Личность и сочинения Оригена оказали огромное влияние на последующих церковных писателей и во многом определили дальнейшее развитие христианской мысли. Характерный для Оригена аллегорический метод толкования Ветхого Завета широко использовался в последующей христианской традиции. Почитателями Оригена в IV веке были святители Василий Великий и Григорий Богослов, составившие из сочинений Оригена сборник под названием «Добротолюбие» («Филокалия»), а также Григорий Нисский, усвоивший его богословский метод и многие его догматические взгляды.
В то же время еще при жизни Оригена начались споры вокруг некоторых пунктов его доктрины. После его смерти эти споры не прекратились. Уже в конце III века святитель Мефодий Олимпийский оспаривал учение Оригена о предсуществовании душ и природе воскресших тел. В IV веке против Оригена писали на Востоке святитель Епифаний Кипрский, а на Западе — блаженный Иероним. В 400 году в Александрии был созван Собор, осудивший оригенизм. Однако влияние Оригена сохранялось в монашеских кругах Египта и Палестины, где вплоть до середины VI века продолжались споры по тем или иным пунктам учения Оригена. В конце концов на Константинопольском Соборе 543 года, а затем и на V Вселенском Соборе 553 года оригенизм был официально осужден Церковью. Осуждению подверглись, в частности, следующие пункты, вытекающие из учения Оригена или его сторонников: о том, что человеческие души предсуществовали в мире идей, но потом отпали от божественного созерцания и для наказания посланы в тела; о том, что душа Иисуса Христа предсуществовала и соединилась с Богом Словом раньше воплощения от Девы, а тело в утробе Пресвятой Девы сначала было образовано и уже после этого соединилось с Богом Словом; о том, что Бог Слово уподобился всем небесным чинам, став для Херувимов Херувимом, для Серафимов Серафимом; о том, что тела людей воскреснут в шарообразной форме; о том, что небо, солнце, луна, звезды и превышние воды одушевлены; о том, что Христос будет распят в будущем веке за демонов, так же как за людей; о том, что сила Божия ограничена в пространстве и что Бог Сам сотворил столько вещей, сколько мог объять; о том, что наказание демонов и нечестивцев — временное и будет иметь после некоторого срока свой конец, т. е. что будет восстановление (апокатастасис) демонов и нечестивых людей. Значительная часть сочинений Оригена была после V Вселенского Собора утрачена, некоторые сочинения дошли только в латинском переводе.
Христианские писатели II–III веков, помимо защиты христианства от внешних врагов, вынуждены были реагировать на ереси, возникавшие внутри Церкви. Наиболее значимыми ересями этого периода, помимо упоминавшегося уже гностицизма, были монтанизм, савеллианство и манихейство.
Монтанизм возник в середине II века после того, как языческий жрец Монтан обратился в христианство, но не захотел примкнуть к Церкви, а создал свою секту, последователи которой признавали его за Параклита (Святого Духа). В догматическом отношении монтанизм как будто бы не отличался от христианства, однако желание Монтана выдать свою секту за новое откровение, равное по значению Новому Завету, свои сочинения и сочинения своих сторонников приравнять к Священному Писанию, а также чрезмерный нравственный ригоризм секты и ее эсхатологическая настроенность (монтанисты ожидали скорого пришествия Христа, причем произойти это должно было во фригийском местечке Пепуза, которое они называли «новым Иерусалимом») — все это вызвало резкий протест со стороны Церкви. Против монтанистов на Западе энергично выступил Тертуллиан. На Востоке их учение было впоследствии осуждено I Вселенским Собором.
Савеллиане (по имени римского пресвитера Савеллия) проповедовали учение о том, что Отец, Сын и Святой Дух суть три наименования одной и той же Божественной Личности, которую Савеллий называл «Сыно–Отцом»: в Ветхом Завете эта Личность открывала Себя как Отец, в Новом как Сын, а в Церкви после вознесения Христа — как Дух. Савеллий был отлучен от Церкви папой Римским Каллистом, однако его учение сохранилось вплоть до второй половины IV века.