Сила веры священника была настолько явственной, что люди потянулись к нему, словно бабочки к свету — и верующие, и неверующие. Ему помогали прятать во время «шмонов» Евангелие, просили окрестить. А. М. Поламишев вспоминал: «В лагере батюшка своим теплом и любовью перевернул мое сознание, и я стал вместе с ним молиться. Мы молились на нарах, на улице. Утром по солнцу определяли, где восток, и молились на восток». Исповедовались у о. Иоанна во время прогулок. За углом барака, чтобы не видела охрана, он быстро накрывал человека полой своей арестантской робы и читал разрешительную молитву.
Свидетельств, описывающих быт о. Иоанна в первый год заключения, почти не осталось. Одно из немногих — воспоминания журналиста Б. А. Дьякова «Повесть о пережитом», вышедшие в издательстве «Советская Россия» в 1966 году (журнальная версия — в № 7 «Октября» за 1964-й). Это была одна из «последних ласточек» оттепели — книг, посвященных жертвам репрессий; после этого на двадцать лет эта тема была изгнана из литературы и журналистики. На страницах «Повести о пережитом» имя о. Иоанна встречается несколько раз (фамилия слегка изменена — Крестьянинов), и, по-видимому, это первое упоминание о нем в советской печати вообще.
«Рядом двигались с досками Рошонок и Крестьянинов. У Рошонка под очками — ко всему безразличные глаза. Видимо, приготовился так жить все десять лет. А Крестьянинов еще больше вытянулся, черные усы, борода и лицо — как у Иисуса. Нес доску, словно крест для распятия. Шептал молитву…»
«Священник Крестьянинов получил десять лет за проповедь, в которой призывал верующих повышать нравственность, и тем самым якобы утверждал безнравственность советских людей…»
«Нарядчик переписал „спецов“. Прошелся по бараку. Вскинул глаза на Крестьянинова.
— Ты, отец святой, тоже поедешь медведям обедню служить!»
Другое свидетельство оставил соузник о. Иоанна, о. протоиерей Вениамин Сиротинский: «В леденящие до самой глубины морозы святили мы тайно с ним на Крещение воду, а потом этой водой и молитвой успешно лечили заключенных. Однажды дошел слух, что у начальника лагеря смертельно заболела дочка. Врачи предсказывали скорую смерть и заявили, что ничего нельзя сделать для выживания. В отчаянии начальник послал за нами, мы попросили всех выйти, сокращенным чином окрестили ребенка, дали выпить освященной воды, помолились, и — чудо! — на другой день ребенок был здоров… Дух Христов осиял душу отца Иоанна, потому в лагере он был утешением для многих отчаявшихся людей».
Стал о. Вениамин Сиротинский и свидетелем сцены, которая говорит о том, как тяжело было о. Иоанну: «Однажды в порыве нечеловеческой усталости и изнеможения отец Иоанн упал на снег и взмолился: „Матерь Божия! Возьми меня! Не могу больше!“ И вдруг явилась ему Матерь Божия и сказала: „Нет, ты еще людям будешь нужен“». Об этом о. Вениамин вспоминал в 1974 году.
Сохранились письма, которые батюшка посылал своим духовным чадам на волю. По лагерным правилам, в месяц можно было отправлять два письма и одну посылку, и неизменными адресатами о. Иоанна, кроме родной сестры Татьяны, стали Галина Черепанова и Матрона Ветвицкая. Арест о. Иоанна вызвал смятение в умах и душах тех, кто уже не мыслил своей жизни без него. Батюшка чувствовал это и пытался мягко сгладить горечь расставания, одновременно наставляя своих чад. «Не могу, мои дорогие, не поскорбеть о том, что все вы, дети мои, очень душевные, но еще не совсем духовные, — писал он 6 декабря 1950 года. — А последнее совершенство, конечно, выше первого. Совершенствуйтесь!» Задача совершенствования была непростой, и еще не раз о. Иоанну приходилось подробно разъяснять Галине Викторовне и Матроне Георгиевне правила жизни для Бога, давать советы и им, и другим верующим москвичам, которые не забывали своего духовного отца. И как же были счастливы они получить хотя бы краткий и зашифрованный (иначе было опасно) привет в письме, подписанном «Н/и И-н» — «Недостойный иерей Иоанн»: «Приветствую и благословляю Ел. Серг. с сестрой (пусть не унывает), Ан. Матв. (пусть бодрствует), Евг. Серг. с семьей (благодарите за любовь и внимание), Лелю с семьей (поздравьте Левочку с днем Ангела)»; «О Любе будем молиться Небесному Врачу душ и телес наших, чтобы Он облегчил ее бол. страдания. Ел. Ант. благословляю на новое жительство в Москве <…> о. С. Ор-ву еще передайте от меня отдельный земной поклон и глубокую сердечную благодарность за его искреннюю любовь ко мне, грешному. Приветствую всех-всех своих бывших сокурсников по Академии». А как светло, радостно звучало поздравление с Рождеством: «Христос родился! <…> Дорогие мои, семья моя, дети мои! Кто и что может отлучить нас от любви Христовой, кто и что может поколебать нашу любовь, рожденную во Христе!»