Несмотря на усилия чекистов, во многих местах Вятской и на границах с Костромской и Вологодской губерниями стали группироваться поддавшиеся белогвардейской агитации дезертиры и представители имущих слоев. Бывшие офицеры и агенты Колчака готовили восстание в тылу частей Красной Армии на Восточном фронте; намечалось поднять его как раз в тот момент, когда начнется наступление наших войск. Реввоенсовет 3-й армии принял решение послать экспедиционный отряд для уничтожения гнезд контрреволюции. Малкову поручается возглавить экспедиционный отряд и действовать согласно выработанному плану. Ему дано право принимать все меры, чтобы контрреволюционные очаги были уничтожены. Действовать предписывалось решительно и беспощадно, не причиняя вреда мирному населению.
В удостоверении, подписанном командующим 3-й армией, указывалось:
«Предъявитель сего товарищ Малков есть начальник специального экспедиционного отряда, что подписями и приложением печати удостоверяется.
Товарищу Малкову разрешается подача телеграмм «военная», разговор по прямому проводу со штабом Третьей Армии и проезд в штабных вагонах в районе расположения Третьей Армии.
Всем военным и гражданским властям надлежит оказывать полное содействие товарищу Малкову при исполнении им служебных обязанностей».
К тому времени вятские чекисты располагали сведениями о готовящихся выступлениях, известны были и некоторые главари. С учетом этих данных Малков распределил силы отряда, включив в каждую самостоятельную группу чекистов, знавших обстановку в уездах, где предстояло действовать. Командирам было предложено опираться на местный актив — коммунистов и сочувствующих.
В результате операций, проведенных под руководством Малкова, были ликвидированы контрреволюционные очаги на территории Вятской губернии. Удалось выявить около двадцати тысяч белогвардейцев. Все это способствовало победам Красной Армии на Восточном фронте, скорейшему освобождению Урала от колчаковцев.
К первому июля 1919 года вся Вятская губерния была очищена от врагов, белогвардейцев изгнали из ряда уездов Пермской губернии, вновь стала свободной Пермь. На родине Малкова, в Вятской губернии, сравнительно спокойно.
Мысленно Малков уже давно в Перми. Лучшая пора его жизни прошла в этом городе. Победы, конечно, радуют, но чем, какой мерою измерить горечь отступления, потерю многих товарищей? Одни сложили головы в открытом бою, другие не вернулись из колчаковского тыла, многие, оставшиеся на захваченной территории, погибли от рук карателей. Все это оставило глубокий след в душе Павла Ивановича. Изменился даже его облик. Он посуровел, лишь изредка можно было увидеть на его лице добрую улыбку.
Как только в Перми был создан Военно-революционный комитет, Малков оказался на новом посту. Вновь он назначается председателем Пермской чрезвычайной комиссии. И хотя колчаковцы были выброшены с Урала, работы чекистам хватало. В Пермской губернии оставалось еще немало скрытых и явных врагов Советской власти. Они всячески вредили. В Осинском, Пермском, Оханском и других уездах белогвардейские банды, скрывавшиеся в лесах, терроризировали местное население, грабили, убивали.
Сложнейшее положение складывалось на Печоре и севере Чердынского уезда. По поступившим в ЧК сведениям белогвардейцы, поддерживаемые английскими интервентами, организовывали воинские формирования для действий в тылу Восточного фронта и помощи Колчаку.
Это очень тревожило Пермский комитет обороны и губком партии. Тридцатого ноября 1919 года, на внеочередном совместном заседании, проходившем под председательством Емельяна Михайловича Ярославского, были заслушаны доклады Малкова и других товарищей о положении на севере края. После обсуждения решили направить туда значительные силы, объединив командование в одних руках. В Екатеринбург был послан нарочный за оружием, одновременно приступили к сбору теплых вещей для отправлявшихся на север отрядов. Наряду с этим предусматривалось «провести мобилизацию коммунистов Усольского уезда; снять отряд из 33-й бригады, находившийся в Ильинском, и двинуть на север, двинуть на север отряд товарища Назукина из Усольского уезда; выбрать наиболее обученных и пригодных к военным действиям добровольцев Союза молодежи, находящихся в данное время в территориальном полку».