Когда 8 сентября 1943 г. было объявлено о капитуляции Италии, «Бали Комбетар» (БК) остался союзником Германии в борьбе против антифашистской коалиции с единственной целью — сохранить Великую Албанию. Не случайно именно в сентябре 1943 г. в присутствии представителей албанцев из Космета, Черногории, западной части Македонии и Новопазарского санджака под патронатом фашистской Германии была возрождена Вторая Призренская лига. В своем воззвании Лига ставила задачу объединения всех балканских территорий с большинством албанского населения. Устав Лиги предполагал формирование комитетов во всех округах, вооруженных отрядов (косовский полк), а также молодежного Комитета обороны Косова. Надо сказать, что работа «Бали Комбетар» была четко организована. Центральный комитет БК находился в Тиране, в округах, крупных городах, селах работали комитеты и подкомитеты в зависимости от численности населения. Была также налажена подготовка военизированных молодежных групп.
В конце 1944 — начале 1945 г. БК развернула в Космете широкомасштабную партизанскую войну, которую удалось подавить силами пяти армейских дивизий Народно-освободительной армии Югославии (!). В военных донесениях сообщалось: «По всему краю действовали албанские контрреволюционные комитеты, которые ширили дух неповиновения, проводили пропаганду «Великой Албании», организовывали сопротивление народной власти, призывали не вступать в армию Тито».
Албанские отряды сопротивления, или балисты насчитывали, по разным данным, от 10 до 20 тыс. человек. Центр сопротивления находился в Дренице. Кстати, в 1998 г. центром активного сопротивления режиму также стала Дреница, здесь ныне действующим премьер-министром РК Хашимом Тачи была создана самая мощная мафиозная структура — «Дреницкая группа». Это дает многим сербам основание называть БК «дедушкой» Освободительной армии Косова. Как сообщают югославские источники, в ходе боевых действий в 1944–1945 гг. было убито около трех тыс. албанцев. Сопротивление пошло на спад лишь после уничтожения в 1945 г. лидеров балистов — Шабана Полужа и Мехмеда Градица. Тогда восстание удалось подавить, хотя часть балистов перебралась в Грецию, часть осталась в горах и продолжила оказывать сопротивление новой власти. Ситуация в крае была настолько сложная, что в начале февраля 1945 г. гражданская администрация в Косове была заменена военным управлением. На должности политического комиссара, командующего, коменданта, а также глав партийных комитетов были назначены сербы.
Не менее известна своей жестокостью 21 горная ваффен-дивизия СС «Скандербег», сформированная 1 мая 1944 года. Почти 11 тыс. солдат были набраны из Косова, Метохии и самой Албании: в основном, это были мусульмане-сунниты. Офицерский корпус — около 500 человек — полностью состоял из немцев. Первой же акцией дивизии стала депортация 300 евреев Приштины для уничтожения в Берген-Бельзен.
Историк Г. Уильямсон в своей книге «СС — инструмент террора» отмечает: «Мусульмане этой дивизии были заинтересованы лишь в сведении счетов со своими старыми врагами — сербами, результатом чего явились многочисленные зверства». Албанские эсэсовцы вырезали более 40 тыс. сербов КиМ и Македонии, включая сотни православных священников. Бедри Педжани, мусульманский лидер Албанского национального комитета, вошел в историю тем, что открыто призывал убивать православных сербов во имя создания Великой Албании — исламского государства от Боснии до Греции.
Правда, уже в январе 1945 г. в связи с массовым дезертирством албанцев, дивизия была расформирована. Оставшиеся албанцы-скандеберги были включены в состав Седьмой добровольческой горной дивизии СС «Принц Ойген», которая в мае 1945 г. полностью капитулировал. Эмблемой дивизии был традиционный албанский черный двуглавый орел на красном фоне. Через 50 лет он вновь стал символом косовских албанских экстремистов, когда, как писал Ш. Бриман, «объединенная Европа решила в точности повторить гитлеровский ход — ставку на албанских и боснийских мусульман в борьбе против сербов».
В июле 1945 г. после отмены военного положения албанцы, проживавшие в тот момент в КиМ и лояльные новой власти, собрали Скупщину и выразили желание «всего населения области присоединиться к федеративной Сербии как ее составная часть». До этого озвученная на первом заседании Областного народного комитета Косовско-Метохийской области инициатива о вхождении края в состав Сербии в апреле 1945 г. была поддержана Великой Антифашистской Скупщиной Сербии. Тем не менее, в течение 1946 г. на территории Косова и Метохии продолжали действовать до