Так император безо всякого насилия вернул все, что стоило христианству и жителям Палестины столько крови и стольких страданий. Но и теперь никто не предложил освободить императора от церковного отлучения. Напротив, патриарх Геральд объявил, что отлучит от Церкви всякого жителя Святого Города, оказавшего какую-либо услугу императору в его стенах. Поэтому оба рыцарских Ордена и теперь не пожелали иметь ничего общего с Фридрихом. Но у них было для этого немало различных причин. Во-первых, император был отлучен, во-вторых, он не включил в свой договор с султаном северные области Сирии. Это касалось Триполи, госпитальерских крепостей Крак де Шевалье и Маргата, тамплиерских крепостей Кастель Блан, Тортозы и Антиохии, а также столь важных городов Иерусалимского королевства, как Аскалона, Наблуса, Тивериады и важных замков госпитальеров и тамплиеров, которые завоевал Саладин. Кроме того, тамплиеры были против него и потому, что им не удалось получить обратно их старинную резиденцию, Храмовый квартал.
17 марта 1229 г. Фридрих совершил свой торжественный въезд в Священный город, встреченный ликованием христианского народа, прибывшего вместе с ним. Вне себя от радости были, прежде всего, немцы. Император поселился в доме госпитальеров, чтобы на следующий день короноваться королем Иерусалима в Храме Гроба Господня. Правда, там присутствовали архиепископы Палермо и Капуи, однако, согласно чину коронования Святой Земли, церемонию коронации должен был провести лично патриарх Иерусалимский или же его легат. Патриарх отклонил императорское приглашение. Тогда Фридрих сам взял в руки лежавшую на алтаре корону и возложил ее на свою голову «в честь Предвечного Царя». Глубоко оскорбленный манерой и характером обращения с ним, Фридрих в скором времени опять выехал в Акру, а оттуда — через Кипр — в Италию, где произошло его примирение с папой, который по договору от 23 июня 1230 г. освободил его от церковного отлучения. Патриарху Иерусалимскому было дано указание отменить все еще сохранявший силу интердикт, наложенный на Святой город. Папа Григорий IX также признал договор, заключенный между Фридрихом и султаном, призвал к себе противившихся императору Великих магистров госпитальеров и тамплиеров и дал им поручение всеми силами обеспечивать в Святой Земле спокойствие и порядок. Султан честно хранил мир, однако оба рыцарских ордена не делали этого в областях, не включенных в договор. Вследствие общего для них недоверия к императору оба ордена договорились о совместных военных действиях.
После отбытия императора Фридриха из Палестины государство крестоносцев оказалось во власти различных групп, защищавших собственные интересы. Воле Фридриха основать могущественное королевство, способное сохранить и даже расширить входившие в него государственные образования, противостояли ведущие политические, экономические и военные силы страны. Хотя эти силы не были едины, они объединились в деле сопротивления его попытке посягнуть на их эгоистичную, вредную для страны политику. Среди потомков тех мужей, которые в свое время выступили в поход, чтобы завоевать Святую Землю для христиан, чтобы обеспечить верующим возможность спокойно творить там дела благочестия, теперь царил совсем иной дух. Большинство владык страны поддалось великому искушению богатством и властью, которых им удалось добиться. Сказанное относится как к феодальному обществу страны — потомкам рыцарей — частников Крестовых походов — так и к руководству торговых колоний итальянских морских городов, имевших свои представительства в портовых городах, равно как и единственных учреждений, содержавших постоянные военные силы — рыцарским орденам.