Сенат руководил всеми учреждениями в стране. Но и за самим Сенатом Петр организовал контроль. С 1715 г. его осуществлял сенатский генерал-ревизор, или надзиратель указов, потом тот же сенатский обер-секретарь; с начала 1721 г. - штаб-офицеры гвардии; наконец, с 12 января 1722 г. по новому указу Петра - генерал-прокурор и обер-прокурор, его помощник. Имелись прокуроры и во всех других учреждениях, подчинялись они генерал- и обер-прокурору, которых назначал обычно сам император. Генерал-прокурор контролировал всю работу Сената, его канцелярии, аппарата. - не только принятие решений, но и их исполнение. Незаконные, с его точки зрения, постановления Сената он мог приостановить, опротестовать. Он сам и его помощник подчинялись только царю, подлежали его суду. Ему подчинялись все прокуроры (гласный надзор) и фискалы (тайный надзор) империи.
Новое положение о Сенате 1722 г. подтвердило его роль как высшего государственного учреждения империи, подчинение ему центральной и местной администрации. Он был послушным орудием в руках Петра, который осуществлял над ним полный контроль, как личный, так и через генерал-прокурора. На Сенат пала вся работа по управлению. Петр руководил страной через Сенат, подчиненные ему центральные и областные учреждения. Но у Сената оказалось много повседневной, черновой работы. Старые приказы, многочисленные и неповоротливые, с перекрещивающимися функциями, были неважными помощниками. Петр давно видел их недостатки и, исходя из принципа необходимости строгого разделения обязанностей, сфер управления, вскоре после учреждения Сената решил заменить приказы новыми учреждениями - коллегиями.
В 1715 г. русские резиденты в Европе получили повеление Петра - составить подробные описания учреждений в странах аккредитации. Он не раз подчеркивал, что при учреждении коллегий, используя иностранный, например шведский, опыт, нельзя делать это механически, без учета русского опыта.
В 1720 г. опубликовали Генеральный регламент коллегий, согласно которому присутствие каждой из них состояло из президента, ее главы, вице-президента, четырех-пяти советников и четырех асессоров. В ее штат входили секретари, нотариус, переводчик, актуариус, копиисты, регистраторы, канцеляристы. При коллегии имелся свой фискал, позднее - прокурор для надзора и контроля за прохождением дел. Присутствие должно было заседать ежедневно. Коллегии подчинялись Сенату, а им - местные учреждения.
Вместо нескольких десятков старых приказов появились 11 коллегий со строгим разделением функций. Например, Посольский приказ заменила Иностранная коллегия во главе с канцлером и вице-канцлером (графом Г. И. Головкиным и бароном П. П. Шафировым). Были образованы коллегии: Военная (фельдмаршал А. Д. Мен-шиков, генерал А. Вейде), Адмиралтейская (граф Ф. М. Апраксин, вице-адмирал К. Крейс), Камер-коллегия (князь Д. Голицын), Юстиц-коллегия (тайный советник граф А. А. Матвеев), Ревизион-коллегия (кригс-комиссар князь Я. Ф. Долгорукий), Коммерц-коллегия (П. А. Толстой), Штатс-контор-коллегия (граф И. А. Мусин-Пушкин), Берг-Мануфактур-коллегия (геиерал-фельдцехмейстер Я. В. Брюс).
Помимо четырех коллегий, ведавших иностранными, военными (армией и флотом отдельно), судебными делами, группа коллегий занималась финансами (доходами - Камер-коллегия, расходами - Штатс-контор-коллегия, контролем за сбором и расходованием казенных средств - Ревизион-коллегия), торговлей (Коммерц-коллегия), металлургической и легкой промышленностью (Берг-Мануфактур-коллегия, которую в 1722 г. разделили на две: Берг- и Мануфактур-коллегию). Позднее к ним прибавилась Вотчинная коллегия. В итоге - 11 коллегий с четко определенными обязанностями, единообразными штатами. Действовали они по всей стране. Управление значительно упростилось, например, к Юстиц-коллегии перешли функции семи бывших приказов. Дела в них велись совещательным порядком, коллегиально, решения принимались большинством голосов.
К коллегиям примыкало несколько учреждений, тоже по существу являвшихся таковыми. Таков, например, Синод - центральный орган управления церковными делами и имениями, учрежденный в 1721 г. Его присутствие, как и в любой коллегии, составляли члены - церковные иерархи. Их, на манер чиновников, назначал царь, ему они присягали. В Синоде имелся свой обер-прокурор, обычно из офицеров, назначавшийся тоже монархом. Синод стал послушным орудием в его руках, и церковь уже не могла считать себя чем-то вроде государства в государстве.
Во главе Синода Петр поставил Стефана Яворского, человека престарелого, через год умершего; вице-президентом новой коллегии, на этот раз духовной, стал его верный помощник Феофан Прокопович, написавший в Духовном регламенте о том, чтобы иерархам «в мирские дела и обряды не входить ни для чего». Руководящую роль в Синоде играл обер-прокурор, лицо светское, подчиненное царю. Петр таким образом полностью подчинял церковь своей власти.