К октябрю 1349 года Климент VI увидел достаточно. Он издал папскую буллу, запрещающую публичные шествия и угрожающую участникам отлучением от церкви. Это было гораздо эффективнее, чем орден, пытавшийся положить конец жестоким нападениям на еврейские общины Европы, и движение быстро сошло на нет. Однако импульс, который привел к созданию этих флагеллантов, было не так легко подавить. Процессии были ранним и шокирующе мазохистским проявлением гораздо более широкого и долговременного изменения отношения к религии, произошедшего после Черной смерти. Когда-то христианство вытеснило язычество, потому что во время антониновской и киприановской чумы оно служило более привлекательным и надежным проводником жизни и смерти. Теперь же, когда болезни вновь опустошили население, многие люди стали отвергать учение католической церкви.
В средневековой Европе секта Иисуса больше не была повстанческим движением принципиальных, самоотверженных мучеников. Церковь превратилась в чрезвычайно богатую и могущественную организацию и требовала от христиан уплаты десятины - 10 процентов от их дохода. Так много людей после смерти оставляли имущество Церкви, что к Средним векам ей принадлежало около трети всей обрабатываемой земли в Западной Европе. Папство контролировало небольшое государство в центральной Италии, но понтифик издавал буллы, которым должны были подчиняться на всем континенте, и имел право объявлять войны от имени христианства. К середине четырнадцатого века католическая церковь далеко отошла от идеи смирения, сострадания и веры, которую проповедовали Иисус и его последователи. На этот раз не было никакой новой религии, которая могла бы предложить альтернативу христианству, как это когда-то произошло с язычеством. Вместо этого мятеж исходил изнутри устоявшейся веры.
Во время Черной смерти и последующих вспышек чумы люди обращались к Церкви за утешением. Но слишком часто они не находили его. Многие священнослужители просто бежали; например, около 20 процентов приходских священников в английских епархиях Йорка и Линкольна оставили свои посты, вместо того чтобы остаться и ухаживать за своими паствами. Те, кто все же оставался в своих приходах, чтобы проводить последние обряды для умирающих, с большей вероятностью подвергались заражению Yersinia pestis и умирали. Во многих городах и деревнях некому было проводить ритуалы, которые помогали людям справиться с утратой. Очевидец из Авиньона сетовал на то, что "ни один священник не пришел выслушать исповедь умирающих или приобщить их к таинствам". Боккаччо сетовал, что мертвых больше не "чествуют слезами, свечами и скорбящими".
Еще до Черной смерти власть и богатство Церкви привлекали в священство людей, которые руководствовались не духовными соображениями, а личным продвижением. Погибло так много священнослужителей, что у Церкви не было иного выбора, кроме как ослабить требования к кандидатам, чтобы заменить их, что привело к притоку в священство неопытных и, во многих случаях, еще более неподходящих людей. Изображение духовенства в литературе второй половины XIV века показывает, как мало его уважали. В "Декамероне" Боккаччо священники, монахи, монахини и даже монахини ищут секса везде, где только могут его найти. В "Кентерберийских рассказах" Чосера сатирически изображено английское общество, и прежде всего церковь. Он рисует картину ленивого и жадного духовенства, включая монаха, который предпочитает охотиться на своем прекрасном коне, а не молиться, и монаха, который дал обет бедности, но с радостью выманивает деньги у обездоленных вдов, чтобы финансировать свой экстравагантный образ жизни.
В то время как католическая церковь не смогла удовлетворить духовные потребности населения, она преуспела в извлечении прибыли из экзистенциального беспокойства верующих. Начиная с 1350-х годов по приказу папы она поощряла продажу индульгенций - кусочков бумаги, купив которые можно было сократить время пребывания в чистилище и тем самым ускорить попадание на небеса. Если верить описанию Данте в "Пургаторио", где, например, людям, виновным в зависти, зашивают глаза железной проволокой, это могло бы показаться очень выгодной сделкой. Но, очевидно, многие люди с подозрением относились к мотивам церкви. Пардонер Чосера - самый продажный из всех его персонажей, несмотря на то что темой его проповедей является radix malorum est cupiditas, то есть жадность - корень всех зол. Он рассказывает слушателям, что благодаря власти, данной ему Папой Римским, его фальшивые мощи, включающие плечевую кость овцы, отпустят им все грехи, кроме самых отвратительных. После своего выступления Пардонер предлагает прихожанам подойти и получить отпущение грехов в обмен на деньги. Он напоминает собравшимся, что если кто-то не воспользуется его щедрым предложением, то соседи решат, что они виновны в таких страшных грехах, что даже он не сможет их отпустить.