Плещеев продолжал числиться в списке главных обвиняемых, оставаясь в камере Алексеевского равелина, хотя ему и не вменялось в вину особо опасных деяний против правительства, как Петрашевскому, Сиешневу, Львову, Момбелли или Григорьеву. Но и виновность его считалась неоспоримой, в отличие от некоторых, освобожденных летом и осенью 1849 года «с высочайшего разрешения» по причине недоказанности их вины — Михаила Достоевского, Щелкова, Порфирия Ламанского и даже — Александра Баласогло, освобожденного в ноябре и высланного на службу в Олонецкую губернию «за дерзость против своих начальников».
Дни проходили за днями, недели за неделями. Теперь на допросы почти не «приглашали», до самой глубокой осени, а когда снова доставили в белый комендантский дом, то Плещеев понял, что вызов этот не совсем обычный: в зале, куда его ввели, за внушительным длинным столом, покрытым бордовым сукном, сидели почти незнакомые ему по прежним допросам люди. В центре, на высоком кресле, сидел генерал в казачьей форме, белая папаха, лежащая перед ним, невольно останавливала на себе взор каждого входящего — то был председатель военно-судной комиссии генерал от кавалерии В. А. Перовский, брат министра внутренних дел, бывший оренбургский генерал-губернатор.
Перовский возглавил новую, учрежденную 24 сентября взамен военно-следственной (следствие фактически было завершено уже 17 сентября) военно-судную комиссию, надо сказать, без особой охоты: император повелел судить преступников по Полевому уголовному уложению, то есть по своду законов военного времени, составленному в войну двенадцатого года, и Перовскому, участнику Отечественной войны, трудно было понять «высочайший каприз». Вскоре, правда, военный министр князь Чернышев «разъяснил» Перовскому причину столь необычного суда в мирное время… Кроме того, среди подсудимых было много литераторов, и Перовскому не очень-то льстило положение верховного судьи над ними, ибо… он питал к отечественной словесности неподдельную любовь, прекрасно знал ее, дружил со многими виднейшими русскими писателями. Конечно, противоправительственные намерения арестованных литераторов Перовский глубоко осуждал. Но одно дело — осуждать в душе, и совсем другое — вершить судебный приговор…
Мог ли предполагать тогда Алексей Плещеев, что и в его будущем этот казачий генерал сыграет немалую роль?! Арестованного попросили подойти ближе к стене, где стоял другой небольшой столик, на котором лежала синяя папка, — то была часть многотомного дела о петрашевцах, посвященная ему, «неслужащему дворянину А. Н. Плещееву». Здесь же лежала стопка бумаги, перья возле чернильницы. Аудитор — секретарь военно-судной комиссии — зачитал Плещееву нечто вроде сообщения-приказания о том, что военно-судная комиссия (утвержденная для суда по полевым законам!) предлагает арестованному дать в оправдание своей вины какие-либо дополнительные сведения к ранее данным следственной комиссии. Плещеев никаких оправдательных сведений дать не мог, да и понимал, что фактически от него этого и не требуется, что это лишь формальная процедура. Перовский велел ему взять со столика верхний лист, прочитать и подписать. Нерешительно Алексей взял лист, прочитал: «Я, нижеподписавшийся, сим свидетельствую, что ничего не могу привести в свое оправдание» и так же нерешительно обмакнул перо в чернильницу и подписался…
Морозным утром 22 декабря 1848 года Алексей Плещеев был разбужен, ему подали платье, в котором был арестован в Москве, и приказали поживее переодеться.
«Неужели свобода?» Сердце его учащенно забилось. Однако столь радостную мысль сразу же пришлось отбросить, как только его вывели во двор крепости. Он увидел возле комендантского дома множество крытых карет и отряд конных жандармов. Больше ничего разглядеть не успел, так как был почти насильно втолкнут в одну из карет, рядом с ним сел солдат, и карета тронулась вместе с другими, стоящими рядом. Отряд жандармов с саблями наголо тронулся следом. Плещеева с товарищами — он догадался, что в других каретах были они, — везли к Семеновскому плацу через Неву, Знаменскую и Лиговку. Часам к восьми утра двадцать одна карета в сопровождении конного отряда жандармов подъехала к заснеженной площади гвардейского Семеновского полка. На валу плаца толпился народ, а сама площадь была окружена войсками. В центре площади возвышался эшафот, а возле него — вкопанные в землю три грубоотесанных столба.