Однако надежды на восстановление древлеправославия оказались тщетными. 1 июля 1659 года скончался соловецкий игумен Илия, а в марте 1660 года в Москве поставили в архимандриты Соловецкой обители иеромонаха Варфоломея, который, прибыв в монастырь, отстранил старых советников из состава монастырского собора и ввёл туда новых, угодных себе. Новый архимандрит пытался вводить в монастыре и новые порядки. Так, в 1661 году он предпринял попытку ввести в обители недавно принятое в Москве «наречное» пение вместо древнего «наонного». Это вызвало ропот среди братии монастыря, а головщики (руководители церковных хоров) продолжали по-прежнему петь по старинным певческим книгам. В 1663 году Варфоломей совершает новую попытку реформирования, но она снова заканчивается полным крахом. Братия монастырская крепко стояла за старину. Как раз в это время на Соловках старец Герасим Фирсов написал «Послание к брату», в котором привёл многочисленные свидетельства в защиту двуперстия, а старец Феоктист составил «Слово об антихристе и тайном царстве его», где доказывал идею о том, что антихрист уже царствует в мире духовно, а Никон — предтеча его.
В 1666 году архимандрит Варфоломей отправляется на собор в Москву и открыто переходит на сторону новообрядцев. Здесь он доносит властям об упорстве соловецких иноков, не желающих принимать никоновскую реформу. В ответ снаряжается особая комиссия во главе с архимандритом Спасо-Ярославского монастыря Сергием, которая 4 октября 1666 года прибывает на Соловки.
По прибытии комиссии в обитель был созван «чёрный» собор, на котором соловецкие иноки говорили: «Прежде от Соловецкого монастыря вся русская земля просвещалась всяким благочестием, и ни под каким зазором Соловецкий монастырь не бывал, сиял как столп и утверждение. А теперь вы учитесь новой веры от греков, когда греческие учители сами лба перекрестить по подобию не умеют и без крестов ходят». После долгих споров и пререканий о вере архимандрит Сергий несолоно хлебавши возвратился в Москву.
Вслед архимандриту была послана царю челобитная (вторая по счёту), в которой говорилось: «Прислан к нам с Москвы в твое царьское богомолье, в Соловецкой монастырь, Ярославля Спаского монастыря архимарит Сергей с товарыщи учити нас церковному закону [по] преданным книгам… И милости у тебя, великого государя, вси со слезами богомолцы твои и раби твои государевы молим и просим: помилуй нас, благочестивый, милосердый великий государь, царь и великий князь Алексей Михайловичь, всея Великия и Малыи и Белыи Росии самодержец, поели нам, якож Отец Небесный, всещедрую свою и великую милость, не вели, государь, ему, священноархимариту Сергею, прародителей твоих государевых, благоверных царей и благочестивых великих князей, и началников наших и великих чюдотворцов, преподобных и богоносных отец Зосимы и Саватия и Германа и преосвященного Филиппа, митрополита Московского и всея Русии, предания нарушать. И вели, государь, в том же предании быти нам, в коем чюдотворцы наши и прочий святии отцы, и отец твой, великого государя, благочестивый великий государь, царь и великий князь Михаило Федоровичь всея Русии, и дед твой государев, блаженный Филарет Никитичь, Московский и всея Русии патриарх, богоугодным своим житием препроводиша дни своя, чтоб нам, богомолцам твоим и трудником, врознь не розбрестися и твоему, великого государя, богомолию, украинному и порубежному месту, от безлюдства не запустеть»[25].
Но царю было не до преподобных русских чудотворцев и не до своего «порубежного богомолия». Он уже грезил о литургии в храме Святой Софии константинопольской и мысленно примерял на себя византийский венец. Челобитная соловецких иноков была оставлена без ответа. Вместе с тем власти удовлетворили их просьбу о смещении прежнего архимандрита Варфоломея. Однако новым архимандритом монастыря был поставлен не Никанор, которого желала видеть на этом месте монастырская братия, а совсем иной человек. 23 июля 1667 года был принят патриарший указ о поставлении соловецким архимандритом бывшего московского строителя Иосифа, единомышленника Варфоломея. Ему было поручено ввести в Соловецком монастыре новые обряды. Узнав об этом, соловляне послали соборных старцев навстречу новому архимандриту с прямым вопросом: по каким книгам он будет служить в монастыре — по старым или по новым?
Когда соловецкие иноки узнали о том, что Иосиф — сторонник новообрядцев, то под благословение к нему не подошли. 15 сентября 1667 года в Спасо-Преображенском соборе монастыря состоялось заседание «чёрного» собора, на котором присутствовали и миряне. Теперь, после публичного, с участием «вселенских патриархов», проклятия старых обрядов в Москве на печально знаменитом соборе 1666–1667 годов, стало ясно, что проводить прежнюю политику игнорирования церковной реформы уже не удастся. Надо было принять определённое и прямое решение. Соловецкий «чёрный» собор категорически отверг новые книги и обряды и отказался признать Иосифа своим архимандритом.