Многое намечал сделать Малков по улучшению работы ЧК в Пермской губернии, возвратившись с конференции, но не все замыслы удалось ему осуществить. Борьба не утихала, наоборот, она становилась все более ожесточенной. Перми угрожала опасность захвата белогвардейцами, еще активнее стали действовать те, кто ждал их прихода. Семнадцатого сентября выстрелом из-за угла был убит военный комиссар Волегов, через месяц с небольшим от бандитских пуль погиб чекист Третьяков, в декабре левые эсеры пытались поднять смуту в Мотовилихе. Тревожные вести поступали с фронтов. Губернская ЧК работала день и ночь. Все коммунисты города были мобилизованы и переведены на казарменное положение. И все же, несмотря на самоотверженную работу чекистов, многие оставшиеся на свободе враги вредили как могли. Даже при приеме здания для размещения штаба был обнаружен подготовленный к взрыву динамит.
3-я армия, оборонявшая Пермь, не смогла противостоять белогвардейским частям, 24 декабря 1918 года город захватили колчаковцы. Но и в этой, казалось, безвыходной ситуации Малков до конца оставался на своем посту. При наступлении колчаковских войск на Пермь он вместе с другими товарищами и батальоном губчека организовал заслон, чтобы дать возможность эвакуировать учреждения и гражданское население. В течение двух суток они отбивали у колчаковцев захваченные ими составы и выводили их на станцию Чайковская, срочно направляя в сторону Глазова.
Беззаветной храбростью Малков завоевал уважение своих товарищей. Враги Советской власти его ненавидели. На третий день после взятия Перми колчаковцами реакционное духовенство, облачившись в ризы, кропило дома, где жили и работали большевики. Особенно много «святой воды» было израсходовано на помещения ЧК, квартир Борчанинова и Малкова.
Что же было потом? Уже после гражданской войны Павел Иванович рассказал об этом в своих воспоминаниях. В газете «Звезда» от 17 декабря 1922 года читаем:
«Колчак, вытеснив из Перми, гонит нас дальше. Отступаем, но твердо верим, что за нами будет победа. Блюхеровская дивизия имеет в своих рядах закаленных товарищей, которые больше верят в победу и умеют ее добыть, чем кто-либо другой...
Село Петропавловское — крупное село, многим известное, в нем жили члены учредительного собрания, крупные торгаши, имеющие связи с Вяткой и Москвой, а главное, в этом селе есть сыны торгашей — прапорщики и поручики. В селе расположен центр снабжения дивизии, база боеприпасов... Вся зажиточная свора, видя незащищенный тыл армии и воображая, что вообще красных мало, затевает гнусное дело — восстание в тылу, взвесив наши силы... и имея недалеко поддержку в районе Ижевска и ряде окружающих волостей. Эти господа начинают готовиться.
Обставлено дело у них настолько конспиративно, что только особое классовое чутье чекиста, всевидящего эту связь, определяет, где центр контрреволюции, и принимает меры к раскрытию заговора.
Дело серьезное, нужно спасти огнеприпасы для целой дивизии, предотвратить кошмарную расправу с тыла. Чутье, сообразительность указывают путь. Товарищ П. знакомит нас с товарищем Лихачевым. Долго рассуждать некогда, моментально решаем: я и Лихачев обязываемся быть помощниками в момент, когда приезжает гость — руководитель восстания...
Предлагаем свой план комитету действия. Нас прячут, мы с товарищем П. сидим в засаде. Сидим, поджидаем. Думаем, а что, если нас выдадут здесь, тем более место ненадежное? Знает об этом лишь прислуга, которая оказывает через нас Красной Армии содействие. Тесно, душно, шевелиться нельзя, услышат, дело будет проиграно.
Слышим, идут, собираются, наступают решающие минуты. План восстания готов. Необходимы действия.
Жутко и нам становится от того, что мы слышим, как ведут переговоры: уничтожить руководителей красноармейских частей, захватить склады, обрезать связь и тому подобное.
Тихо... Тов. П. передает: приготовиться. Необходимо действовать. Решающая минута. Мы выскакиваем из убежища. Никак не ожидавшие нашего появления заговорщики почти не сопротивляются, и скоро мы являемся победителями. Побежденные отправляются для дознания и расследования к товарищу П.».
После отступления из города многие пермские чекисты оказались в рядах Красной Армии, участвовали в тяжелых оборонительных боях. Часть сотрудников Пермской чрезвычайной комиссии эвакуировалась в Вятку, откуда была направлена в действующую армию, в тыл колчаковских войск. Некоторые были зачислены в состав Уральской и Вятской ЧК.
А что же Павел Иванович Малков? В его автобиографии читаем: «...Я был срочно вызван в город Вятку для доклада специальной комиссии ЦК РКП(б), товарищам И. В. Сталину и Ф. Э. Дзержинскому, о причинах падения Перми...»