Репин увидел на месте свои произведения впервые в 1887 году. Он был в отсутствии Павла Михайловича и делал кое-какие поправки в своих картинах. Он писал 17 августа свои впечатления от развески: «Относительно галереи Вашей: 1-й Большой зал стал теперь очень некрасив, много вещей однообразных по тону и по размеру пестрят; большим картинам не дано должных мест. Впечатление беспокойное и не изящное. Жаль, что перевесили «Стрельцов» Сурикова, они очень проиграли; проиграла и «Боярыня Морозова»; ей не надо большого света, она красочна кажется теперь и синя. Вообще размещение меня очень огорчило, только мои висят хорошо. Как хороши там пейзажи: Дубовского, маленький этюд Волкова и Добровольского «Большая дорога».
Павел Михайлович был очень взволнован и недоволен, когда узнал, что Репин без него производил изменения в своих картинах, но ответил Репину очень сдержанно. 22 августа он написал: «Поправки в Ваших картинах очень заметил; кажется не испортили. Самая полезная поправка в черепе умирающего царевича. Насчет помещения картин и освещения их мнения так различны, что просто беда, каждый по-своему судит, у каждого свой вкус, а о вкусах не спорят: вот Вы довольны, Суриков доволен, ну, и слава богу. А все никогда не будут довольны. Скажу, как мне самому кажется. Перевешивать картины в галерее такой труд, что Вы и понятия не имеете о нем; это не то, что на выставке, где можно передвигать на мольбертах и уединять некоторые картины, что бывает иногда необходимо, в сплошной галерее этого делать нельзя, особенно трудно развешивать по авторам. Первая большая комната не удачна, хотя некоторые вещи, даже все в отдельности, выиграли против низу, но в общем мешают друг другу, пестро и не художественно – совершенно верно; но, несмотря на это, останется так долго, пока не перейдет весь дом под галерею. Сурикова «Стрельцы» утром и вечером хорошо освещаются, днем же во время сильного солнца – неудачно; это место ее и «Меншикова» временное, что же касается «Морозовой», то она нигде и никогда лучше не осветится; на Петербургской выставке совершенно случайно она освещалась хорошо, но у меня лучше; только нужно сделать некоторые изменения в прикрытии стекол. Если же она красочна и синя, то это все в ней было и останется; в будущем Вы ее увидите на этом самом месте в много лучшем виде, и в моей галерее для нее более выгодного места нет. Все это говорится по опытам, произведенным по нескольку раз».
Картины Сурикова висели в угловом квадратном зале, через который проходили в репинский. На «Боярыню Морозову» можно было смотреть очень издалека, чего требовала композиция и живопись этой вещи. В продолговатый зал (зал 6) между комнатами Крамского и Сурикова перешли картины Васнецова – «Слово о полку Игореве», «Серый волк» и небольшие его вещи; «Петр и Алексей», «В Гефсиманском саду» Ге; портреты Шифа, Костомарова и Потехина; картины Ярошенко, Савицкого, Корзухина, Кузнецова, Судковского и других.
В нижнем этаже к залам Верещагина прибавился еще один (зал 15) с картинами из турецкой войны. Потом был зал В. Маковского (зал 16). В угловом (зал 17) висели этюды и эскизы Иванова для его «Явления Христа народу». Под репинским внизу был зал Поленова (зал 19) с его картинами «Право господина», «Бабушкин сад», «Дворик» и этюдами из поездки в Грецию и по Востоку.
Так было до 1892 года, когда открылись еще два больших зала наверху и три небольших внизу. Они составляли продолжение в том же направлении, как репинский и поленовский залы. В первом из них каменная лестница соединяла этажи (зал 9 наверху и зал 20 внизу), и таким образом можно было обойти всю галерею кругом, не возвращаясь по уже пройденным залам. Зал с лестницей, стеной, обращенной в сторону дома, примыкал почти вплотную к жилой пристройке, сделанной в 1882 году. Оставалось маленькое расстояние между зданиями. Внизу сделали подворотню для сообщения двора с оставшимся прямоугольником сада, а над ней получилась совсем маленькая комнатка (зал 10). Павел Михайлович предполагал со временем соединить через эту комнатку галерею с жилым помещением, что он намечал в будущем, когда, как он писал Репину, дом весь перейдет под галерею. При жизни ему это осуществить не пришлось, но было исполнено первым Художественным Советом после его смерти. В жилой пристройке, с галереей за стеной, жил Павел Михайлович в последний год своей жизни. У стены, смежной с маленькой комнаткой, стояла кровать, на которой он лежал больной и на которой скончался.
Галерея Павла Михайловича была закрыта для посетителей с 1891 года. Печальное обстоятельство заставило его сделать это: было несколько похищений художественных произведений, и пришлось прибегнуть к такой крайней мере, потому что содержать достаточное количество технических служащих для охраны он не был в состоянии. Открыть галерею снова он смог, когда после смерти Сергея Михайловича передал свое собрание городу Москве.