Пожарский устраивал на свой счет кормы, а Минин раздавал им жалованье по статьям, кто чего был достоин по своей службе: дворяне и дети боярские, у которых были поместья, отказались от денежного жалованья, а раздавалось жалованье казакам и стрельцам . Когда уже в Нижний пришло довольно войска, Пожарский с Мининым вышел из Нижнего и прибыл в Ярославль. Патриарха Гермогена не было уже на свете . Когда в Москву дошла весть о том, что в Нижнем составляется ополчение, поляки приступил к Гермогену и требовали, чтоб он написал в Нижний и велел распустить ополчение и остаться верными присяге, данной Владиславу. Гермоген отвечал: "Да будет над ними милость Господа Бога, а от нашего смирения благословение, а на изменников излиется от Бога гнев и будут они от нашего смирения прокляты в сем веке и в будущем". За это патриарха стали содержать в большей тесноте и томить голодом. Он скончался в Чудовом монастыре 17 февраля 1612 года, как говорили, от голода.
Пожарский простоял в Ярославле с марта до половины месяца августа. Были многие причины этой долгой стоянки. Надобно было подождать, пока подойдут из городов ополчения и пришлют казны; надобно было узнавать и поразведывать, что делается в Польше и какие силы может против нас выдвинуть польский король, кроме того, Новгород договорился со шведами принимать шведского королевича, и Пожарскому надобно было обезопасить себя от шведов, чтобы они на него не пошли войною принуждать Московское государство брать на царство шведского королевича. Для этого Пожарский посылал в Новгород к шведам согласие и обещание, что как только русские покончат с поляками, так и станут выбирать в цари шведского королевича, а на уме у Пожарского и у всех русских было другое: они натерпелись вдоволь от иноземцев, ни за что не захотели бы никакого чужого государского сына в цари себе, а думали выбрать на престол кого-нибудь из своих боярских родов. Для этого Пожарский из Ярославля писал по городам Русской Земли, чтоб земство везде выбирало из чинов всех званий по два человека выборных и чтоб эти выборные приезжали в Ярославль и составили около Пожарского земскую думу, и подумали бы вместе, как и кого выбирать в государи. И оттого еще долго стоял Пожарский в Ярославле, что у него в ополчении сделалась большая неурядица; как съехались к нему бояре и дво ряне, так вместо того чтоб всем быть в совете, они только ссорились меж собою: один хотел быть выше другого, а глядя на них, и те служилые люди, что были ниже их по чинам, не повиновались начальству и своевольствовали, а Пожарский был человек не такой, чтоб все его боялись, и не умел их держать в грозе и в порядке. Ничего с ними не сделавши, он вызвал из Троицко-Сергиева монастыря бывшего митрополита ростовского Кирилла, который у Троицы жил на покое. Тот своими пастырскими словесами с трудом мог завести какой-нибудь лад, по крайней мере его уважали; было постановлено, что кто с кем поссорится, обе стороны должны идти судиться к митрополиту, и как митрополит порешит и рассудит, так тому и быть.
Под Москвой тем временем все по-прежнему стояло казацкое войско. Князь Димитрий Тимофеевич Трубецкой хотел быть заодно с князем Пожарским; он хоть и служил вору, и потом хоть и потакал казакам, а все-таки был человек Московского государства и хотел добра своему народу. Заруцкий, не смея явно показать, что он недруг Пожарскому и земским людям, должен был прикинуться, что радуется приходу новой силы, и вместе с Трубецким послал от себя к Пожарскому звать его под Москву, а меж тем подослал злодеев убить Пожарского. Случилось в Ярославле, когда князь Димитрий Михайлович Пожарский осматривал пушки и рассуждал, какие взять с собой под Москву, а какие оставить, злодеи подкрались к нему посреди народа стоявшего кругом князя, и один хотел ударить его ножом в живот, да не попал и ударил в ногу своему товарищу. Тут их перехватали; они во всем сознались; народ хотел их разорвать, но Пожарский велел их только послать в тюрьму; может быть, он сохранил для того, чтоб ими уличить Заруцкого.
После этого Заруцкий, видя, что ему нет удачи, а Пожарский скоро придет, убежал ночью из-под Москвы, взявши с собой и Марину с сыном. За ним пошла толпа самых завзятых казаков.
Вышедши из Ярославля, Пожарский шел через Ростов и Переяславль. Тамошние люди пристали к нему. Он остановился у Троицко-Сергиева монастыря. Здесь вся его ратная сила поставлена была на горе Волкуше. Архимандрит Дионисий со всею братиею служил молебствие, освящал воду, все войско окропил св. водою. Молили Бога, чтоб даровал победу православному воинству над иноверцами.