Рост общественного, и в частности антиправительственного, движения в царствование Александра II вел к увеличению количества перлюстрационных материалов на эту тему. В 1857 году было перехвачено письмо Г.Миклашевского из-за границы, в котором он сообщал отцу о своем намерении привезти на родину различные «вольные» издания и издавать русские книги.
III Отделение обратилось за содействием к полиции Саксонии, а при возвращении в Россию Миклашевский-сын был арестован, у него изъяли большое количество запрещенной литературы. В другом письме — чиновника П.Верещинского к книготорговцам И.Зупанскому в Познань и Кроликовскому в Париж — говорилось о способах пересылки запрещенных изданий, обмане таможни. В результате за автором письма был установлен негласный надзор, а таможенному и почтовому ведомствам дали соответствующие распоряжения
Постепенно появились специальные обзоры перлюстрированной корреспонденции. Одним из первых таких примеров была «Книга по частным сведениям», подготовленная в 1857 году на основании более чем 300 перлюстрированных писем.
Несмотря на строгую секретность работы ЧК утечка секретной информации все ж таки происходила. Так, в 1858 году тема перлюстрации была затронута в газете «Колокол», издававшейся А.И. Герценом в Лондоне, — в заметке «Что значит суд без гласных». В 1860 году тот же «Колокол» опубликовал весьма конкретные сведения о службе перлюстрации на Петербургском почтамте. Заметка начиналась с заявления, что чина тайного советника удостоен Ф.Ю. Ульрихе, который «не любит древнюю историю, а самую новейшую и изучает ее по источникам — по письмам еще не дошедшим по адресу».
В 1861 году в Париже вышла книга эмигранта князя П.В. Долгорукова «Правда о России». Касаясь интересующей нас темы, он, в частности, писал о так называемой «инициативной» перлюстрации, т. е. организуемой отдельными администраторами:
«Осенью 1859 года, начальник гвардейского штаба граф Эдуард Баранов [начальник штаба Отдельного гвардейского корпуса в 1856-66 годах], именем командира гвардейского корпуса генерала [Ф.С.] Панютина, тайным циркуляром предписал полковым командирам, чтобы они наблюдали за перепискою нижних чинов с их семействами, и объявил, что ротные и эскадронные командиры будут отвечать за распространение перепискою нижних чинов каких бы то ни было ложных и вредных слухов, т. е. требовал от генералов и офицеров гвардейского корпуса, чтобы они распечатывали письма… Если бы правительство русское одарено было разумом и истинным просвещением, то оно поняло бы, что не узнать ему истины через распечатывание писем, потому что в России одни дураки пишут истину по почте».
Еще одним направлением сотрудничества политических спецслужб и ЧК оставался перехват пересылаемой по почте антиправительственной литературы. Так, в сентябре 1861 года в распоряжение главы III Отделения П.А. Шувалова был откомандирован управляющий экспедицией центральной и городской почты Санкт-Петербургского почтамта Ф.Е. Чесноков «для содействия… в задержании рассылавшихся… возмутительных воззваний и для указания, по возможности, на лиц, опускавших такие листки в ящики городской почты». Ему в награду было выдано 2 тысячи рублей.
В целом эффективность этой деятельности удовлетворяла в 1860-е годы руководство политического розыска. В одной из служебных записок 1861 года отмечалось, что из 21-го имеющегося у них пакета «только 6 писем прошли по почте незамеченными. Что весьма легко могло случиться, потому что при ежедневном отправлении нескольких тысяч писем нет никакой возможности всех их без изъятия вскрывать». Миновать перлюстрацию, по мнению автора записки, могли письма, опущенные «в наружные ящики при железной дороге, при которой перлюстрация производиться не может».
За 1858-59 годы во всех ЧК империи, кроме Варшавы, было вскрыто и прочитано более 106 тысяч писем и дипломатических депеш, за 1862-63 годы — более 151 тысячи, за 1864-65-й — более 146 тысяч. В среднем в день читалось более 200 писем. При этом подчеркивалось, что результат надзора «действителен в высшей степени и представляет осязательные результаты».
21 апреля 1862 года было принято Положение о цифирной части. Цифирная часть вновь была разделена на 2 экспедиции. Первая состояла из бывших 2-х цифирных и занималась составлением ключей. Второй поручались перлюстрация и дешифровка дипломатической корреспонденции. Для ведения работы в дешифровальном отделении и руководства им были учреждены должности старшего и младших чиновников.
2 января 1864 года император утвердил доклад министра внутренних дел П.А. Валуева «О подчинении наблюдению лиц, сосланных в разные губернии» — о просмотре корреспонденции лиц, высланных из Царства Польского и Западного края Российской империи во внутренние губернии.