Воскресенье 1 июля 1900 г. в Рейхштадте выдалось серым и дождливым. В половине одиннадцатого утра под звон колоколов на башнях замка началось праздничное шествие к часовне. Эрцгерцог был в парадной белой форме генерала кавалерии, которую украшали ордена Золотого руна и Большой крест ордена Святого Стефана. Его сопровождали приемная мать и две его сестры. За ними следовала София. Опасаясь того, что его карьера государственного служащего могла пострадать, ее брат Вольфган, испытывая большую неловкость, сказал, что не сможет присутствовать. Вместо него она шла под руку со своим двоюродным братом и бывшим опекуном принцем Алоисом Лёвенштейн-Вертгейм-Розенбергом и в сопровождении ее племянника Карла Хотека в качестве главы семьи.
София, как писали газеты, выглядела «восхитительно красивой» и даже похожей на юную «девочку». Она была одета в белое атласное платье, украшенное шелковой вышивкой, оборками из шифона, кружевами и лентами, а также гирляндой из мирта и флердоранжа. Ее голову украшал венец из оранжевых цветов, а поверх него — бриллиантовая диадема, подарок императора на свадьбу, на шее — ожерелье из жемчуга и бриллиантов. Лицо прикрывала вуаль из тюля и старинных кружев, сзади тянулся семифутовый парчовый шлейф. В руках она несла созданный в Праге букет из лилий, мирта и флердоранжей.
Когда процессия вошла в часовню Святого Франциска и Святого Серафима, торжественно грянул орган. Музыка взлетела под своды часовни, отразилась от сводчатого потолка и фресок и вернулась к собравшимся, среди которых оказались не блестящие Габсбурги и придворные, а городские чиновники и служащие замка. Декан Вильгельм Хикиш, духовник Марии Терезы, стоял у мраморного алтаря, состоящего из двух колонн, который украшали пальмы в горшках и полевые цветы, собранные местными школьниками. Декан объявил: «Настал час, когда заветные желания ваших сердец осуществятся в неразрывной связи, через которую создастся ваш союз». Франц Фердинанд и София обменялись брачными обетами и клятвами, голоса их звучали громко и ясно. Декан благословил кольца, которые «являются залогом вашего безмятежного семейного счастья». «Эти кольца стали свидетелями самых теплых пожеланий миллионов людей и особенно тех, кто стоит сейчас рядом с вами». Последовали молитвы и гимны, поздравления присутствующих. Газеты писали, что свадебная церемония прошла «без придворного церемониала, без помпы и показной роскоши» и носила «максимально простой характер».
К полудню все закончилось. Участники сделали несколько фотографий в угловой комнате замка на первом этаже и приступили к завтраку. Эрцгерцог сидел в середине длинного стола, София справа от него, его сводная сестра Мария Аннунциата по левую руку, а напротив молодоженов — Мария Тереза. Группа офицеров из 94-го пехотного полка пела серенады и налегала на салат, жареную оленину, спаржу и шампанское. Практически единственным признаком того, что это была императорская свадьба, стал национальный гимн, который в конце исполнили гости праздника.
Хотя Франца Иосифа не было на свадьбе, он сделал так, что его присутствие ощущалось. Он оставил распоряжение для своего министра иностранных дел, чтобы тот послал телеграмму, составленную его адъютантом от его имени, словно бы демонстрируя этим, что личное письмо будет слишком большим знаком одобрения. В один прекрасный день Франц Фердинанд взойдет на трон как император Габсбург-Лотарингского дома, но не София. Она не сможет разделить не только положение мужа, но даже его имя. «Я искренне хочу поздравить с повышением морганатическую жену моего племянника, — писал император, — теперь вы присоединяетесь к древнему, свободному от налогов, аристократическому роду Гогенбергов и получаете статус
Вежливый язык этого безличного послания не мог скрыть заключенную в нем острую, как нож, иронию: напоминание Софии о ее положении морганатической супруги. В 1245 г. Анна Гогенберг оставила свой родовой замок в Южной Германии и вышла замуж за главу семьи Габсбургов, став родоначальницей зарождающейся династии. Именем Гогенберг пользовался Франц Фердинанд, когда путешествовал инкогнито и не хотел быть узнанным как один из Габсбургов. Смысл, вложенный в послание императором, был ясен: София и ее возможные будущие дети навсегда будут связаны с этим именем ее мужа и таким образом отстранены от его императорского наследия.
Дождь все еще шел, когда два дня спустя молодые сели в карету и отправились на вокзал. София, одетая в легкое летнее платье и черную соломенную шляпку, благодарила школьников, бросающих полевые цветы в проезжающую мимо них карету. Пара поблагодарила мэра и села в поезд, чтобы провести свой медовый месяц в замке эрцгерцога Конопишт в Богемии. Как признавался Франц Фердинанд Беку, это был «самый счастливый день в нашей жизни».