Николай Ильич не укорял красноармейцев. Он объяснял им, что свое, кровное дело они могут отстоять только сами и только в борьбе. Искренность, убежденность Николая Ильича возымели действие. Едва он кончил, красноармейцы сами скрутили наиболее злобных провокаторов и выставили их перед Подвойским.
Полк разоружать не пришлось. Он в тот же день в полном порядке выступил на фронт.
Организация воспитательной работы в войсках была одной из главных забот Н. И. Подвойского. По его инициативе только в марте — мае 1919 года в Красной Армии Украины было создано около тысячи библиотек, красноармейских клубов, театров, концертных групп. За это время в войска было отправлено более двух миллионов экземпляров книг, плакатов, листовок, около трех миллионов экземпляров газет, налажена работа 16 редких тогда киноустановок. Николай Ильич требовал не только от комиссаров и политработников, но и от командиров, штабистов, чтобы воспитательная работа в войсках шла непрерывно, а агитационно-пропагандистские мероприятия были непременно связаны с задачами и жизнью подразделений.
«Размах и фантазия у Николая Ильича были безграничны, — писал один из руководителей издательского дела на Украине, член партии большевиков с 1917 года Н. И. Наумов. — В киевский период Николай Ильич был загружен неимоверно, спал по 3–4 часа в сутки, но находил время, чтобы зайти ко мне в Редиздат и убедиться лично, что потребности фронта и тыла в литературе будут обеспечены… Откровенно должен сказать, что я нещадно эксплуатировал Николая Ильича как докладчика, приглашая его всюду, где, по моему мнению, требовался самый лучший оратор, и Николай Ильич никогда не отказывался от выступлений, несмотря на усталость, недосыпание и недоедание».
Плоды трудов Н. И. Подвойского и его соратников из Наркомвоена были налицо. К 1 июля 1919 года Красная Армия Украины насчитывала 188 тысяч человек. В частях была налажена партполитработа. Создана централизованная система снабжения. Наркомвоен Украины только Южному фронту направил более 70 тысяч бойцов, обеспечивал Украинский фронт, выделил десятки тысяч красноармейцев для охраны важнейших объектов республики. Но ситуация на фронтах гражданской войны все более обострялась. Контрреволюция при прямой помощи и активной поддержке английских, французских, американских, японских интервентов сумела сколотить огромные армии и двинуть их в наступление: на востоке — полчища Колчака, на юге — Деникина, на севере — Миллера, в Прибалтике — Юденича. Страна оказалась в огненном кольце. Обстановка требовала не просто огромных, а отчаянных усилий.
Нависшая смертельная угроза резко усилила стремление независимых советских республик объединить силы в борьбе с врагами. ЦК РКП(б) поддержал это стремление и по предложению В. И. Ленина принял постановление о военном единстве советских республик. В июне 1919 года на заседании ВЦИК с участием представителей Украины, Белоруссии и Прибалтийских республик был принят исторический декрет «Об объединении советских республик России, Украины, Латвии, Литвы, Белоруссии для борьбы с мировым империализмом». Декрет предусматривал объединение военного строительства, военной организации, военного командования, а также советов народного хозяйства, комиссариатов труда, финансов, железнодорожного транспорта. В соответствии с декретом Наркомвоен Украины, как и других республик, упразднялся.
По просьбе ЦК КП(б) У Н. И. Подвойский июль и почти весь август оставался на Украине. Совет Обороны республики использовал его на самых трудных участках гражданской войны. Вот лишь один эпизод из его жизни в то время.
В июле юго-западнее Киева петлюровцы стянули значительные силы и захватили важный пункт — узловую станцию Жмеринка. С падением Жмеринки был отрезан путь на Одессу, создалась непосредственная угроза Киеву. Совет Обороны Украины поручил Н. И. Подвойскому выехать на место и сделать все, чтобы остановить бегущие части, вернуть Жмеринку. Н. И. Подвойский сформировал группу, в которую вошли несколько рот из киевских полков, отряд курсантов-выпускников Киевских пехотных курсов и бронепоезд имени К. Либкнехта под командованием рабочего-большевика К. В. Лихачева, и выехал под Жмеринку. В пути он присоединил к отряду еще один бронепоезд — «Таращанец».
Встретив под Казатином спешно отходившие от Жмеринки части, Н. И. Подвойский, действуя быстро и решительно, остановил их, привел в порядок, влил в свой отряд. Разобравшись в обстановке, Николай Ильич создал две боевые группы — под командованием бывшего полковника большевика Бабина и военкома Иванова. Каждой группе придал по бронепоезду и поставил задачу одновременным внезапным ударом взять Жмеринку. При этом наступление он организовал вдоль двух веток железных дорог, чтобы эффективно использовать свои бронепоезда и не дать петлюровцам возможности уйти на имевшихся у них трех бронепоездах. Свой командный пункт Подвойский разместил на станции Гнивань.