В начале 1915 г. Ставка вновь распылила силы на два стратегических направления: Австро-Венгрию и Германию. Германцы подтягивали крупные резервы, в то время как Юго-Западный фронт увяз в тяжелых боях в Карпатах. Часть войск фронта была отвлечена на блокаду крупной австрийской крепости Перемышль. Стратегия изматывания противника дала свои результаты, и 22 марта 1915 г. крепость пала. В русский плен сдалось 9 генералов, 2300 офицеров и 122 800 нижних чинов.
Падение Перемышля стало последним успехом Юго-Западного фронта в бытность Алексеева его начальником штаба. Вскоре генерал был назначен вместо Рузского командующим Северо-Западным фронтом. Ему досталось весьма тяжелое наследство: высокий некомплект в войсках, недостаток снарядов, низкий моральный дух солдат, а также сильный и искусный противник – германцы, которые в 1915 г. решили перенести основные усилия на русский фронт, планируя в ходе решительного наступления вывести Россию из войны. Новый главнокомандующий, прежде всего, стал накапливать резервы.
Совещание членов Временного правительства с генералами. Львов, Алексеев, Керенский, Брусилов. Петроград, июнь 1917 г.
Однако ситуация ухудшалась. В начале мая немецкая армия Маккензена прорвала позиции русского Юго-Западного фронта у Горлицы. Началось тяжелое отступление, поставившее в критическое положение и армии Алексеева. К середине июня встал вопрос о выводе войск из готовящегося котла. Любая ошибка генерала могла привести не только к тяжелым потерям, но и поражению России в войне.
Конечно, Алексееву повезло, что германцы недооценили противника и решили разгромить в «польском мешке» сразу несколько армий. Немецкое командование распылило силы, а русский командующий вовремя разгадал планы неприятеля. Ему удалось добиться у Ставки свободы действий, в частности, в вопросе об оставлении Варшавы. Алексеев планомерно выводил свои войска на восток. Конечно, в этот тяжелый период ошибки были неизбежны. Одна из них – решение до конца оборонять крепость Новогеоргиевск – привела, в итоге, к ее сдаче вместе со всем гарнизоном и артиллерией. Но самое главное заключается в том, что в своем руководстве фронтом Алексеев не пошел на поводу панических настроений.
Так или иначе, к концу августа Алексееву удалось вывести войска и стабилизировать фронт. Германцы одержали крупную победу, но не достигли решающих стратегических целей. 31 августа войска Северо-Западного фронта были разделены на два новых объединения: Северный фронт генерала Рузского и Западный фронт, остававшийся за Алексеевым.
Серьезные перемены произошли в это время и в Ставке. Император Николай II решил занять пост Верховного главнокомандующего, назначив вскоре начальником штаба генерала Алексеева. В целом, это назначение приветствовалось многими офицерами. Так, служивший в Ставке Ф. Кирхгоф писал, что Алексеев «отличился только своим упорным трудом, обладая врожденными военными способностями. И на новом высоком посту он неутомимо работал, почти всего свыше своих сил… Удивительная его память, ясность и простота мысли обращали на себя внимание. Он был далек от карьеризма и работал не за страх, а за совесть». О высоких моральных качествах Михаила Васильевича писал и протопресвитер русской армии Г. Шавельский: он «как и каждый человек, мог ошибаться, – но он не мог лгать, хитрить и еще более ставить личный интерес выше государственной пользы».
Когда в апреле 1916 г. Алексеев получил звание генерал-адъютанта, то на поздравления сухо заметил: «Стоит ли поздравлять? Разве мне это надо? Помог бы Господь нам, – этого нам надо желать!».