Своими особенностями отличалось и богослужение странников. На первом месте стояло совершение таинств. Из таинств у странников остались крещение, исповедь и погребение (которое в древней Церкви также часто относилось к числу таинств). Прежде всего, это крещение — вступление в «странствующую Церковь». При этом крещаемый сначала проходил испытание в вере и жизни. В течение сорока дней он постился особенно строго: кроме субботы и воскресенья не ел никакой горячей пищи и исполнял иноческое «тысящное» правило — каждый день клал по тысяче поклонов. Это приготовление к крещению, или оглашение, именовалось у странников «приглас» и имело соответствующие аналоги в практике древней Церкви. Когда время «пригласа» заканчивалось, новоприсоединяемого или новоприсоединяемую приводили на «собор» (то есть собрание «верных», уже крещеных странников), где они должны были выбрать себе крёстного и крёстную из числа находящихся в «странстве». (Малолетним крёстных выбирали их воспитатели и на «собор» не приводили.) На следующий день совершалось крещение. Оно было окружено атмосферой особенной таинственности. Обычно это происходило ночью, преимущественно в лесу или каком-нибудь другом уединённом месте. По примеру крещения Христа в Иордане крещение странников также происходило в реке или озере и лишь в крайних случаях (из-за холода или болезни) — в новых чанах-купелях. Для слабых и больных мог сокращаться и срок оглашения. Само крещение совершалось по древлеправославному чину, напечатанному в дониконовских книгах, в три погружения, но без чтения священнических молитв. При крещении человеку давалось новое имя, и он становился полноправным членом «странствующей Церкви».
Чин исповеди, или покаяния, у странников состоял в том, что кающийся чистосердечно, ничего не утаивая, излагал в письменном виде все свои грехи и отдавал эту запись наставнику — своему духовному отцу. В случае невозможности исповедаться перед духовным отцом или перед другим «верным» странники перед иконой Спасителя читали Скитское покаяние — древний иноческий чин, известный во множестве списков и многократно переизданный старообрядческими подпольными типографиями. Нужно отметить, что из всех церковных чинов в результате никоновской реформы самому большому сокращению подвергся именно чин исповеди. Из него было изъято перечисление наиболее часто встречающихся грехов, так что впоследствии в основной массе русского народа представления о том, что грешно, а что — нет, стали весьма размытыми. Если раньше чин исповеди занимал 40 страниц, то в новом варианте сократился до четырёх. Даже рассчитанное на «нуждные» случаи Скитское покаяние было в несколько раз объёмнее новообрядческого чина исповеди.
Интересен был и чин погребения у странников. Когда кто-нибудь из них умирал, об этом тотчас же сообщали наставнику. С прибытием наставника на умершего надевали саван, потом наставник читал над телом положенные молитвы, после чего тело заворачивали в новую рогожу и зарывали прямо в землю, без гроба. Этим как бы подчёркивалось то, что, поскольку у странников на земле не было дома, не нужен им «деревянный дом» и после смерти (опять-таки, древняя иноческая практика). Погребение всегда происходило ночью, в лесу или в роще, иногда среди чистого поля или в сараях «жиловых» (последнее, как правило, только летом). Трупы зарывались в землю не особенно глубоко: чтобы «антихристова» земля не слишком давила «истинного христианина странствующего», причём ноги зарывали немного ниже головы — чтобы, когда прозвучит труба архангела, и души восстанут на Страшный суд, легче было подняться. За упокой души умерших странники служили панихиды. Многие перед смертью отдавали на помин души собратьям по вере всё своё имущество.