Обратясь в династию, Годуновы оказывались в одиночестве среди знати и должны были всех остерегаться. В этом заключалась главная трудность положения Бориса. Она осложнялась тем, что бывшие друзья, обратившиеся для Бориса в главных врагов, были очень агрессивны и не оставили борьбы даже после формального избрания Бориса. Эпизод с Симеоном Бекбулатовичем очень показателен в этом отношении. Он может объяснить нам, так сказать, психологию дальнейшей борьбы. Вдумавшись в него, можно понять, как борьба могла дойти до самозванщины. Проиграв избирательную кампанию, противники Бориса имели в нем против себя правильно избранного народною волею монарха. Никаким боярским или княжеским именем действовать для его свержения было уже нельзя. Попробовали тогда выдвинуть лицо, имевшее ранее Бориса титулы «царя», по происхождению от ханов, и «великого князя», по пожалованию Грозного. Но это показалось попыткою с негодными средствами, ибо Симеону (да еще ослепшему) оказалось не под силу тягаться с Борисом. Для этого «царю и великому князю» Симеону не достало ни личного авторитета, ни средств. Но когда не удалась интрига с ослепленным и полузабытым татарским служилым ханом, естественно было домыслиться до того, что против Бориса оставалось только одно средство – попытаться восстановить старую царскую династию, чтобы ею упразднить новую. «Димитрия воскреснувшее имя» произносилось и писалось в письмах в 1598 году; но от Андрея Сапеги нам известно, что вначале оно получило не то употребление, как потом. Вначале, обвиняя Бориса в убийстве царевича, говорили, что он держит у себя самозванца и готов подставить ложного Димитрия вместо себя, если не будет избран на царство. Впоследствии же подставили ложного Димитрия уже против Бориса.
Разумеется, поставленный лицом к лицу с такими противниками, Борис понимал всю трудность своего положения: и свое политическое одиночество, и агрессивность своих врагов, и затруднительность борьбы с ними. Если бы Борис имел против себя сословную оппозицию княжат, он мог бы действовать против нее опричнинским террором, якобы в целях государственного порядка. Если бы против него была политическая партия, с ней была бы возможна открытая борьба. А против отдельных лиц и семей, недавно дружеских и близких, всякая карательная мера казалась бы низкой местью и роняла бы достоинство власти. Борис не уронил себя настолько, чтобы тотчас же прибегнуть к этой мести; но он не в силах был и вовсе от нее воздержаться. Он дождался случая, когда мог предъявить к Вельскому и Романовым формальное обвинение, и тогда не пощадил. С.М. Соловьев беспощадно упрекает Бориса за его мелочность и «завистную злобу к своим старым соперникам»; но знакомство с позднее обнародованными документами ведет к иному суждению. Борис, конечно, мог быть великодушнее и милостивее, но его месть практически запоздала: чтобы обезвредить своих ненавистников, он должен был бы покарать их гораздо раньше, чем он это сделал. Его кара не предупредила того, что было направлено на его погибель и что действительно погубило и его самого и его семью.
Романовы и Вельский, кажется, были целы и невредимы, когда в Москве пронесся первый слух о появлении самозванца за рубежом. В первые месяцы своего царствования Борис даже наградил Александра Никитича Романова саном боярина, а Михаила Никитича сделал окольничим (старший Романов, Федор Никитич, получил боярство еще при царе Федоре Ивановиче). Но в конце 1600 или начале 1601 года над Вельским и Романовым разразилась гроза государевой опалы. Ученые колеблются в хронологии событий. Ряд известий говорит, что как раз в это время, в 1600–1601 годах, когда разнеслась молва «о Димитрии Ивановиче», был сослан Вельский, были сосланы Романовы, но в какое взаимное отношение по времени должны быть поставлены эти факты, решить точно нельзя. Во время сыска (то есть следствия) над боярами им не предъявлялось обвинения в том, что они создали самозванца, и потому данные о Вельском и Романовых не дают оснований связывать их опалу и ссылку с самозванщиной, хотя бы она и началась одновременно с разгромом боярских семей. Но косвенные соображения, которые приведены ниже, устанавливают возможность и вероятность этой связи. Борис, по словам одного современника, узнав о появлении самозванца, «сказал князьям и боярам в глаза, что это было их дело» («в чем и не ошибся», – прибавляет этот современник от себя). Не имея прямых данных настаивать на существовании связи между самозванщиной и гонением на бояр, не можем также решить, кто пострадал раньше от Бориса: Вельский или Романовы, так как точно установить время следствия над Вельским нет возможности. «Новый летописец» рассказывает о разгроме Романовых ранее, чем об опале на Вельского; а современник Буссов (составивший любопытнейшую «хронику» московских событий) помещает известие о Романовых позже рассказа о наказании Вельского.