Выступив во главе армии против гугенотов Гиени и Лангедока, Людовик XIII отправлялся не в крестовый поход, а в карательную экспедицию против нелояльных подданных. Сражения, в которых участвовали и королевские мушкетеры (Сен-Жан д'Анжели, Монтобан, Негрепелис, Монпелье), были жестокими и кровопролитными, обе стороны не шли на уступки, а в захваченных протестантских городах королевские войска вели себя как в завоеванной стране. В 1622 году в Монпелье был заключен мир, однако вождь гугенотов Анри де Роган не оставлял своих замыслов – создать во Франции при поддержке Англии и Испании гугенотскую республику, возглавить которую собирался он сам. В те времена во Франции было около миллиона гугенотов, то есть двенадцатая часть населения. Фаворит английского короля герцог Бекингем оказал военную поддержку французским протестантам; приняв ее, гугеноты поставили себя в положение изменников родины. Взяв Ла-Рошель в 1628 году, Людовик запретил политические собрания, многие крепости были разрушены. Он издал новый эдикт, подтверждающий предыдущий в том плане, что протестанты могли свободно исповедовать свою веру по всему королевству, кроме Парижа. Король подчеркивал, что не делает различия между своими подданными, пока те верно ему служат. Со своей стороны, Ришелье обеспечивал соблюдение Нантского эдикта по соображениям внешней политики: во время Тридцатилетней войны союзниками Франции были протестантские немецкие княжества, Швеция и голландские Соединенные провинции. Пока были живы король и кардинал, французские гугеноты чувствовали себя в безопасности.
После Английской революции и казни в 1649 году короля Карла I пуританским парламентом протестантство оказалось связано в умах людей с убийством короля. Забеспокоившись, французские гугеноты резко осудили своих английских братьев по вере и всячески выказывали свою верность монархии. В 1652 году король (а фактически правивший от его имени Мазарини) своей декларацией выразил благодарность протестантам за поддержку, оказанную короне во время Фронды. Однако Тюренну (сыну фаворита Генриха IV), обеспечившему победу над фрондерами, пришлось перейти в католичество, чтобы стать маршалом Франции. Гугеноты уже не стремились к тому, чтобы обратить католиков в свою веру; они всеми силами цеплялись за куцые привилегии, которые еще оставались им дарованы после того, как кардинал Мазарини повсеместно ввел буквальное соблюдение Нантского эдикта. Французский абсолютизм строился вокруг государственной религии, стержнем которой был король. Провозгласив себя королем по «божественному праву», Людовик XIV фактически создал некую «королевскую религию», культ Короля-Солнце. Такого поклонения «священной особе» короля не было больше нигде в Европе.
Единство страны должно было быть основано на единообразии во всем. Пусть гугенотов было мало, пусть они являлись верными подданными и способствовали развитию экономики и науки, из-за самого своего существования они становились «пятном на солнце». Начиная с 1660-х годов Людовик XIV предпринял широкомасштабное обращение протестантов в католичество по всему королевству, для которого все средства были хороши. Нантский эдикт утрачивал свой смысл.
В 1672 году королевские войска вторглись в Соединенные провинции: теперь голландцы более не являлись союзниками Франции, а потому не имело смысла делать реверансы в сторону отечественных протестантов. Все больше гугенотов переходили в католичество – уже не только знать и чиновники, но и торговцы и ремесленники. Завершение Голландской войны стало апогеем могущества Франции в Европе: Людовик вернулся в Париж с титулом «Великий».
Используя кнут, король не забывал и о прянике: в 1675 году была учреждена особая касса, откуда выдавали деньги новообращенным. Это привлекло в основном простой народ и жуликов: некоторые ушлые гугеноты обращались в католичество несколько раз. В 1680 году протестантам было запрещено заниматься рядом профессий, в том числе быть юристами и врачами, а католикам – переходить в протестантскую веру. В следующем году начали закрывать протестантские академии. Наконец, 11 июля был издан ордонанс о драгонадах, согласно которому протестантов, перешедших в католичество, на два года освобождали от постоя. Прочие же должны были принимать на постой специально направленные в эти области отряды драгун, которым было предписано вести себя с хозяевами как можно грубее, чтобы принудить тех отречься от своей веры, потому что «так угодно королю».