Итак, Преобразователю приходилось начинать борьбу с раскольниками. Но как к этому приступить, соединившись с правящей церковью, преимущества которой, грозившие соперничеством его власти, он только что стремился уничтожить? Такой исход был неизбежен, хотя и очень нежелателен. Петр старался уклониться от этого, переместив вопрос. Как и с монахами, он надеялся сначала на их поддержку, и только в 1716 году, после переписи, преследовавшей цели фиска, их обложили двойной податью. Эти люди, имея состояние, отказывались исполнять общественные обязанности; их нельзя было сделать ни чиновниками, ни солдатами, за преимущество стоять особняком они должны были платить. Конечно, они отказались, и борьба началась. Петр сейчас же увлекся ей. В сентябре 1718 года Георгий Ржевский в сопровождении монаха Питирима, обращенного бывшего раскольника, отправился в Нижний Новгород – один из главных центров раскола – и работал там с кнутом в руке над восстановлением порядка; в это же время Стефан Яворский, следуя данному примеру, пользовался тем же оружием в борьбе с кальвинистской и лютеранской ересью. В 1717 году, замеченная в склонности к протестантизму, жена маленького чиновника областного приказа Наталья Зима получила 85 ударов кнутом в три приема и спасла свою жизнь, лишь отказавшись от своих заблуждений. Других, менее покорных, казнили. Петр собственноручно подписывал приговоры.
Это являлось отрицанием идей и принципов, которые предполагалось проводить Петру при помощи самого Яворского. Но «временный хранитель патриаршего престола» изменил свои взгляды, вступив в эту должность. Заботы о сохранении рождающейся популярности или сознание новой принятой на себя ответственности заставляли его с каждым годом обнаруживать все большие склонности превратиться не только в представителя древнего православия с его непримиримым и неуклонным фанатизмом, но всей старой Руси, с ее духом, восстававшим против всякого нововведения. В 1712 году он решился уже обрушиться на новый режим вплоть до области его реформ административных, громя с высоты кафедры непопулярное учреждение фискалов!
Положительно Петр сделал неудачный выбор сотрудника. Признание им своей ошибки, перед которым он по обыкновению не остановился, послужило началом новой судьбы для правящей церкви и ее главы.
И сначала, даже до последнего испытания общей борьбы против раскола и неприятностей, из того для него возникнувших, Преобразователь стремился оградить себя и свое дело от этого враждебного владыки, постепенно убавляя уделенные ему полномочия и власть, и без того уже сокращенные. Даже в делах, оставленных под его ведением, Яворский был ограничен прежде всего совещанием епископов, периодически собиравшихся в Москве, затем все возрастающим вмешательством Мусина-Пушкина. С созданием Сената в 1711 году блюститель патриаршего престола потерял последнюю тень независимости. Дела церкви, подобно другим, были отныне подчинены высшему руководству нового собрания. Заместитель патриарха не мог более назначить архиерея в епархию без согласия сенаторов. Если он пытался вмешиваться в споры, где так произвольно распоряжались вверенными ему интересами, и предъявлял на то свои права, его резко обрывали, и он в слезах удалялся из заседания. В 1718 году, заподозрив своего бывшего сотрудника в сочувствии Алексею, Петр удалил его из Москвы, поселил в Петербурге, чтобы иметь, всегда на глазах, и создал ему соперника в лице Прокоповича, назначенного епископом псковским и облеченного все возрастающим доверием.
В 1720 году от прежней власти и прежнего почета патриаршества не осталось почти никакого следа. Яворский не сохранил ничего. Но Преобразователь сознавал, что такое положение вещей: подчинение духовной власти даже не государю (византийская традиция с тем примирялась), но простому органу его управления – было неестественным. Бесспорно, духовенство проявило покорность; но можно ли было его назвать духовенством? Скорее полком, подчиненным военной дисциплине, только без чести знамени. Игумен сек монахов, архиерей сек своих игумнов, правительство лишало сана и ссылало архиерея, наказав его плетьми. Покоряясь такому порядку, все, от мала до велика, на всех низших и высших ступенях разделявшей их лестницы – все одинаково опустились, предавались праздности, пьянству, невежеству, худшим порокам. Так не могло продолжаться. Следовало найти выход. Под давлением столь неотложной необходимости, под влиянием друзей Прокоповича, почерпнувшего большую часть своей премудрости у протестантских богословов, Квенштедта и Герхарда, возникло пресвитерианское учреждение духовной коллегии, или Святейшего Синода, призванного с 1721 года извлечь Россию из бездны, грозившей поглотить ее религиозное и духовное будущее.