Харитон был одним из немногих людей в СССР, кто на протяжении нескольких десятилетий круглосуточно находился под опекой личных телохранителей. Но по-настоящему заложником системы он стал из-за идеологически чуждых родственников. Дело отца Юлия Харитона лежало в сейфе Берии. И никому не известно, что имел в виду этот зловещий человек, когда 29 августа 1949 года после первого удачного испытания атомной бомбы, поцеловав Харитона в лоб, сказал ему:
В 1929 году Сталин, раздавивший к тому времени внутренних политических противников, сказал:
Физики, в отличие от ученых других, более «понятных» областей, верили, что они и без партийного руководства смогут понять, какие теории верны и какие проблемы интересны. Они считали себя частью мирового научного сообщества. Харитон, к примеру, два года работал в Кембридже, подготовил докторскую диссертацию под руководством нобелевских лауреатов Резерфорда и Чэдвика. Не случаен был разгром Харьковского УФТИ, который посещали Нильс Бор, Джон Кокрофт и Поль Дирак. УФТИ вышел из Ленинградского физтеха, где работал Харитон. Были расстреляны лучшие ученые – Шубников, Розенкевич, Горский, арестованы Лейпунский, Обреимов, самый сильный советский теоретик Ландау. Немецких физиков Вайсберга и Хаутерманса передали в руки гестапо.
В начале 30-х годов считалось, что ядерная физика не имеет никакого отношения к практической пользе. Так думали даже великие Резерфорд и Ферми. И мысль учителя Харитона академика Абрама Иоффе о том, что ядерная энергия может привести человечество через две сотни лет к решению проблемы энергетического кризиса, была чрезвычайно смелой. В 1932 году в СССР было принято решение о расширении исследований по ядру. Но даже отдаленных мыслей об использовании нового вида энергии для военных целей ни у кого не было.
На рубеже 1930-1940-х годов в США и Германии сделали фундаментальные работы по самоподдерживающейся цепной реакции и расщеплению ядра. Но и наши физики имели достижения. Важную теоретическую работу сделали Юлий Харитон и Яков Зельдович: были определены условия, при которых происходит ядерная цепная реакция. Еще в 1925 году Харитон выполнил работу, которая дала начало исследованиям ветвящихся цепных реакций, за что Николай Семенов в 1956 году получил Нобелевскую премию. Но были также отличные исследования Петржака, Флерова, Курчатова, Френкеля, который сделал первую советскую работу по делению ядра, что было значительно важнее его критического отношения к Энгельсу и Ленину. Иногда опыты проводились на станции метро «Динамо», чтобы исключить влияние космических лучей.
В 1939 году будущий нобелевский лауреат Игорь Тамм сказал о работе Харитона и Зельдовича: