В первый час ночи предатель Феоктист и воины, собравшиеся в сушильной комнате под крепостной стеной, сбили замки, открыли монастырские ворота и впустили оставшееся войско в святую обитель. Услышав шум, мужественные стражи Стефан, Антоний и прочие стражники и иноки числом до тридцати вышли навстречу ворвавшимся, но тут же были убиты. Затворившимся по келиям инокам было обещано, что им не будет причинено никакого зла, и тогда монастырские отцы, «веру емше лису тому», вышли навстречу «победителям» с честными крестами и святыми иконами. Однако воевода, забыв про данное им обещание, нарушил клятву и приказал отобрать кресты и иконы, а иноков и бельцов развести по келиям под караул.
Проникнув в обитель, стрельцы начали бесчеловечную расправу над иноками. Мещеринов лично допрашивал старцев, задавая один и тот же вопрос: «Почто противились самодержцу и воинство посланное отбивали от ограды?» Первым был приведён сотник Самуил, который мужественно отвечал: «Не самодержцу аз противихся, но за отеческое благочестие и за святую обитель мужествовах, и хотящих разорите преподобных отец поты не пущах во ограду». Мещеринов приказал стрельцам избивать Самуила до тех пор, покуда тот не предал свою душу Богу. Тело его было брошено в ров.
Архимандрита Никанора, который от старости и многолетних молитвенных трудов уже не мог передвигаться сам, на допрос привезли на «малых саночках». Престарелый архимандрит бесстрашно отвечал мучителю: «Понеже Божиих неизменных законов, апостольских и отеческих преданий посреде вселенныя живущим соблюдати не попущают нововнесенные уставы и новшества патриарха Никона, сих ради удалихомся мира, и в морскии сии оток (остров. — К.К.) в стяжание преподобных чюдотворцев вселихомся… Вас, иже растлите древлецерковныя уставы, обругати священныя отец труды, разрушите богоспасительныя обычаи пришедших, во обитель праведно не пустихом».
Не постеснявшись ни иноческого образа, ни «святолепных» седин старца, ни его великого священнического сана, воевода стал осыпать отца Никанора «бесчестною бранию и нелепыми словесы». Но и этого показалось ему мало. Мещеринов, лично избив старца тростью и выбив у него зубы, приказал за ноги вытащить его за монастырскую ограду и бросить в ров, на лютый мороз в одной сорочке. Всю ночь страдалец боролся с ранами и морозом, а с рассветом «изыде дух его от тьмы настоящей жизни в немерцающий присносущ-ный свет, и от глубочайшаго рва в превысочайшее Небесное Царство».
Следующим был допрошен соборный старец Макарий, смело обличавший кощунственные поступки стрельцов. Он также был избит до полусмерти немилосердным воеводой, с издевками выволочен стрельцами за ноги и брошен замерзать на лед. Искусным монастырским мастерам древорезцу Хрисанфу и живописцу Феодору с учеником Андреем отсекли руки и ноги, а затем отрубили и головы. Одних иноков и бельцов за шеи и «междуребрия» подвешивали на острые крюки, других, привязав за конские хвосты, волочили по острову, «дондеже (пока. — К.К.) души испустят». Пощады не было даже для больных и немощных — их за ноги волочили на морской берег. Там во льду была вырублена огромная яма без воды. Туда, связав по двое, посадили 150 человек и начали медленно пускать воду. На дворе стоял жестокий мороз, и все страдальцы были заморожены живьём. И лишь немногих, предварительно избив, бросали в подвалы или отправляли в ссылку.
Ярости и жестокости мучителя не было границ. По списку, поданному Мещериновым новому, назначенному из Москвы настоятелю, в живых значилось лишь 14 иноков. Всего же в обители было замучено около пятисот иноков и бельцов! Земля и камни острова обагрились кровью неповинных страдальцев соловецких. Морская губа, омывающая монастырь с запада, вся была завалена телами убитых, заживо замороженных и казнённых монахов и бельцов. Во множестве их тела были свалены около монастырских стен и болтались на виселицах и деревьях. После расправы тела убиенных и разрубленных на части мучеников ещё с полгода лежали непогребенными, пока не пришёл царский указ — предать их земле.
Но Мещеринов и на этом не остановился. Казни и убийства сопровождались кощунственным разграблением монастырских святынь (предвосхищение будущего «изъятия церковных ценностей»). Он «экспроприировал» не только собранные за много веков пожертвования и казну, но и бесценные монастырские святыни, в том числе церковную утварь и иконы. И лишь когда обитель была полностью разорена, Мещеринов посылает к царю гонца, возвещая о «победе».