Приезжая в Петербург, епископ представлялся обыкновенно великому князю Павлу Петровичу, который чрезвычайно полюбил прелата, умевшего толково поговорить и о выправке нижнего военного чина, и о пригонке амуниции, и об иерархическом устройстве духовенства, и о разных важных предметах, а также и о мелочах обыденной жизни. Расположение наследника престола к Сестренцевичу дошло до того, что когда однажды этот последний в бытность свою в Гатчине вдруг сильно захворал, то Павел Петрович не только заботился о нём, но почти каждый день сам навещал больного. Обстоятельство это ещё более сблизило их. В разговорах своих с Павлом епископ выказывал свои убеждения, сводившиеся к тому, что он послушание государю ставит своею первою обязанностию. При этом он говорил о необходимости строгого подчинения духовенства епископской власти и полагал возможным, ввиду того, что в присоединённых от Польши областях значительная часть населения были католики, образовать в России независимую от папы католическую церковь, представитель которой пользовался бы такою же самостоятельностью, какою, например, пользовался португальский патриарх, или же взамен единоличной власти епископа учредить католический синод, который и управлял бы в России римскою церковью.
Вступив на престол, Павел Петрович не только не забыл Сестренцевича, но и приблизил его к своей особе. Государю нравилось отсутствие в нём ханжества и лицемерия, и император был чрезвычайно доволен, когда сановитый прелат, облачённый в кардинальский пурпур, являлся на придворные балы среди блестящих кавалеров и пышно разодетых дам. Часто случалось, что император на балу подолгу беседовал с митрополитом, разговаривая с ним по-латыни, и ласково подсмеивался над ним, замечая ему о том соблазне, какой он производит в пастве своим появлением среди танцующих. Митрополит отшучивался в свою очередь, отвечая, между прочим, что он не находит ничего предосудительного бывать в том обществе, где встречает в лице хозяина помазанника Божьего. Вообще в первое время царствования Павла Петровича отношения к нему государя отличались постоянным вниманием и чрезвычайною благосклонностию.
Ошибочно было бы, однако, полагаться на прочность и продолжительность таких отношений. Одна какая-нибудь случайность, один ловко сделанный наговор могли не только изменить, но и совершенно их уничтожить. Между тем для выставки пред государем Сестренцевича в неблагоприятном для него свете можно было найти много поводов не только по делам церковным, но и по делам политическим.
Покровительство, оказанное императором мальтийскому ордену, грозило изменить прежние отношения. Сестренцевич знал, что орден наводнён был иезуитами, ему было известно, что после секуляризации Общества Иисуса в Баварии самые отборные силы этого Общества вступили в число мальтийских рыцарей, среди которых и без них было уже немало тайных иезуитов, а этого было вполне достаточно, чтобы возбудить нерасположение и недоверие епископа к державному ордену. Когда распространился в Петербурге слух о намерении графа Литты, женившись на Скавронской, остаться с разрешения папы в мальтийском ордене, то Сестренцевич заговорил против правильности такого разрешения и тем самым навлекал на себя негодование патера Грубера, орудовавшего этим делом. Впрочем, и независимо от того война между прелатом и иезуитом велась весьма деятельно, и лица, знавшие об их взаимной неприязни, задавались вопросом: кто кого из них одолеет? Императору была очень хорошо известна эта неприязнь, и он пытался помирить их. Мир был заключён в Гатчине только для вида по воле государя, а с своей стороны иезуит продолжал по-прежнему подводить подкопы под митрополита.
Началось с того, что Грубер и его партия, в составе которой было немало приближённых к государю лиц, старались выставить Сестренцевича до того забывшимся в упоении своей духовной власти, что он осмеливается не подчиняться повелениям и указам императора. Достаточно было представить относительно этого лишь какие-нибудь, хотя весьма слабые, доказательства, чтобы окончательно погубить прелата, но таких доказательств не находилось, и обвинение Сестренцевича по этой статье ограничилось лишь смелыми голословными наветами, которые уничтожались в глазах государя беспрекословным повиновением прелата. Тогда иезуитская партия задумала уронить его достоинство и лично наносимыми ему оскорблениями побудить его к подаче государю просьбы об увольнении. Сестренцевич умел, однако, своею твёрдостью сдерживать подобного рода попытки, и тогда неприятели его стали ловить каждое его слово и стараться всякое его разумное и основательное распоряжение выставлять протестом против воли государя. Они пользовались его частною и даже дружескою перепискою, отыскивая в ней поводы к обвинению митрополита, запутывали его в дела, в которых он не принимал никакого участия, лгали, клеветали на него и, чтобы выразить ему своё неуважение и пренебрежение к его епископской власти, не приводили в исполнение делаемых им по митрополии распоряжений.