Planet Earth

В 2005 году экспедиция с Земли нашла 8-значный адрес в галактику Пегас. Земляне прибыли в город, погруженный на дно океана. Город был практически в идеальном состоянии. Но, как оказалось, МНТ, снабжающие город энергией, были истощены, и экспедиции ничего не оставалось, кроме как покинуть город и перейти на какую-нибудь другую планету. Но этого люди сделать не успели: сработал защитный механизм и Атлантида всплыла на поверхность. Так экспедиция обосновалась в городе Древних. Узнав о существовании Земли, Рейфы отправили к Атлантиде три корабля-улья. Так началась Вторая осада Атлантиды. Не видя другого способа, кроме как «самоуничтожиться», люди сделали Атлантиду невидимой и взорвали над городом ядерную бомбу (предварительно подняв щит). Рейфы подумали, что Атлантида погибла, а вместе с ней и единственный путь к Земле. Из-за этого среди Рейфов началась гражданская война.

В 2006 году все, за исключением Тил’ка, прибыли в Атлантиду на «Одиссее» в поисках путей решения конфликта с Орай. При помощи «черной дыры», расположенной в галактике Пегас, удалось заблокировать суперврата Орай в Млечном Пути. В то время, как Кэмерон Митчелл и Саманта Картер работали над этой проблемой, Дэниэл Джексон и Вала Мал Доран искали в базе данных Древних упоминания об оружии Мерлина. Вознесшаяся Моргана Ле Фей, притворившись голограммой, дала подсказку, где искать оружие.

В том же году, в пространстве между Пегасом и Млечным Путем был найден крейсер класса «Аврора» «Трия», на котором были живые Лантийцы. «Трия» летела на релятивистской скорости, и благодаря этому для экипажа прошло всего лишь десять лет. Попав в Атлантиду, Лантийцы выгнали землян из города, но и сами там не задержались: в город вторглись Асуране и всех их убили. Земляне вернулись в Атлантиду, уничтожили репликаторов с помощью расщепителя нанитов. Используя один МНТ, установленный Асуранами для поддержания щита, экспедиция передала два других в Млечный Путь для борьбы с Орай. Атака Асуран В 2007 году на Атлантиду напали Асуране, используя спутник со встроенными вратами. Щит удерживал атаку, но мощность луча была слишком большой. Тогда доктор МакКей предложил покинуть Лантею на Атлантиде. Но сперва нужно было отключить щит города, чтобы перевести освободившуюся энергию на двигатели города. Поэтому с помощью эскадрильи F-302 земляне подогнали под луч спутника астероид, чтобы у Атлантиды было время взлететь и снова активировать щит. Атлантида оторвалась от поверхности воды и начала поднимать щит, но в тот же момент спутник разбил астероид и задел центральную башню Атлантиды через не полностью закрывшийся щит.

Сначала Атлантиду планировали поместить на планету M12-578 но затем экспедиция решила перебраться на планету M35-117 VIRGO-8. В том же году был найден 9-значный адрес, ведущий на корабль Древних «Судьба».

Возвращение на Землю

В начале 2009 года Рейф Тодд связался с командованием Атлантиды и сказал, что его заместитель Кенни взбунтовался и, украв несколько МНТ, создал огромный Улей для атаки на Землю. Земляне не успели атаковать Улей, и он ушёл в гиперпространство. «Дедал», крейсер землян и другие звездолеты Командования Звездных Врат вступали в бой с Ульем. Но бой был неравным. Атлантида в это время находилась в Пегасе. Ричард Вулси принял решение отправиться на Атлантиде к Земле. Доктор Карсон Беккет пилотировал город. Питаемая тремя МНТ, Атлантида покинула поверхность планеты и вошла в гиперпространство, но на границе Млечного Пути гипердвигатель вышел из строя. Тогда доктор Зеленка предложил использовать экспериментальный тоннельный двигатель и пройти через червоточину к Земле за несколько секунд. Но риск был велик: в случае введения неправильных расчетов в навигационный компьютера и расчета мощности Атлантида могла взорваться. После прибытия Атлантида открыла огонь по Улью. Но, поскольку у Супер Улья было преимущество в мощности орудий, Атлантида в результате обстрела была сдвинута в с орбиты в атмосферу Земли. Команда Атлантиды очутилась перед выбором: сесть на Землю или продолжить огонь. Ричард Вулси приказал продолжить огонь. Группа Шепарда, в конечном итоге, уничтожили Улей, но Атлантида уже вошла в атмосферу и рисковала сгореть в ней при снижении, так как щит вышел из строя. Через несколько минут Атлантида вышла на связь и экспедиция сообщила, что город находится в невидимом режиме в Бермудском Треугольнике.