Преемники Короля-Солнце не так ревностно боролись с протестантами, благодаря чему множеству общин удалось сохраниться. Век просветителей отличался не только вольнодумством и непочтительностью к религии, но и религиозной терпимостью в нашем понимании этого слова. Когда около 1750 года в Лангедоке возобновились гонения на протестантов, общественность была возмущена. К 1770 году последние протестанты, брошенные в тюрьму за свои религиозные убеждения, были освобождены; протестантским священникам разрешили проповедовать в сельской местности, а в 1776 году уроженец Женевы протестант Неккер фактически (но не официально) стал министром финансов Людовика XVI. В 1787 году этот король издал эдикт о терпимости: государственные должности оставались под запретом для протестантов, они не могли открыто совершать свои богослужения, однако получили право на гражданскую регистрацию браков, рождений и смертей (до сих пор эти события регистрировали приходские кюре). Но к тому времени протестанты, составлявшие пятую часть населения в 1600 году и больше десятой части в 1685-м, представляли уже едва ли пятидесятую его часть.
Многие королевские мушкетеры были родом из мест, пострадавших от драгонад, но вряд ли они пытались возражать против подобных мер по утверждению единой религии, хотя протестантизм был религией их отцов. Скорее всего, веря в непогрешимость своего короля, они предпочли покориться его воле. Вот лишь один пример: пехотный капитан Жан де Кабирон происходил из протестантской семьи, жившей в Лангедоке. После отмены Нантского эдикта он обратился в католичество и, когда жители Севенн от отчаяния взялись за оружие, стал одним из самых яростных их преследователей. Его старший сын Жан (родился в 1672 году) до 1699 года служил в королевских мушкетерах.
Отмена Нантского эдикта, узаконившая гонения на протестантов, стала и началом гонений на евреев. Ранее Людовик XIV относился к иудеям довольно благосклонно: после присоединения к Франции Трех Епископств и Эльзаса жившие там евреи не были изгнаны из королевства, хотя соответствующий эдикт от 1394 года теоретически был еще в силе. Более того, в 1657 году Людовику и его брату Филиппу устроили торжественный прием в синагоге города Мец в Лотарингии. Кольбер видел в евреях движущую силу экономики, и за время царствования Короля-Солнце еврейская община Лотарингии существенно разрослась. Португальских евреев, называемых «новыми христианами», которые жили в Бордо и в окрестностях Байонны, тоже не трогали. Однако 1685 год стал черным годом для евреев: восьмерых сожгли живьем в Тулузе, а первая статья «Черного кодекса», посвященного рабам, предписывала изгнать евреев с Антильских островов.
Но вернемся к армии и католикам.
В XVII веке Церковь играла весьма значительную роль в жизни как гражданского, так и военного общества, а церковные иерархи были наделены довольно большой властью. Житель города Вик-ан-Бигорр Арно де Требон, отец королевского мушкетера Лорана де Требона, был осужден за убийство некоего Жака Юга: он напал на свою жертву на улице, нанес ему несколько ударов шпагой и, ворвавшись в дом, где Юг пытался укрыться, добил его, не позволив даже извлечь шпагу из ножен. Бросив тело мертвого врага, Требон унес с собой его шпагу, что для гасконцев было злейшим преступлением. Требона приговорили к публичному покаянию, повешению и конфискации имущества. Пока он находился в бегах, казнь совершили над его изображением. Преступника поймали в Орлеане и заключили в городскую тюрьму. На его счастье, в это время в Орлеан прибыл новый епископ, который обладал привилегией миловать узников в день своего вступления в город и в должность. Епископ Альфонс д'Альберик простил Требону его вину, и тот отделался лишь уплатой двухсот пятидесяти ливров на судебные издержки.
При каждой мушкетерской роте имелся свой капеллан, которого король не обходил своими щедротами при раздаче бенефициев; так, аббат Улье, капеллан первой мушкетерской роты, получил пенсию в пятьсот ливров. (Постоянные военные капелланы находились при армии с конца XVI века.) Поскольку в дворянских семьях, как правило, старший сын становился военным, а один из младших – священником, иногда капелланы состояли в родстве с офицерами: например, в конце XVII века старшим капелланом мушкетеров был Жан Пьер де Лаборден, брат «серого мушкетера» Гильома де Лабордена. В каждой крепости или казарме, построенной Вобаном, имелась часовня; при Доме инвалидов, выстроенном в Париже, был заложен собор.
Военные имели право основать часовню. Например, Жан де Пюжо, происходивший из семьи профессиональных военных, среди которых были и французские гвардейцы (уроженец деревушки Пюжо Борден по соседству с Артаньяном), завещал триста ливров на строительство и украшение часовни Святого Духа, основанной в 1611 году при францисканском монастыре в городке Вик-ан-Бигорр.