Под флагом России

1 октября 1902 г. Жуков получил назначение в заграничное плавание на эскадренный миноносец «Внушительный», а 15 октября переведен на миноносец № 120. 9 апреля 1903 г. Жукову присваивается звание помощника старшего инженер-механика (аналог чина штабс-капитана, в который он был переименован 1 января 1905 г.). С 19 августа по 6 октября 1903 г. он находился в плавании на эскадренном броненосце «Цесаревич», а 6 октября был зачислен в запас флота. С началом Русско-японской войны 1904—1905 гг. М.Д. Жуков был призван из запаса и 30 марта 1904 г. определен в 14-й флотский экипаж. С 23 июня по 30 октября 1904 г. плавал во внутренних водах на миноносце № 220. 17 октября 1905 г. М.Д. Жукова назначили портовым инженер-механиком Санкт-Петербургского порта (занимал эту должность до 14 января 1908 г.), а 6 декабря 1907 г. он получил очередной чин капитана. К сожалению, сохранившиеся служебные документы, в которых отмечены перемещения по службе офицера, не отражают в полной мере всей его действительной жизни. А, судя по всему, М.Д. Жуков был не совсем простой фигурой, несмотря на достаточно скромные чины и должности. Сохранилось письмо от 9 сентября 1905 г., адресованное помощнику начальника Главного морского штаба контр-адмиралу А.А. Вирениусу, написанное Великой Княгиней Ольгой Константиновной — дочерью генерал-адмирала, великого князя Константина Николаевича — реформатора Российского Императорского флота в XIX в., жившей в Греции и считавшейся покровительницей флота. Она писала: «Я узнала, что инж[енер] —мех[аник] Жуков будет представлен Санкт-Петербургским портовым начальством к назначению на место помощника инженер-механика порта. Принимая живое участие в судьбе шт[абс] —кап[итана] Жукова, искренно обрадовалась бы., если Вы сочли возможным утвердить его в этой должности. Ольга»[53].12 сентября адмирал Вирениус ответил, что о планируемом назначении он ничего не знает и представление в Главный морской штаб не поступало[54], а практически ровно через месяц Жуков вступил в должность портового инженер-механика...

В 1908—1909 гг. он числился прикомандированным к 8-му, а затем 2-му Балтийским флотским экипажам. В 1907—1909 гг. Михаил Данилович находился в отпусках по болезни и проходил лечение за границей. 15 марта 1910 г. его переводят в состав Сибирской флотилии, а ровно через два месяца — в Амурскую флотилию. Но на Дальний Восток он не поехал, тле практически весь 1910 г. провел в отпусках по болезни и «домашним обстоятельствам». В июле 1910 г. врачебная комиссия нашла у Жукова целый «букет» заболеваний, требовавших немедленного лечения за границей и препятствовавший службе на судах: хронический катар верхних долей правого легкого, хроническое воспаление брюшины, резкое ослабление зрения и ряд других.

Наконец, 18 апреля 1911 г. Жуков был зачислен по Корпусу инженер-механиков флота и назначен для службы на Адмиралтейском заводе, где он занял должность помощника заведующего механической частью на строящихся судах. 25 марта 1912 г. его произвели в чин подполковника (переименован в инженер-механики капитаны 2-го ранга 28 марта 1913 г.). Судьба М.Д. Жукова после 1917 г. неизвестна. Последним упоминанием о нем является запись в адресной книге «Весь Петроград» за 1917 г., где указано, что он проживал по адресу: Дмитровский пер., дом 12.

М.Д. Жуков был награжден следующими орденами и медалями: светло-бронзовой медалью в память событий в Китае 1901—1902 гг. (19 ноября 1902 г.); светло-бронзовой медалью в память 300-летия Дома Романовых (1913 г.); светло-бронзовой медалью в память 200-летия Гангутской победы (1915 г.).

Помимо книги, посвященной походу «Якута» в 1900 г., вышедшей в Санкт-Петербурге в 1912 г., известны еще две научно-популярные работы М.Д. Жукова: «День на броненосце [“Цесаревич”]», изданная также в 1912 г., и «Вокруг Азии и Европы: Поход эскадры адмирала Чухнина» (Пг., 1915). Эти три книги вышли в серии популярных изданий о флоте, выпускавшихся под эгидой Комиссии по заведыванию капиталом имени графа Строганова. В июне 1904 г. во время подготовки похода 2-й Тихоокеанской эскадры граф С.А. Строганов (1852—1923), отставной капитан-лейтенант, участник Русско-турецкой войны 1877—1878 гг., выразил желание на свой счет передать флоту «вполне обеспеченное судно». Назначенный командовать эскадрой вице-адмирал З.П. Рожественский высказал пожелание иметь специальное воздухоплавательное судно-разведчик с большой скоростью хода и оборудованием для запуска воздушных шаров.