Вместе с тем день 30 прериала (18 июня), обновив состав Директории, обещал дать ведению операций со стороны французов более энергичный толчок. Бернадот принял портфель военного министра. К счастью для союзников, он начал с очень неудачной меры: вместо того, чтобы укрепить путем объединения высшее командование в Италии, в чем чувствовалась необходимость, он еще больше его ослабил. Отозвав Моро на Рейн, для новой армии, которая должна была быть там сформирована, но все составные части которой отсутствовали, он дал Шампионне начальство над одной из Альпийских армий, которую предстояло сформировать при таких же условиях. Жубер, один из соперников Бонапарта, должен был заместить Макдональда и Моро во главе войск, которые им удалось реорганизовать и соединить, достигавших численностью 45 000 человек.
Прибыв четвертого августа в штаб-квартиру в Конельяно, новый французский главнокомандующий нашел – вместе с Моро, согласившимся временно при нем остаться, чтобы помогать ему своими советами, – что силы, которыми он располагал, были еще недостаточны для того, чтобы произвести нападение на союзников, сильно превосходивших их численно и воодушевленных своими успехами. Так как Бернадот, по-видимому, намеревался предпринять решительный шаг в Италии, то следовало подождать результата и начать энергичное наступление только после соединения с армией Шампионне. Это было самое разумное решение. Но новые инструкции, полученные из Парижа, не позволили обоим генералам его держаться. Под давлением общественного мнения и ропота в клубах Директория, сама боровшаяся за свое существование, которое, по-видимому, могли обеспечить лишь блестящие и непосредственные военные успехи, требовала их во что бы то ни стало и безотлагательно. Нужно было брать дерзостью, скорее отомстить за поражение при Кассано и на Треббии и снять осаду с Мантуи. Таким-то образом, против желания Жубера и Моро, было решено их движение к Нови, которое, при данных обстоятельствах, было чистейшим безумием. В этот момент Мантуя уже сдалась; Суворов только что совершил опять торжественный въезд и снова дал пищу легенде, заставив своего верного Прошку, слугу, эпически достойного своего господина, устроить ему душ на главной городской площади и на глазах у изумленного населения. Но, продолжая ссориться со своими подчиненными в австрийском генеральном штабе, сердясь на венских бештимтзагеров и объявляя даже о своем намерении оставить командование, он не забывал, что его новая победа давала ему свободу сражаться. Узнав о движении вперед французов, он закричал от радости. Оставив более 13 000 человек под Тортоной, он сохранял при себе еще свыше 60 000, чтобы спешить с ними навстречу этим безумцам, которые, вследствие необходимости прикрывать свою линию отступления, будут не в состоянии вывести всех своих людей на поле сражения, где он их встретит и где поэтому окажутся двое против одного или около того.
При известии о взятии Мантуи и походе Суворова, французский военный совет со своей стороны высказался за отступление, пока еще не поздно. Но Жубер не мог решиться, а Моро не был способен взять верх над его колебаниями, обыкновенно сам очень нерешительный в стратегии, как и в политике. Таким образом, один день был потрачен на обдумыванье, а на следующий Суворов был уже там. Смертельно раненый при первом столкновении, Жубер передал командование Моро, и упрямый бретонец храбро оспаривал победу, колебавшуюся, несмотря на неравенство сил, в течение шестнадцатичасового в высшей степени кровопролитного боя, но решенную в пользу союзников подоспевшими свежими австрийскими войсками, пришедшими из Ривальты, под начальством Меласа.
Потеряв 6500 человек убитыми и ранеными, французы оставили в руках победителей 4500 пленных, в числе которых были генералы Периньон, Груши, Колли и Партуно. Но несколько раз возобновлявшаяся атака с высот Нови обошлась также очень дорого и союзникам, и несогласий в их лагере было больше, чем когда бы то ни было. По мнению австрийского генерального штаба, Суворов, несмотря на победу, совершил много ошибок, грозивших привести его к полному поражению. Не понимая намерений Жубера и принимая войска, подошедшие к Нови, за отряд, предназначенный для маскировки движения главной неприятельской армии, он упорно настаивал на том, чтобы передвинуть к этому пункту лишь небольшую часть своих сил, рискуя почти совершенно утратить выгоду их превосходства и, не подойди Мелас, который, не получив приказания, поспешил на выстрелы, день был бы потерян, фельдмаршал чистосердечно в этом сам признавался в письме к Францу II.