Через год Пирогов заставил говорить о себе не только дерптских студентов, но и весь тогдашний европейский медицинский мир. Закончив свой первый профессорский курс, молодой ученый решил ознакомить со своими исследованиями и со всей своей системой преподавания других научных деятелей и выпустил в свет (на немецком языке, наиболее употребительном тогда у медиков всех стран) «Анналы» своей клиники. В предисловии к «Анналам» с невероятной для того времени смелостью Николай Иванович заявлял, что каждый практический врач должен откровенно говорить о своих ошибках.
«Я только год состою директором дерптской хирургической клиники, — писал Пирогов, — и уже дерзаю происшедшее в этой клинике сообщить врачебной Публике. Поэтому книга моя необходимо содержит много незрелого и мало основательного; она полна ошибок, свойственных начинающим, практическим хирургам… Несмотря на все это, я счел себя — вправе издать ее потому, что у нас недостает сочинений, содержащих откровенную исповедь практического врача и особенно хирурга. Я считаю священною обязанностью добросовестного преподавателя немедленно обнародовать свои ошибки и их последствия, для предостережения и назидания других, еще менее опытных, от подобных заблуждений…
Копия с картины Рафаэля не годится для обучающегося живописи: он должен начать с обыденного, рисовать простые предметы с натуры и только после многократных ошибок и заблуждений достигнет он лучших результатов и, наконец, будет в состоянии действовать почти безошибочно, по указаниям великих мастеров своего искусства… Прав ли я в моем воззрении или Нет, предоставляю судить другим. В одном только могу удостоверить, что в моей книге нет места ни для лжи, ни для самохвальства».
Один серьезный немецкий ученый журнал писал по поводу «Анналов» Пирогова: «Они способны приковать к себе во многих отношениях внимание мыслящих и пытливых врачей. Они знакомят нас с блестящими анатомическими и хирургическими познаниями человека, который, по-видимому, рожден и призван, чтобы со временем стать из ряда вон выходящим и для своего отечества неоценимым оператором. В нем сказываются все те свойства, которые редко совмещаются в одном человеке, но которые тем вернее помогают достичь самого высокого в хирургии».
Таких отзывов было много, «о были и другие отклики на самокритику Николая Ивановича, отклики жрецов медицины, негодовавших на Пирогова за подрыв их авторитета у публики, дававшей им обширную практику. Некоторые из «их воспользовались покаянными заявлениями Пирогова, чтобы подчеркнуть ошибки молодого хирурга. Так поступил доктор Задлер, напечатавший большую статью об «Анналах». Молодой профессор принес эту статью в аудиторию и, прочитав ее, объяснил своим слушателям, что критик выставил на вид не все его ошибки, а что вот он сделал еще такие-то и такие-то. «Я выиграл в глазах моих слушателей, — рассказывал Пирогов, передавая эпизод со статьей Задлера. — Благодаря этому они стали верить мне вдвое более прежнего. Что касается других отзывов об «Анналах», то для меня ясно, что разоблачением своих ошибок я вложил перст в раны многих клинических учителей».
Молодой энтузиаст правды в научной деятельности всегда проповедывал последовательность. Когда вскоре после выхода «Летописи» дерптские студенты поднесли Пирогову его литографированный портрет, он сделал под портретом следующую (надпись по-немецки: «Мое сокровеннейшее желание, чтобы мои ученики относились ко мне с критикой; цель моя будет достигнута лишь тогда, когда они будут убеждены, что я действую последовательно; действую ли я правильно, это другое дело, которое выяснится временем и опытом». Снимок с этого портрета вместе с надписью Пирогова дан в настоящем издании перед текстом (фронтиспис).
Постепенно отношения студентов к Пирогову делались все более дружественными и скоро превратились в товарищеские. Каждую субботу, вечером, студенты собирались у профессора к чаю. Разговоры были всегда очень оживленные, научные и не научные, веселые и остроумные. В этих беседах Пирогов рассказывал о своей заграничной жизни, о встрече с знаменитыми хирургами, об их достоинствах и слабостях. Все это рассказывалось оживленно, с юношеским энтузиазмом, подкупавшим студентов.
Хирургическая практика Пирогова увеличивалась с поразительной быстротой, тем более, что была бесплатной: он не только не брал денег с больных, но в поисках интересных случаев платил больным из своего кармана. Начались паломничества в Дерпт больных из всех городов и местечек Прибалтийского края, а затем Пирогов с ассистентами и учениками стал совершать свои «чингисхановы» нашествия на все эти города и села, производя операции, делая вскрытия трупов в госпиталях и читая частные курсы по отдельным вопросам хирургии и анатомии.