Между тем ни патриарх, ни духовенство не хотели признавать себя побежденными. Не имея возможности аргументированно опровергнуть челобитную староверов, они слёзно умоляли царевну Софью не давать их «на посмех и поругание». Царевна сама не хотела терять авторитет в глазах народа, и просьба архиереев была исполнена. Использовались и подкуп, и репрессии. Спешно были вызваны некоторые начальники стрельцов. Затем пригласили по сто человек выборных от каждого стрелецкого полка. Им было выдано по 50—100 рублей (годовое жалованье!), а некоторые были повышены в чинах. Подкупленные стрелецкие начальники не смогли устоять перед такими соблазнами, и многие из них отреклись от старой веры. Чтобы нейтрализовать рядовых стрельцов, устроили празднества и открыли царские винные погреба. Три дня стрельцов спаивали, а 7 июля оставшиеся верными Софье стрельцы арестовали главных участников прений о вере с патриархом.
11 июля отец Никита Добрынин на Лобном месте в Москве был «главосечен и в блато ввержен и псам брошен на съядение», а прочих, наказав кнутом, отправили в далёкую ссылку.
Готовилась расправа и над стрельцами. 1 сентября молодых царей Иоанна и Петра перевезли в село Коломенское под Москвой, куда со всех городов России начало стекаться дворянское ополчение. Вскоре князь Иван Андреевич Хованский и его сын Андрей были захвачены обманом, обвинены в злоупотреблениях и превышении власти и казнены 17 сентября 1682 года в царском путевом дворце в селе Воздвиженском, неподалеку от Троице-Сергиева монастыря. Движение стрельцов было обезглавлено и впоследствии разгромлено. Так закончилась ещё одна попытка преодолеть раскол Русской Церкви и вернуть Московское государство к вере отцов.
Двенадцать статей царевны Софьи и их последствия
Спустя некоторое время раскол был закреплён ещё больше. 7 апреля 1685 года правительница России царевна Софья Алексеевна и новообрядческий патриарх Иоаким утвердили «Двенадцать статей о борьбе с расколом» (то есть со старообрядцами). В истории эти статьи за свою особую жестокость получили название «драконовских». Когда их читаешь, действительно становится жутко. В частности, согласно новому указу «упорных раскольников» следовало казнить, сжигая в срубах. Если же они принесут покаяние, то отсылать под строгий надзор в монастыри, откуда не выпускать до самой смерти. Оговоренных в «расколе» предписывалось пытать на дыбе, а тех, чья вина будет доказана, наказывать кнутом и ссылать. Наказанию подвергались и те, кто только укрывал «еретиков» или знал о их местонахождении, но не донёс властям. Их следовало без жалости бить батогами и ссылать. Закон предусматривал передачу имущества казнённых и сосланных староверов в царскую казну.
«Двенадцать статей» были составлены при непосредственном участии московского патриарха Иоакима. Историк В.О. Ключевский в связи с этим писал: «Усиление карательных мер против старообрядцев нельзя ставить целиком на счёт правительства царевны Софьи; то было профессиональное занятие церковных властей, в котором государственному управлению приходилось обыкновенно служить лишь карательным орудием». Так называемые «Двенадцать статей» царевны Софьи представляли собой адаптированную к русской действительности копию католических инквизиционных актов, что лишний раз подтверждает пролатинскую сущность церковных реформ, проводившихся Никоном и его духовными наследниками.