Прибыв в замок Анжера, д'Артаньян расставил посты охраны и занялся обустройством узника; в частности, мебель для него он приобрел за свой счет. Эти заботы не мешали ему не спускать с него глаз и подвергать самым тщательным обыскам. Через несколько дней король поручил его заботам еще одного арестованного – секретаря Фуке Поля Пелиссона, историографа Французской академии, который отказался отречься от своего господина и свидетельствовать против него. Из Нанта в Анжер Пелиссона доставил квартирмейстер первой мушкетерской роты де Сен-Map с отрядом в двадцать мушкетеров. 1 декабря арестованные и конвоиры выехали в Амбуаз, причем мушкетерам приходилось прокладывать дорогу через толпы сбегавшихся окрестных жителей, выкрикивавших ругательства и оскорбления в адрес опального министра. В Туре разъяренная толпа чуть не опрокинула карету, и во время остановки в этом городе мушкетерам приходилось разгонять подозрительные сборища. Во избежание инцидентов решено было покинуть Тур в три часа ночи. Оставив Фуке в Амбуазе, д'Артаньян доставил Пелиссона в Париж и сдал его с рук на руки своему другу Франсуа де Бемо, коменданту Бастилии.
В конце декабря Фуке перевели в Венсенский замок, и распри, возникшие между двумя офицерами, которым была поручена его охрана, вынудили короля спешно отправить туда д'Артаньяна, который уже доказал свою компетентность в этом вопросе. У дверей камеры Фуке отныне постоянно дежурил специальный отряд мушкетеров, в самой камере находились двое часовых; единственным связующим звеном между узником и внешним миром был д'Артаньян. Во все время судебного процесса над Фуке он спал в комнате по соседству с камерой своего подопечного, установив там походную кровать. Более бдительного охранника и представить себе было нельзя. Однажды д'Артаньян арестовал некоего человека, который пытался подкупить одного из мушкетеров, чтобы тот передал заключенному записку. Король доверял только ему: в бумагах Фуке были обнаружены письма Бемо, написанные в те времена, когда тот заискивал перед суперинтендантом, находившимся на вершине могущества. Дело Фуке поссорило двух друзей.
Несмотря на строгое следование инструкциям, полученным от короля, д'Артаньян был способен на великодушие: конвоируя своего узника в Париж, когда туда вернулся двор, он ненадолго задержал карету в Шарантоне, чтобы Фуке, не выходя из нее, смог поцеловать жену и детей, которых не видел уже три года. 13 декабря 1664 года в три часа ночи в небе над Парижем появилась комета – это явление многие восприняли как добрый знак для Фуке. Д'Артаньян, бодрствовавший всю эту ночь, разбудил узника и показал ему комету, пролетавшую над Сент-Шапель, чтобы хоть как-то его ободрить. В каком-то смысле Фуке действительно повезло: вместо смертного приговора суд вынес решение о тюремном заключении в Пиньероле, небольшом городке на склоне Альп. По рекомендации д'Артаньяна охрана бывшего министра была поручена Бенинь Доверию де Сен-Мару, «весьма порядочному человеку». Тем не менее сопровождать заключенного до ворот темницы король велел д'Артаньяну.
Путешествие в суровую зимнюю пору длилось двадцать долгих дней, на протяжении которых д'Артаньян, по словам госпожи де Севинье, был «единственным утешением» Фуке. По прибытии на место д'Артаньян настоял на том, чтобы рядом с камерой заключенного была обустроена комнатка для его слуги.
Сен-Map остался охранять Фуке, а д'Артаньян, облегченно вздохнув, вернулся на поле брани. Однако в 1671 году король вновь прибег к его услугам, чтобы арестовать графа де Лозена. Бывший гасконский кадет, которого приютил в Париже из милости его родственник маршал де Грамон, вошел в фавор к Людовику XIV, который сделал его губернатором Берри, генерал-полковником королевских драгун (подразделения, специально созданного для королевского фаворита) и капитаном лейб-гвардии. В 1670 году Лозен получил чин генерал-лейтенанта и командовал королевской армией во время похода во Фландрию. Тогда-то он и поссорился с капитан-лейтенантом «серых мушкетеров» и несколько месяцев вел с ним «холодную войну». Два гасконца помирились в начале ноября 1671 года, а через несколько дней д'Артаньян получил приказ арестовать Лозена. Причиной ареста скорее всего стали интриги госпожи де Монтеспан, титулованной любовницы короля, и военного министра Лувуа. Д'Артаньяну пришлось вновь проделать утомительное путешествие в Пиньероль. В арестантской карете, помимо него и Лозена, сидели также Мопертюи и Пьер д'Артаньян.