Назначение Коковцова преемником Столыпина выглядело ожидаемым и логичным. Владимир Николаевич старался следовать совету Николая II «не заслонять» его, в чем он упрекал (даже посмертно!) Столыпина. Однако Коковцов, не склонный к эффектным публичным выступлениям с яркими изречениями, становящимися сразу крылатыми фразами, следовал, в целом, экономическому курсу правительства времен Столыпина – не инициируя при этом каких-либо новых значительных преобразований. Политически Коковцов оставался «надпартийным», не располагая в Думе сколько-нибудь прочной поддержкой (в отличие от Столыпина, опиравшегося на партию октябристов, а позднее – на более управляемую партию националистов). Коковцов не симпатизировал проявлениям «воинствующего национализма», особенно заметным в политике Столыпина последних лет, и стремился их нивелировать. Возглавляя в течение почти трех лет правительство, он подвергался более сильным, чем его предшественник, нападкам со стороны правых и откровенно «черносотенных» сил. Они видели в Коковцове «либерала» и сторонника «парламентаризма», слишком лояльного к Думе и склонного к сотрудничеству с ней, и стремились дискредитировать в глазах Николая II и его ближайшего окружения. Отставкой Коковцова 30 января 1914 г. завершились интриги против него со стороны разнообразных сил, руководствовавшихся своими мотивами. Это и крайне правые политические организации, и «темные силы», в том числе связанные с Г. Е. Распутиным (против влияний которого выступал Владимир Николаевич), и такие деятели, как главноуправляющий землеустройством и земледелием А. В. Кривошеин, глава Министерства внутренних дел Н. А. Маклаков, экс-премьер С. Ю. Витте. На посту председателя совета министров Коковцов, по официальной версии ушедший в отставку якобы по «настойчивой просьбе» в связи с расстроенным здоровьем (как сообщалось в рескрипте Николая II), был заменен 74-летним И. Л. Горемыкиным. В письме Коковцову царь сообщал, что «быстрый ход внутренней жизни и поразительный подъем экономических сил страны требуют принятия ряда решительных и серьезнейших мер, с чем может справиться только свежий человек».
Коковцов, одновременно с увольнением возведенный в графское достоинство, оставался членом Государственного совета и сенатором. В декабре 1915 г. был назначен председателем 2-го департамента Государственного совета. После Февральской революции проживал в Петрограде и в своем имении в Новгородской губернии. Планам отъезда за границу, во Францию, при содействии Временного правительства, помешал Октябрьский переворот. В июне 1918 г. был арестован Петроградской ЧК и содержался под арестом. Нелегально выехал через финскую границу в ноябре 1918 г. В эмиграции жил во Франции, являлся председателем International Bank of Commerce. Работал над воспоминаниями во второй половине 1920-х – начале 1930-х гг. Умер в Париже.
Фрагменты из мемуаров В. Н. Коковцова, опубликованных в двух томах в 1933 г. в Париже воспроизводятся по изданию:
1. Имеется в виду покушение на П. А. Столыпина, совершенное 12 августа 1906 г. на занимаемой премьер-министром даче на Аптекарском острове.
2. В этот день, 22 марта 1907 г., В. Н. Коковцов в последний раз присутствовал во 2-й Думе, выступая в прениях при рассмотрении бюджета на 1907 г.
3. 17 апреля 1907 г. депутаты Думы единогласно, по инициативе левых фракций, приняли законопроект об отмене военно-полевых судов. Этот шаг носил политически демонстративный характер, не имея практического значения. Закон о военно-полевых судах, утвержденный Николаем II в порядке статьи 87, и так прекращал свое действие 20 апреля 1907 г., поскольку правительство решило не вносить его на утверждение Думы. Столыпин сообщил об этом 13 марта, выступая в прениях в Думе, при этом он предложил депутатам произнести «слово умиротворения», осудив революционный террор: «Мы верим, что вы скажете то слово, которое заставит нас всех стать не на разрушение исторического здания России, а на пересоздание, переустройство его и украшение» (Столыпин П. А. Нам нужна Великая Россия!.. С. 82).