Наряду с бытовыми реформами Петр запускает административные – введение гербовой бумаги, создание органов городского самоуправления (Ратуша), реорганизует Приказы, ограничивает сферу влияния Боярской думы. Отныне по всем важным вопросам царь принимает решения единолично и правит страной указами и распоряжениями, которых за время правления написал собственной рукой более шести тысяч. Суть неограниченной монаршей власти Петр сформулировал в свойственной ему остроумной и афористичной манере: «Царю закон не писан, он сам их пишет». И определил четкую форму законодательных актов: «Законы и указы надлежит писать явно, чтобы их не перетолковывать. Правды в людях мало, а коварства много. Под законы такие же подкопы чинят, как и под фортецию».
Первые его реформы были призваны повысить эффективность управления, ограничить власть воевод в городах, стимулировать развитие торговли и ремесел, повысить поступление налогов в казну. Заботы о делах государственных масштабов не мешали Петру решать и менее прозаические вопросы: чтобы уменьшить людские потери в ссорах и пьяных драках, под страхом кнута или ссылки царь запретил своим подданным носить при себе острые ножи. Другое новшество касалось похорон: покойника следовало хоронить на третий день, а не держать его в церкви неделю и более, как это нередко случалось в зимнее время; при погребении налагался запрет на плач, причитания и вопли, которые расценивались как отсутствие веры в бессмертие души.
В начале марта 1699 года царя постигло горе: умер Франц Лефорт. Несмотря на то, что Петр, взвинченный стрелецким делом, в последнее время поколачивал своего лучшего друга, швейцарец оставался для него самым дорогим человеком. Несмотря на свою легкомысленность, поверхностность и скромные таланты, именно Лефорт близко познакомил царя с миром прогресса и скорее всего был инициатором Великого посольства. Узнав о его смерти, царь в слезах воскликнул: «Нет больше моего друга! Он единственный был предан мне! На кого мне теперь положиться?». Лефорт расстроил свое здоровье пагубным пристрастием к горячительным напиткам. Современники поражались его выдающимся способностям в этом деле: употребив немалые объемы спиртного, он никогда не выглядел пьяным и не мучился похмельем, оставался веселым, разумным, энергичным и обаятельным. Выпив накануне кончины больше обыкновенного, швейцарец всю ночь катался на санях по ночной морозной Москве, сильно простудился и на следующий день слег. Силы быстро покидали его. Когда к умирающему Лефорту пришел пастырь с последним напутствием, тот бесцеремонно выпроводил его, велел слугам принести вина, позвать оркестр и тихо отошел в мир иной под звуки чарующей музыки.
Глубоко скорбящий царь организовал пышные похороны и сам возглавил траурную процессию. За ним ехал одетый во все черное всадник, с обнаженной шпагой в руке, направленной вниз. Сменяя друг друга, гроб несли двадцать восемь полковников. Далее, опустив головы, шли бояре, высокие сановники, послы, генералы. Военный оркестр играл траурную музыку. Шествие замыкали три полка. Над могилой Лефорта дали залповый салют сорок пушек. На поминках подвыпивший Петр, наблюдая безучастные и равнодушные его несчастью лица, вскипел: «Никто из вас не любил Лефорта! Кажется, вы довольны, что его больше нет!».
В конце осени царь понес новую утрату: ушел из жизни Патрик Гордон. Но долго печалиться потерей близких друзей и сподвижников было не в характере Петра. Жизнь продолжалась, многочисленные дела требовали пристального его внимания и усердия. Полным ходом шла работа по созданию союза между Данией, Пруссией, Саксонией и Россией против Швеции. Петр, не располагая достаточно мощными силами, чтобы в одиночку бороться с Османской империей за выход в Черное и Средиземное моря, окончательно решил перенести вектор экспансии на север с целью отвоевать у Швеции некогда принадлежавшие России берега Балтики. Но чтобы избежать войны на два фронта, сначала следовало заключить мир с Турцией.
К этому времени в Воронеже были завершены работы по созданию первого русского флота. В августе 1699 года его самые лучшие и мощные корабли вышли в Азовское море. Царь командовал сорокапушечным фрегатом. Все остальные капитанские должности занимали иностранцы. Адмиралом эскадры Петр назначил первого кавалера недавно учрежденного ордена Святого Андрея Первозванного Федора Головина, но фактическое руководство плаванием находилось в руках Крюйса и самого царя.