В государстве духовенство занимало исключительное место. С 1619 по 1633 год прадед Петра, патриарх Филарет, управлял страной от имени сына своего Михаила, первого из Романовых. Патриарх Никон не хотел уступать царю Алексею Михайловичу, и, чтобы сломить его упорство, государю пришлось прибегнуть к помощи патриархов-соперников, антиохийского и александрийского. Влияние католичества содействовало слабости гражданского правительства для придания духовному правительству сходства с папством. Но, как уже было сказано, ни доблести, ни духовные силы в этом сословии не соответствовали столь высокому материальному положению. Пользовавшиеся таким уважением священнослужители хорошо знали только обрядность, но совершенно отвыкли от управления душами. Они были слишком упитанны, а также слишком невежественны. Славяно-греко-латинская Академия в Москве насчитывала в 1700 году всего полтораста учеников, ничему не обучавшихся в заведении, которое само было чуть живо. Кроме того, обозначив независимость своей церкви окончательным разрывом уз, связывавших ее с константинопольским вселенским патриархом, Годунов оказал ей в 1599 году спорную услугу. Теперь эта церковь сделалась автокефалической, но, можно сказать, обезглавленной. Ее глава, патриарх московский, сохранил лишь власть административную. Собственно духовная власть от него ускользнула. Он не мог даже путем толкований затрагивать вопросов веры, догмата. Последние остаются достоянием Вселенского собора, созыв которого представлялся невероятным, чтобы не сказать – невозможным. И с лишением права касаться этой области отделившаяся церковь потеряла свою жизненную и двигательную силу. Она была осуждена на неподвижность. Когда она захотела выйти из такого состояния, то наткнулась на раскол. Желанием внести изменение только в ограниченной области наружных проявлений благочестия, в формулах молитв, Никон вызвал крик возмущения от одного края страны до другого. Даже как орган административный патриаршество представляло собой власть обесцененную, обессиленную.
И тут необходимость реформы была очевидна для Преобразователя. Конечно, он был очень доволен, что потребовалось его вмешательство. В новом государстве, к созданию которого он приступал, наследие Филарета и Никона представляло слишком много неудобств. Посещение юным государем Немецкой слободы, пребывание в Голландии и Англии подготовили плохую почву для восприятия мысли о разделе власти или даже схоластического принципа о двух светилах, озаряющих народы независимым блеском. Когда патриарх Адриан неодобрительно отнесся к договору, то получил резкое возражение: «Разве патриарх заведует моими таможнями?» Однако в данном случае Петр поступал с большой осторожностью. При своей склонности насиловать волю Петр как будто задумывался перед насилием совести. Он не затрагивал патриарха на его престоле, терпеливо переносил, что в его отсутствие, а иногда и в присутствии, этому духовному владыке в Москве как будто принадлежало главенство в делах гражданского управления. Но известие о его смерти в 1700 году царь принял как уведомление о победе.
Говорят, что, следуя советам Курбатова, Петр решился не назначать непосредственного заместителя усопшему. Не закралась ли уже с этих пор в его ум мысль об упразднении патриаршества? Нет, это маловероятно. Лишить освободившийся престол части присвоенных ему полномочий и возложить затем этот сан, обставленный уже меньшим почетом и властью, на избранника более покорного; воспользоваться в то же время отсутствием хозяина, чтобы вымести сор из дома и произвести неотложные поправки – вот в чем, по-видимому, заключался первоначальный план Преобразователя. Указом от 16 декабря 1700 года было образовано временное управление духовными делами в коллегиальной форме, с распределением различных категорий дел между известными отделами и предоставлением, в принципе, «наиболее важных на усмотрение временного блюстителя патриаршего престола».