Дело Вельского, как и все, связанное с именем этого авантюриста, представляется мало понятным. По летописцу, дело было так. Борис послал Вельского на «дикое поле» на реку Донец, на устье реки Оскола, ставить на Донце «Новый Царев-Борисов город». Наказ Вельскому был дан летом 1600 года[54]. Летописец говорит, что на далекий юг, служивший для Вельского, очевидно, местом почетной высылки из Москвы, Вельский, «человек богатый», пошел
Вельского вызвали в Москву, допрашивали с унижением и, как говорят, с пытками, лишили думного чина, окольничества, конфисковали имущество, распустили его «двор», подвергли его даже телесному наказанию и сослали в Низовые города, на Волгу, в тюрьму. В Поволжье Вельский и пробыл до смерти Бориса и воцарения самозванца, который оказал ему большую милость и возвел в бояре.
Дело Вельского было завершено, вероятно, в конце 1600 года. Приблизительно тогда же, по нашему мнению, началось обширное дело Романовых, в которое были затянуты многие родственные Романовым семьи князей Черкасских, князей Сицких, князей Репниных, князя Шестунова, Шереметевых, Карповых и других. По словам летописца, дело началось с доносов. Холопы Романовых правительством всячески понуждались доносить на своих «государей», за которыми Борис счел необходимым установить своего рода полицейский надзор. Однако доносы не давали достаточных поводов для преследования, пока не поступило от казначея Александра Никитича Романова, от второго Бартенева, заявление, что он готов показать на своего «государя» все, чему его научат. Тогда Семен Никитич Годунов, заведывавший при Борисе политическим сыском и бывший (по выражению Карамзина) «главным клевретом нового тиранства», наложил «всякого корения в мешки» и научил Бартенева подложить их в «казну» Александра Никитича, а потом «известить» правительство об этих «кореньях». Бартенев так и сделал: он «довел», то есть донес, на своего государя, что тот занимается «ведовством», иначе ворожбой, и держит у себя «коренья». Насчет «кореньев» в подкрестнои записи царю Борису было сказано немало, чтобы «зелья лихого и коренья» не давать никому и ни от кого не принимать во вред царю Борису и его семье и «ведунов и ведуний не добывати на государское на всякое лихо». Когда по обыску коренье у Романовых нашлось, его привезли к патриарху и туда же собрали всю заподозренную в колдовстве семью «Никитичей». У патриарха «бояре же многие на них, аки зверие, пыхаху и кричаху». Этой шумной сценой негодования на «изменников, хотевших царство достати ведовством и кореньем», начался процесс Романовых.