Начальником штаба армии был назначен генерал-лейтенант Гаузе. Он занимался поначалу формированием армии в районе Хайльбронна, затем — в окрестностях Бад-Зальцуфлена. Но на данном поприще он не успел отличиться. В ноябре 1944 года он был назначен Главнокомандующим только формируемой «кадровой армией» (20-я армия). На его пост из Генерального штаба сухопутных войск пришел генерал-майор Ваффен-СС, бригадефюрер СС Кремер. Свой пост он занимал до конца войны. Офицеры штаба армии, возглавлявшие отдельные оперативные группы (Ia, Iс, Id), были офицерами Ваффен-СС, которые получили образование в военной академии Генерального штаба Германии. Армейские офицеры возглавляли преимущественно направления, которые занимались снабжением. Значительная часть подразделений 6-й танковой армии состояла из сугубо армейских служащих. Это были подразделения разведки и снабжения, картографическое бюро, артиллерийские и саперные части. Исключение составляла только дивизия СС «Лейбштандарт». В ней несли службу лишь служащие Ваффен-СС. Все сопутствующие танкистам подразделения в ней состояли в основном из собственных офицеров. Некоторые мемуарные источники указывают на странную тесную взаимосвязь между Ваффен-СС и остальными родами войск. Дело в том, что в Западной Венгрии располагались также штабы частей связи военной авиации — Люфтваффе, военно-морского флота (Дунайская флотилия) и Королевских венгерских войск — Хонведа. В оперативном смысле почти все они подчинялись командованию армии.
Несмотря на то, что из 6-й танковой армии получилась такая «пестрая смесь», многие отмечали, что отношения между солдатами Ваффен-СС, Вермахта, Люфтваффе, военно-морского флота и Хонведа были почти безупречными. Это может объясняться также тем, что по своему менталитету солдаты Ваффен-СС были уже давно интегрированы в «действующую армию», для них перестали существовать барьеры между эсэсовскими и армейскими кругами. Генерал пехоты Типпельскирх, в данной ситуации выступивший в роли беспристрастного свидетеля, отмечал по поводу этой взаимосвязи: «На полях сражений всегда можно было отметить хорошие, даже товарищеские отношения между армейцами и СС».
Особенностью боев в Западной Венгрии была граница, проходившая между действовавшей на Балканах группой армий «Ф» и сражавшейся в Словакии и Венгрии группой армий «Юг». Это не был обычный шов между двумя сражавшимися против общего противника соседними группами армий. По сути, это была граница между двумя военными мирами, которые назывались Верховное командование сухопутных войск Германии и Верховное командование Вермахта. Весь Восточный фронт от Финляндии до Словакии подчинялся Верховному командованию сухопутных войск Германии, которое Гитлер возглавлял с 1941 года. За ситуацию на Западном и южных фронтах отвечало Верховное командование Вермахта, которым Гитлер управлял как «фюрер и Главнокомандующий Вермахтом». Переброска воинских частей с одного фронта на другой была связана с огромными проблемами, что приводило к напряженным отношениям между двумя Верховными командованиями.
Шла традиционная для Третьего рейха борьба компетенций. В итоге все вспыхивавшие конфликты был вынужден улаживать лично Гитлер. В основном ему приходилось сглаживать неровные углы в отношениях между генерал-полковником Гудерианом (тогдашним шефом Верховного командования сухопутных войск Германии) и генерал-полковником Йодлем, который был начальником штаба Верховного командования Вермахта. То, что в роли арбитра между ними выступал Гитлер, выглядело несколько странновато. Но, судя по всему, недоверчивого Гитлера весьма устраивала роль посредника и арбитра. Он как Верховный Главнокомандующий специально создавал всевозможные препоны и конфликтные ситуации, плодя дублирующие друг друга структуры. И если, на первый взгляд, у подобной практики не было очевидных негативных последствий, то ее косвенное отрицательное воздействие было очевидным. Высшие армейские чины не могли оперативно принять решение. Почти любой, даже второстепенный военный вопрос требовал личного вмешательства фюрера. В иных случаях речь шла о заданиях, порученных отдельному батальону. Их утверждение занимало много времени, которого в итоге не хватало на более важные вещи. В итоге Гитлер как Верховный Главнокомандующий стал ощущать на себе все более и более возрастающее бремя неразрешенных военных вопросов, от которых он предпочитал дистанцироваться.