Пока Петр находился в Лавре, Софья, заблуждаясь, смеялась над постыдным бегством противника. Но она не решалась атаковать хорошо укрепленную Троице-Сергиеву лавру. Эффект неожиданности был упущен, интуиция подсказывала ей, что нужно прибегнуть к хитрости и выманить царя. Тогда она предложила ему вместе с ней поехать в Москву, где они в спокойной обстановке по-братски обсудят ситуацию. Он отказался и передал через нарочного всем стрельцам приказ, чтобы они ослушались царевну и перешли на его сторону. Каждый из них пытался подкупить как можно большее количество народу из полков. В этом настойчивом торге даже перемещения одного ружья было бы достаточно, чтобы нарушить баланс в сторону одной из сторон. Посыльные из Кремля и Троице-Сергиевой лавры сталкивались, проносясь по дорогам и доставляя просьбы, угрозы, предложения и приказания. Софья догадывалась о колебаниях в рядах стрельцов, которых она считала верными ей, и обратилась к ним с речью с красного крыльца, обещая им золото, если они и дальше будут ей служить, и грозя наказаниями, если они ее предадут. Несмотря на ее красноречие, казалось, что эти слова не тронули стрельцов, ставших недоверчивыми от стольких неудач. Поставленные перед выбором между молодым царем, избранным легитимно, который наравне с другими солдатами делил все тягости армейской жизни, и незаконной регентшей, которая уже во второй раз прощала своему любовнику два кровавых поражения от татар, стрельцы недоумевали, сомневались, тайно склонялись то к той, то к другой стороне. На следующий день несколько отрядов стрельцов тайно отправились из Москвы в Троице-Сергиеву лавру. Затем движение усилилось, военных частей в Москве становилось все меньше, в то время как вокруг Петра число сторонников увеличивалось. 4 сентября иностранные войска под командованием генерала Гордона и полковника Лефорта пробрались под покровом ночи к стенам столицы. Петр был безумно рад. Теперь он уже не сомневался в том, что сумеет переломить ситуацию. С последней надеждой Софья отправила к Петру патриарха Иоакима, чтобы тот настроил царя на примирение. Но вместо того чтобы воззвать к молодому царю, патриарх признал его правоту. Тогда Софья решает сама отправиться в Троице-Сергиеву лавру, чтобы поговорить со своим сводным братом. За десять верст до монастыря она была остановлена вооруженным отрядом, который приказал ей повернуть обратно. Петр отказался ее видеть. Она вернулся в Москву ни с чем, и с 6 сентября наталкивалась на непреклонность последних стрельцов, на которых она считала, что еще может положиться. Они требовали, чтобы она выдала им своего любовника и советника Шакловитого, чтобы отвести его к царю. Стрельцы считали, что он, ответственный за все злодеяния, будет лучшей из всех искупительных жертв. Удовлетворенный, Петр, может быть, простит других виновников волнений. Так как Софья отказывалась пойти на эту сделку, стрельцы стали угрожать ей новым мятежом, еще более кровавым, чем предыдущие, и она уступила.
Покинутый регентшей, Шакловитый был доставлен на следующий день, 7 сентября, в Троице-Сергиеву лавру и подвергнут допросу. Под пытками он сознался в некоторых крамольных мыслях, отрицал все попытки сжить со света Петра. Однако эти оговорки не спасли ему жизнь. Он был приговорен к смерти и обезглавлен 11 сентября, так же как и другие главари. Василий Голицын, благодаря вмешательству своего двоюродного брата Бориса, был не казнен, а сослан в деревушку, затерянную на Севере, где на один рубль в день он должен был жить с семьей, состоящей из пяти человек. Настал час Софьи. Петр писал своему брату Ивану: