Но и обычные службы о. Иоанна запечатлевались в памяти. Лидия Правдолюбова вспоминала: «Служение отца Иоанна поразило открытостью и искренностью. Он всецело открыт был Богу, которому служил, и открытость эту доверял людям. Все слова, которые он произносил, он произносил „в слух уха Божия“. И в то же время он предстоял, он как будто слышал молитвы окружающих его людей и, собирая, нес их своим сердцем к Богу. И не заботился при этом о форме. Это было совершенное содержание. Это было сердце в словах молитвы».
Вслед за о. Иоанном в Касимов пришла и слава о нем как о «провидущем». Архимандрит Афанасий (Культинов) оставил ряд свидетельств прозорливости о. Иоанна, явленной им в Касимове: «Пришел к нам однажды какой-то монах, бесноватый, может. Собрал этот монах тех, кто был в церковной сторожке, и разделил кусочек хлеба: „Вот это благодать, приобщайтесь к ней“. „Ах, прозорливый…“ — припали к нему все, кто там был: прислужные, уборщицы. Отец же Иоанн вечером приходит, говорит: „Толюшка, ты зачем к нему подошел? Человек это больной. Надо быть осторожнее…“ А он ведь не был при этом, и ничего ему не рассказывали. Ну, а эти наши уборщицы неоднократно видели, как, когда отец Иоанн заходил в храм, на амвоне лампады внезапно сами зажигались.
Потом мне было попущено такое испытание: у меня в ушах начало шуметь, видно, враг нападал, и помыслы пошли. Я отцу Иоанну сказал — он помазал, и всё прошло. А потом какие-то нападения на меня начались, другие помыслы: „Не спасешься… Погибнешь…“ — и всё такое прочее. Он подходит ко мне и говорит: „Сам спасешься, и семья спасется!“ — прямо на помыслы ответил».
А Правдолюбовы запомнили, как уезжал от них о. Иоанн 16 июля 1966-го, после именин о. Анатолия, когда его сфотографировали со стопкой кусков хлеба. От поселка Сынтул до шоссе, по которому шел автобус из Гусь-Железного в Касимов, нужно было идти два километра по дороге, проложенной в красивейшей березовой роще. Все нервничали: можно опоздать, автобус ведь ждать не будет. И только о. Иоанн совершенно спокойно сказал: «Водитель подождет». Так и вышло: вместо секундной остановки автобус ждал путников минут десять…
…Через полгода служения в Касимове батюшка отправился к своему духовнику — глинскому старцу Серафиму (Романцову). Глинская пустынь не существовала с июля 1961-го, причем ее разорение власти планировали как полноценную военную операцию. Еще летом 1960-го напротив имен монахов уполномоченным по делам Русской Православной Церкви по Сумской области УССР были сделаны пометки: «Склонить через родственников к выходу из монастыря», «Удалить по возрасту», «Поместить в больницу для престарелых»… Напротив имени о. Серафима стояла пометка: «Скомпрометировать и удалить». Но в итоге решили просто закрыть пустынь. 14 июля 1961 года ее окружили, и монахов, которым запретили брать с собой вещи, деньги и продукты, грузовиками начали вывозить на ближайшую станцию Локоть. О. Серафиму богомольцы собрали деньги на билет, и он смог уехать со станции…
После разорения пустыни глинские старцы частью отправились в Троице-Сергиеву лавру, частью — в Почаев; кто-то оказался в Одессе и Тбилиси. А некоторые нашли приют в Абхазии, где сильны были традиции тайной монашеской жизни в отшельничестве. Там образовалось сразу несколько таких общин — в Цебельде, Амткеле, Двуречье, Азанте. Пустынники находились в горах по благословению епископа Степанованского Зиновия (Мажуги, в прошлом тоже глинского монаха) и с ведома католикоса-патриарха всея Грузии Ефрема II. А руководил общиной схиигумен Серафим, поселившийся сначала в приморском городке Очамчира, а потом в Сухуми, на улице Казбеги (ныне Черкесской).
Положение общины в Абхазии было очень опасным. Согласно приказу из Москвы сотрудники КГБ и милиции время от времени устраивали на отшельников настоящие облавы — горы облетали на вертолетах, куда монахов заталкивали силой, а потом судили их за тунеядство. Приходилось строить келии под кронами пихт, так как зимой дым костров, разведенных под этими деревьями, рассеивался и монахов нельзя было выследить. К старцу Серафиму они приходили в город на исповеди только по ночам.
Краткие, на несколько дней, визиты к о. Серафиму в течение 1962–1965 годов были для о. Иоанна настоящими праздниками. Он бывал у старца и один, и вместе с о. Виктором Шиповальниковым и его семьей. Останавливались на даче владыки Ефрема, сопровождали о. Серафима утром на службу в Благовещенский кафедральный собор и наслаждались каждой минутой общения. Неоднократно бывали и в Команах — селе, расположенном в получасе езды от Сухуми. Там, следуя в ссылку, скончался в 407 году святитель Иоанн Златоуст (его гробница до 1990 года хранилась в Сухуми), а четыре с половиной века спустя произошло третье обретение главы Иоанна Крестителя. Там о. Иоанн служил литургии на переносном престоле вместе с монахом Вонифатием.