духовного делания, решил принять священство и отправиться служить в одно из селений Волыни. Архиепископ Антоний (Храповицкий) лично определил место его будущего служения и дату рукоположения в диакона и иерея в Казанском соборе. И тут-то прошлые грехи напомнили о себе…
«Новое Время» докопалось до подробностей жизни Сергея Александровича. Его связь с Натальей Афанасьевной была подана в виде невероятной грязи. Общество, изначально посчитавшее Нилуса карьеристом, женившимся на пожилой фрейлине, дабы пробраться в царские духовники, с восторгом подхватило скандальную историю. К ней добавилась масса сплетен и слухов, в которых Сергей Александрович представал порочным и развратным человеком.