Впрочем, выступления против диктатуры Тайра, организованные императорами и их окружением, отмечались и раньше — в 1156 г.
Власть сиккэнов опиралась на формирующиеся дружины самураев («самурай» буквально означает «служилый»), которых киотосские аристократы пренебрежительно называли «восточными варварами». К концу XIII в. эта власть стала постепенно расшатываться стараниями императорского двора и крупных буддийских монастырей, которые к этому времени обзавелись собственными дружинами монахов-воинов. Настоятелями многих монастырей были принцы крови, так что сомневаться в их политической ориентации не приходилось.
Весной 1221 г. император обратился к самураям с призывом восстать против сиккэнов, но его поддержали немногие из них. Вооружённые схватки между войсками Киото и Камакура (
Казалось бы, наступил период стабильности режима. Но продолжался он недолго. В середине столетия возникли неурядицы между приближёнными сиккэна, а в первой четверти XIV в. среди придворных сановников стал формироваться новый антисёгунский заговор. Его возглавил император Годайго (1288–1339, на престоле в 1319–1338 гг.). Заговор был раскрыт, заговорщиков арестовали, многих из них обезглавили, а самого Годайго отправили в дальнюю ссылку. Из ссылки мятежный император бежал, с помощью преданных ему людей сплотил антикамакурские силы, во главе которых поставил одного из своих сыновей, и начал ожесточённую войну.
Режим сиккэнов Ходзё пал. Но готовых торжествовать свою окончательную победу сторонников Годайго ждало разочарование. Асикага Такаудзи (1305–1358), один из военачальников, перешедший к ним из стана Ходзё, которым он приходился родственником, отрёкся от императора, основал новый сёгунат и посадил на престол принца Тоёхито, девятого сына императора Гофусими, троюродного брата Годайго, и он стал называться императором Коме (1321–1380). Страна разделилась на два лагеря — Южный и Северный. У каждого лагеря был свой император, собственная система государственного управления, свои воинские формирования. Гражданская война, начавшаяся в 1336 г., закончилась только в 1392 г. Почти 65-летний период получил название Намбокутё дзидай — Эпохой Южной и Северной династий.
События междоусобных войн XII, XIII и XIV веков служили богатым материалом для создания устных сказаний.