В трактате «О началах» (сохранившемся целиком лишь в отредактированном латинском переводе) Ориген излагает христианское вероучение в том виде, в каком оно дошло от апостолов, снабжая апостольское предание своими собственными комментариями. Согласно Оригену, существует Единый Бог, Который все сотворил и создал и Который все привел из небытия в бытие. Этот Бог, согласно предсказаниям пророков, послал Господа Иисуса Христа для призвания сперва Израиля, а потом и язычников. Этот Бог, праведный и Благой Отец Господа нашего Иисуса Христа, дал закон, и пророков, и Евангелие; Он же есть Бог и апостолов, Бог Ветхого и Нового Заветов. Иисус Христос, согласно церковному Преданию, рожден от Отца прежде всякой твари: при сотворении мира Он служил Отцу, но «в последнее время», смирив Себя, воплотился и сделался человеком, оставаясь при этом тем, чем был прежде, т. е. Богом. Он воспринял тело, подобное нашему телу, с тем только различием, что оно было рождено от Девы и Святого Духа. Иисус Христос родился и пострадал истинно и подвергся смерти не призрачно, а реально; истинно Он воскрес из мертвых, после воскресения общался со Своими учениками и вознесся. Отцу и Сыну в отношении чести и достоинства сопричастен Святой Дух. «При этом нельзя ясно усмотреть, рожден или не рожден Святой Дух, должно ли считать Его Сыном или нет», отмечает Ориген. Последнее утверждение свидетельствует о недостаточной разработанности пневматологического догмата в его время.
Церковное Предание, согласно Оригену, учит о посмертном воздаянии в виде наследия вечной жизни и блаженства или же вечного огня и наказания, а также о всеобщем воскресении мертвых, когда человеческое тело восстанет в славе. Разумная душа обладает свободой выбора и должна выдерживать борьбу против диавола и ангелов его; свободная воля означает, что люди не подлежат принудительной необходимости делать добро или зло вопреки своему желанию.
Относительно Ангелов и добрых сил Ориген говорит, что они «служат Богу при устроении спасения людей; но когда они сотворены, или каковы они, или как существуют — это не обозначается с достаточной ясностью». Относительно диавола и ангелов его «весьма многие держатся того мнения, что этот диавол был прежде Ангелом и, сделавшись отступником, убедил уклониться вместе с собою многих других Ангелов». Кроме того, в церковном Предании утверждается, что мир был сотворен и начал существовать с известного времени, однако «что было прежде этого мира или что будет после него, для многих остается неизвестным, потому что в церковном учении не говорится об этом ясно».
Наконец, Ориген говорит о том, что Священное Писание содержит не только буквальный смысл, «но и некоторый другой, скрытый от большинства, ибо описанное здесь служит предначертанием некоторых таинств и образом божественных вещей». Духовный смысл Писания «известен не всем, а только тем, кому подается благодать Святого Духа в слове премудрости и знания». Последнее утверждение указывает на аллегорический метод толкования Священного Писания: этот метод, широко распространенный в александрийской традиции, основывался на представлении о наличии двух уровней в Писании — буквального и духовного — и о необходимости за каждым словом Писания усматривать некий аллегорический, символический смысл. При помощи такого метода, который современному человеку может показаться бесполезным и бессмысленным, но который соответствовал культурной традиции образованных эллинов его времени, Ориген истолковал многие книги Священного Писания.
Богословские формулировки сочинений Оригена, как правило, достаточно осторожны: в тех случаях, когда в церковном Предании нет ясного ответа на тот или иной догматический вопрос, Ориген либо оставляет его без ответа, ссылаясь на его недостаточную разработанность, либо предлагает свое толкование, при этом подчеркивая, что оно является его личным мнением. В то же время в трактате «О началах» наличествуют идеи, которые последующей церковной традицией были отвергнуты и осуждены. Так, например, в этом трактате обнаруживается мысль о том, что души разумных тварей первоначально пребывали в созерцании Бога, однако вследствие грехопадения охладели и были посланы в тела. В результате духовно–нравственного очищения, а также благодаря воплощению Сына Божия, души могут быть восстановлены в свое прежнее состояние: это восстановление (апокатастасис) охватит все разумное естество, включая людей, диавола и демонов. В то же время оно не будет окончательным, поскольку свобода разумных тварей влечет за собой возможность нового падения и возвращения в тела, а следовательно, и необходимость нового Боговоплощения. Идея бесконечного круга перевоплощений, вытекающая из этой теории, противоречит христианскому учению о соединении души и тела, о единственности и уникальности искупительного подвига Христа.