6 августа «Эмден» в сопровождении вспомогательных крейсеров «Принц Эгель Фридрих», «Иорк» и восьми транспортов-угольщиков под носом союзного флота прорвался из Циндао и 12 августа соединился с кораблями адмирала Шпееу Марианских островов. Адмирал Шпее принял решение отправить «Эмден» в сопровождении транспорта-угольщика «Маркомания» в отдельное плавание — рейдерсгво в Индийском океане. Расчет адмирала был прост: одинокий небольшой крейсер может наделать большой переполох в тылах противника, ничуть не меньший, чем пара броненосных крейсеров. При этом, потребляя значительно меньше угля, он может долго оставаться на коммуникациях, заправляясь к тому же топливом с захваченных транспортов. Кроме того, относительно высокая около 25 уз, скорость делает его гораздо менее уязвимым при встрече с крейсерами противника.
Командир крейсера Мюллер применил еще один немаловажный прием — поставил четвертую фальшивую трубу. Теперь силуэт крейсера стал напоминать английские крейсера, что позволяло немцам вводить транспорты противника в заблуждение.
9 сентября крейсер прибыл в Бенгальский залив и приступил к операциям против торгового судоходства. Первой его добычей стал греческий угольщик «Понтопорос». Формально судно принадлежало нейтральной стране, но оно было гружено 6500 т угля, принадлежащего англичанам. Мюллер приказал транспорту следовать за ним и сделал из него корабль снабжения.
Следующей добычей стал пароход «Индус», шедший в балласте. Корабль был потоплен, а следом за ним и другой, «Лорат», захваченный на следующий день. Почти сразу после затопления «Лората» был обнаружен и остановлен английский транспорт «Кабинга». Однако его груз был американской собственностью. Пароход топить не стали, а превратили в плавучую тюрьму, приказав следовать за собой (впоследствии он был отпущен). Следующей жертвой стал английский угольщик «Киллин», а следом за ним и транспорт «Дипломат» с грузом чая. Оба парохода были потоплены.
После уничтожения нескольких пароходов и встреч с нейтралами, которых приходилось отпускать, Мюллер принял решение сменить место рейдерства. Он выбрал район, по которому проходил маршрут Мадрас — Калькутта. Первыми жертвами здесь стали пароходы «Трасбах» и «Клэн Мэтьюсон». Особенно ценным был последний — его груз составляли автомобили и паровозы Пароходы были затоплены.
Потеря 9 судов встревожила английское морское руководство, и оно мобилизовало значительные силы для борьбы с рейдерсгвом (к тому моменту еще было неизвестно место нахождения эскадры Шпее). В состав поисковых сил вошли английские крейсера «Минотавр», «Хэмпшир» и «Ярмут», французский — «Дюпле» и два японских — «Ибуки» и «Тикума». Кроме крейсеров специальной постройки были привлечены к операции поиска и три вспомогательных крейсера — «Эмпресс оф Эйша», «Эмпресс оф Джапан» и «Гималайя». Однако место нахождения объединенной эскадры было выбрано неудачно. Хотя союзные крейсера и прикрывали войсковые конвои, следующие из Австралии в метрополию, а также контролировали значительную зону в Ост-Индии, но и позволяли в то же время безнаказанно действовать «Эмдену» в Индийском океане.
Мюллер решил предпринять несколько авантюрный налет на порт и город Мадрас Впрочем, он был вправе рассчитывать как на слабость береговой обороны, так и на внезапность нападения. 22 сентября крейсер вошел на внешний рейд порта, включил прожектор, осветил цель и открыл огонь по бакам нефтехранилищ. Выпустив около 150 снарядов 105-мм калибра по береговым сооружениям, нефтехранилищам и городу, крейсер, практически не встретив сопротивления со стороны береговой артиллерии, благополучно покинул порт. Эффект от нападения был скорее моральным и политическим, чем реальным, экономическим, хотя и вызвал некоторую шумиху в журналистских кругах.
После обстрела Мадраса крейсер перешел к Минихоу и с 25 по 29 сентября захватил шесть призов. Наиболее ценным был транспорт-угольщик «Бьюреск», груженный первоклассным углем. Операции «Эмдена» вызвали настоящую панику на западном побережье Индии. Крейсеру, обнаружившему себя, пришлось снова сменить район действий, и он отошел к Мальдивским островам.
Произведя необходимый ремонт, Мюллер решил еще раз наведаться к западному побережью Индии. С 16 по 19 октября рейдер захватил еще семь транспортов. Самым ценным призом стал транспорт «Троллус» с грузом цветных металлов. В погоню за «Эмденом» были направлены английские крейсера «Хэмпшир», «Ярмут» и «Эмпресс оф Эйша» (вспомогательный). К ним присоединились русские крейсера «Жемчуг» и «Аскольд» и японские — «Тикума», «Токива» и «Якумо». Последние два — броненосные. Поиски результата не дали. Более того, скоро «кошка» стала сама добычей «мышки».