Илиада" Гомера начинается с чумы. Действие происходит в конце осады Трои ахейской армией. В первых строках греческие захватчики совершают набег на соседний город и берут в плен двух прекрасных троянских дев. Хрисея становится собственностью Агамемнона, микенского царя и командующего ахейской армией, а Брисея достается великому воину Ахиллу. Когда отец Хрисеи - жрец - приходит в ахейский лагерь с мольбой о ее возвращении, Агамемнон отказывается от предложения выкупа и жестоко насмехается над ним. В отчаянии отец Хрисеи просит Аполлона наказать греческого царя, и тот спускается с горы Олимп и выпускает в греческий лагерь чумные стрелы. После девяти дней болезней и смертей Агамемнон признает, что Аполлона нужно умиротворить. Хрисея возвращается к отцу, чума прекращается, но, чтобы сохранить лицо, греческий царь отнимает у Ахилла Брисею. Это положило начало разрушительной вражде, которая продолжается на протяжении всей эпической поэмы.
История Троянской войны, описанная Гомером в "Илиаде", пересказывалась и приукрашивалась сотни лет, прежде чем была записана в восьмом веке до нашей эры, что делает ее одним из самых ранних произведений западной литературы. Тот факт, что инфекционные заболевания играют столь важную роль в повествовании, указывает на разрушительное воздействие эпидемий на общество того времени. Кроме того, "Илиада" дает представление о том, как люди, жившие несколько тысяч лет назад, воспринимали мир. В греческой системе верований преобладали антропоморфные божества, которые часто вмешивались в жизнь смертных людей, и эпидемии воспринимались как инструмент божественного возмездия, которым орудовал Аполлон. По словам Сьюзен Сонтаг, вспышки инфекционных заболеваний рассматривались как "коллективные бедствия и приговоры обществу".
Опустошительная вспышка инфекционного заболевания сыграла важную роль и в одной из самых ранних попыток написать историю - рассказе Фукидида о двадцатисемилетней войне между Афинами и Спартой во второй половине пятого века до нашей эры. В его "Истории Пелопоннесской войны" описывается, как, когда спартанцы напали на Аттику в 430 году до н. э., афиняне последовали оборонительной стратегии, разработанной Периклом, самым выдающимся полководцем и государственным деятелем того времени. Сельское население Аттики покинуло деревню и отступило за городские стены Афин. Это имело смысл с военной точки зрения: спартанцы обладали превосходящей армией, поэтому афиняне хотели избежать сражения с ними в бою. Они просто ждали, пока враг потеряет терпение и вернется домой, а затем использовали свое морское превосходство, чтобы выиграть войну. Однако с точки зрения общественного здравоохранения эта стратегия была катастрофой. С притоком нескольких сотен тысяч человек из сельской местности население Афин удвоилось или даже увеличилось в четыре раза. Город стал переполненным и антисанитарным. Вскоре началась разрушительная вспышка инфекционных болезней, которая прошла несколькими волнами в период с 430 по 426 год до нашей эры.
Эпидемия была истолкована консервативными афинянами, которые были погружены в гомеровские мифы, как доказательство того, что боги и особенно Аполлон благоволят Спарте. Фукидид сообщает, что перед началом войны спартанцы посетили Дельфийский оракул, и им сказали, что если они нападут на Афины всеми силами, то Аполлон поддержит их и они выиграют конфликт. Более древнее пророчество, о котором вспоминали многие афиняне, предсказывало, что война со Спартой будет сопровождаться чумой. Несмотря на суеверия своих соотечественников, Фукидид гораздо менее охотно, чем Гомер или Геродот, верит в истории о вмешательстве божеств, которые общаются со смертными людьми через оракулов. Этот скептицизм был присущ не только Фукидиду, но и интеллектуальному движению в Афинах пятого века, которое иногда называют греческим Просвещением. Например, его современник Гиппократ отказался от мнения, что за вспышки болезней ответственны разгневанные боги, и вместо этого утверждал, что врачи должны наблюдать за симптомами пациента, диагностировать, что с ним не так, и предпринимать соответствующие действия. И, конечно, Сократ был приговорен к смерти за нечестивость и развращение афинской молодежи.
Убедительных доказательств того, что именно патоген опустошил Афины пятого века до нашей эры, нет. Попытки извлечь ДНК бактерий или вирусов из останков древних людей пока оказались тщетными. Лучшей подсказкой для нас является рассказ Фукидида о симптомах, которые включали боль в горле, сильный кашель, диарею, жгучую лихорадку, болезненную сыпь, неутолимую жажду и бессонницу. Он, несомненно, имел все возможности для описания болезни, поскольку сам заразился и выздоровел. Исследователи даже проанализировали изображение Софоклом эпидемии, поразившей Фивы в начале "Эдипа Рекса", в поисках подсказок, поскольку пьеса была написана сразу после афинской чумы, а вымышленная эпидемия, как предполагается, была вдохновлена реальной. Исходя из имеющихся источников, наиболее вероятными кандидатами считаются тиф и оспа.